26-го Сентября 1952-го года Патриарх Алексей обратился к «Его Блаженству, Блаженнейшему Тимофею, Патриарху Святого града Иерусалима и всея Палестины» с посланием, в котором он указывал на «прискорбное наличие за пределами нашей Родины епископов и клириков, именующих себя Русской Православной Церковью заграницей, но не имеющих канонической связи с Нами».
Послание излагало историю взаимоотношений Московской Патриархии с Русской Церковью Заграницей и указывало на то, что «к скорби Нашего сердца» ряд владений Русской Духовной Миссии «доселе пребывают в руках закоснелых отщепенцев». Все это сообщалось «к сведению» Иерусалимского Патриарха с явным расчетом на то, что Блаженнейший Тимофей запретит Русской Зарубежной Церкви священнодействовать в пределах его Патриархата, что позволит Московской Патриархии завладеть имуществом на территории Иордании.
Поскольку Иерусалимский Патриарх признавал своего Московского собрата, он не мог игнорировать все, что ему было «для сведения» сообщено. В ответном письме, посланном обратной почтой и без предварительного сношения с Рус. Зар. Церковью, хотя бы для ознакомления с Ее ответом, Иерусалимский Патриарх сообщал, что он будет воздерживаться от литургического общения с клириками и епископами Рус. Заруб. Церкви. В это самое время в Св. Землю прибыл епископ Серафим (Иванов), ныне архиепископ Чикагский, Рус. Заруб. Церкви. Сразу по приезде Преосвященный Серафим явился к Патриарху, передал ему приветствие от Митрополита Анастасия, некогда участвовавшего в его хиротонии и, согласно древнему обычаю всей Православной Церкви, испросил благословение на посещение Св. Мест. Патриарх дал просимое благословение, но добавил, что, не возражая против служения в храмах Миссии, просит воздерживаться от служб у Гроба Господня из-за протеста Московской Патриархии, с которой он связан официальным признанием. Сделав таким образом уступку Московским требованиям. Патриарх Тимофей продолжал поддерживать сношения с Миссией.
Когда Св. Места посетил Преосвященный Леонтий (Барташевич, Епископ Женевский), Патриарх подарил ему панагию тончайшей работы, сказав, что дарит именно панагию, полагая, что она будет ему более по душе, чем орден (лично знавшие Преосвященного Леонтия согласятся в правильности Патриаршего предположения). Таким образом, установился модус вивенди, согласно которому Преосвященные Архиереи и иереи Русской Зарубежной Церкви тайно действовали в храмах миссии, но воздерживались от служений в храмах юрисдискции Патриархата.
После кончины Блаженнейшаго Тимофея, был выбран ныне здравствующий Венедикт. Тогда распространился слух о том, что модус вивенди изменен не будет. Были даже надежды на то, что отношения к Русской Зарубежной Церкви станут лучше. Действительность оказалась иной. Когда в начале 1961-го года в Иерусалим прибыл из САСШ молодой иеромонах, назначенный в помощники начальнику Миссии, Патриарх Венедикт не благословил иеромонаху вообще служить, даже в русских храмах, если он будет возносить имя Митрополита Анастасия.
Затем последовали частные увещевания отдельных священнослужителей Миссии отказаться от поминовения Первоиерарха Русской Зарубежной Церкви Митрополита Анастасия. Наконец, 12-го Августа 1961-го года помощник Патриарха, Севастийский Архиепископ Афинагор, официально потребовал прекращение поминания Митрополита Анастасия, т. е. выхода Миссии из состава Русской Зарубежной Церкви и вхождение ее в состав Иерусалимской Церкви. За этой переменой юрисдикции естественно последовала бы передача Миссии Иерусалимским Патриархом — Патриарху Московскому, т. е. Правительству СССР.
Получив от Начальника Миссии донесение о полученном предписании, Синод Русской Заруб. Церкви ответил следующей телеграммой:
«Предложение помощника Иерусалимского Патриарха Архиепископа Севастийского Афинагора от 12-го августа является канонически необоснованным вмешательством во внутреннюю жизнь Русской Церкви и нарушает практику вековой традиции.
«Это делается для удовлетворения тех русских иерархов, которые действуют в угоду безбожной коммунистической власти и по ее инструкциям.
«Архиерейский Синод не признает этих иерархов законными представителями Русской Церкви.
«Поэтому форма поминовения священноначалия Церковной власти в русской Духовной Миссии в Иерусалиме будет сохранена без изменения» (Текст телеграммы см. «Вестник Православного Дела», № 10, стр. 3.).