В августе 1940 года постановлением горисполкома часовня была закрыта. Инспектор по делам культов Свердловского райсовета писал: «Учитывая, что Свердловский район является специфическим и имеет чрезвычайную нужду в помещениях, считал бы необходимым: церковь закрыть, здание передать в ведение районного Совета под антирелигиозные цели районного масштаба. Здание не имеет ни религиозной, ни художественной ценности». Церковь и часовню закрыли, драгоценная утварь и убранство были превращены в лом и сданы на переплавку, иконы отправили на дрова. Во время Великой Отечественной войны в часовне блаженной Ксении находился склад тары из-под горюче-смазочных материалов.
Однако блаженная Ксения Петербургская напоминала о себе. Старожилы слышали церковное пение, видели мерцающий огонек лампады. Иногда люди утверждали, что за церковной оградой видели женщину в зеленом платке и красной юбке. Во время Великой Отечественной войны Ксения являлась тем, кто помнил о ней, кто молился. «Во время блокады часовня была закрыта, – вспоминает Марфа, певчая Смоленского храма. – Мало у кого хватало сил приходить сюда. Но память о Ксении хранили свято. К ней мысленно обращались в самые трудные минуты. Считаю, что она меня просто спасла. Было это в самый тяжелый период девятисотдневной блокады. Она явилась мне ночью в своем белом платочке, с посохом в руке, молвила: «Завтра не ночуй дома», – исчезла также внезапно, как и появилась. Вечером я отправилась на ночлег к родственнице, в другой район, а мой дом в ту ночь фашисты разбомбили до основания. Даже убежище, в котором пытались укрыться люди, рухнуло под напором смертоносного огня».
Уступая настойчивым просьбам верующих, в 1946 году было получено разрешение на открытие часовни, которая вскоре была отреставрирована. С девяти утра до девяти вечера там служились панихиды при большом стечении народа. Протоирей Иоанн (Миронов) рассказывал, что в это время на Смоленском кладбище служило двенадцать священников (до революции их было семь).
В 1960 году часовню вновь закрыли. От разрушения часовню Ксении спас А. Косыгин. На Смоленском кладбище были похоронены его родители, он часто навещал их могилы, и потому это место было под негласным надзором властей.
В часовне по указанию городских властей пытались устроить сапожную мастерскую. «Могилу Ксении замуровали, построили над ней постамент, – вспоминает Марфа, певчая Смоленского храма. – На этом постаменте и работали мастера. Словно на трясине… Ни одного гвоздика не дала им вбить христова угодница – все валилось из рук. Тогда решили открыть скульптурную мастерскую, но и в ней работать было невозможно: утром, придя в мастерскую, рабочие не раз находили вместо скульптур черепки. Тогда решили наладить изготовление статуй типа «Женщина с винтовкой», «Девушка с веслом». Опять незадача. Сколько раз, бывало, крепко-накрепко запрут мастера часовню, утром приходят, а вместо скульптур одни черепки. Но никакими усилиями безбожников невозможно было заглушить в народе память о блаженной. К ее могиле, находящейся в часовне, стекались паломники со всей многострадальной России и из других стран русского рассеяния. Вот что рассказала посетительница: «Мой родной брат живет в Белоруссии. На днях там по центральной программе показали сюжет о блаженной Ксении. Брат увидел эту передачу и страшно обрадовался, что наконец может отблагодарить ту, что спасла его в годы войны. Он был совсем молодой солдат. Шли бои за Прагу. В подвале одного из домов, откуда ни возьмись, около них оказалась женщина в платке и по-русски сказала, что они немедленно должны уйти, ибо сюда попадет снаряд, и они погибнут. Оба солдата опешили и удивленно спросили: “Кто ты?” – “Я Ксения блаженная, пришла спасти вас”, – последовал ответ. После этих слов она исчезла. Спаслись солдаты, но очень долго не знал воин, кто такая Ксения и наконец нашел. После передачи он позвонил в Ленинград родной сестре, чтобы та немедленно поехала в часовню поблагодарить святую».
В 1984 году часовню передали общине храма во имя Смоленской иконы Божией Матери. В 1986 году чудом сохранившуюся от уничтожения часовню блаженной Ксении с любовью реставрировали. Прихожане приходили после работы – выносили мусор, помогали чем могли. В 1987 году митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил часовню. А в июне 1988 года на Поместном Соборе Русской Православной Церкви, посвященном 1000-летию Крещения Руси, блаженная Ксения была причислена к лику святых. Собор «…изучив жития, чудеса, труды и подвиги нижепоименованных подвижников благочестия, живших в разное время русской церковной истории, выносит решение о их канонизации. Итак, в полном убеждении о истинности и достоверности их чудес, по молитвам этих подвижников соврешающихся, отмечая всевозможные виды их христианской добродетели, высокой духовной жизни и церковного служения, Собор определяет: изволися духу святому и нам причислить к лику святых угодников Божиих для всероссийского церковного почитания следующих подвижников христианского благочестия… Блаженную Ксению Петербургскую, бывшую юродивой, почитавшуюся еще при жизни и на протяжении всего XIX и ХХ веков скорой помощницей и чудотворицей. Ради спасения и любви к ближним она взяла на себя подвиг казаться безумною. За свои труды, молитвы, пощения, странничества и претерпевания со смирением насмешек блаженная получила от Бога дар прозорливости и чудотворения. Ее часовня на Смоленском кладбище Ленинграда была испещрена благодарениями за соделанные чудеса по ее молитвенному предстательству».
Поскольку день кончины святой неизвестен, Русская Православная Церковь при канонизации установила празднование блаженной в день ее ангела – преподобной Ксении (24 января/6 февраля).
На иконах Ксения изображается в юбке с платком на плечах и платком на голове, опираясь левой рукой на клюку. На заднем плане изображаются Смоленская церковь и часовня Ксении блаженной на Смоленском кладбище – не только потому, что страждущие, как и раньше, так и теперь стремятся к знаменитой часовне, где покоятся мощи святой. В этом изображении запечатлен еще и символический смысл пророчества о грядущих бедах земной отчизны, где без числа умножаются святые могилы – неподалеку от часовни Ксении Петербургской находится братская могила сорока священников, которых закопали живыми в землю в послереволюционные годы. Во время казни они сами отпевали себя и молились за своих палачей. 
