Война, продолжавшаяся всего шесть дней, по скорости и стратегии сравнимая с немецкими блицкригами времен Второй мировой войны, кардинальным образом изменила геополитический баланс на Ближнем Востоке. С военной точки зрения Израиль одержал победу, увеличив свою территорию почти в четыре раза, оккупировав Синайский полуостров (60 000 кв. км), Голанские высоты (12 000 кв. км), Западный берег реки Иордан (6000 кв. км), Сектор Газа (360 кв. км). Символическое значение имело установление контроля над Иерусалимом.
Согласно резолюции ООН № 181, Иерусалим должен был иметь статус corpus separatum, но из-за начала первой Арабо-израильской войны этого статуса он не получил, оставаясь разделенным между Израилем и Иорданией вплоть до 1967 г. Вопрос Иерусалима можно назвать одним из самых острых и трудноразрешимых в палестино-израильских отношениях. Контроль Израиля над Аль-Кудсом стал одним из главных факторов в идеологической войне, вызвав негодование мусульман по всему миру, сделав их противниками политики Израиля. Несмотря на то, что израильская администрация обещала не вмешиваться в управление святыми местами, которое осуществлялось тремя религиозными общинами Иерусалима, сам факт немусульманского контроля над Святым городом, воспринимался мусульманами как унижение. В 1980 г. Иерусалим был провозглашен единой и неделимой столицей Израиля.
Что касается остальных территорий, то в конце 70-х гг. XX в. часть их была возвращена Египту в рамках мирных соглашений (Синайский полуостров), часть аннексирована (Голанские высоты), часть имеет неопределенный с правовой точки зрения статус (сектор Газа и Западный берег реки Иордан). Говоря о неопределенности статуса оккупированных территорий Палестины следует отметить, что ситуация не имеет аналогов в мировой практике, ибо начиная с 1967 г. под контролем израильских войск находятся земли, не являющиеся частью территории страны, с населением, не имеющим израильского гражданства, а значит, и прав. Территории эти не были аннексированы, но находятся под оккупацией в течение всех последующих лет. Аннексия палестинских территорий, на которых проживало свыше 2,5 млн арабов, угрожала идее Израиля как еврейского национального государства. Захватив территории, где проживают палестинские арабы, Израиль фактически реализовал идею «единой Палестины», которую когда-то предлагали в рамках ООН страны так называемого «меньшинства» – Югославия и Индия. Но если в арабо-израильской Палестине предполагалось совместное участие в управлении государством, то на оккупированных палестинских территориях имел место режим, схожий с режимом апартеида, существовавшим в ЮАР или Южной Родезии. С 1967 г. палестинский народ, оказавшийся большей частью под контролем израильской армии, открывает новую страницу в истории своего сопротивления уже не как составляющей общеарабского фронта, а как самостоятельной политической силы, действующей в условиях оккупации. Арабские режимы оказались неспособными решить палестинский вопрос и вернуть захваченные Израилем земли, более того, они даже не смогли защитить свои территории.
Говоря о палестинских организациях, следует сказать о возникновении Организации освобождения Палестины (ООП), которая появилась еще в 1964 г. при активном участии ЛАГ. Инициатива создания ООП принадлежала президенту Насеру, который был заинтересован в наличии подконтрольной палестинской организации. Именно Насер настоял на том, чтобы первым руководителем ООП стал адвокат Ахмед Шукейри. Палестинское движение не было единым и состояло из многочисленных военно-политических группировок, боровшихся за лидерство и подвергавшихся давлению со стороны арабских стран, стремившихся взять под свой контроль палестинское сопротивление и использовать его в своих интересах. После шестидневного разгрома позиции Ахмеда Шукейри как лидера ООП ослабли, его хвастливые речи о сбросе Израиля в море контрастировали с результатами Шестидневной войны. При его преемнике Яхье Хаммуде ООП превращается в «дискуссионный клуб», эффективность которого невысока. После войны, поставившей палестинцев на грань новой катастрофы, появление новых жестких лидеров, способных предложить решение усугубившихся проблем, было неизбежным.
21 марта 1968 г. происходит событие, вошедшее в историю палестинского сопротивления как битва при Караме, в ходе которой иорданская армия и палестинские боевики смогли успешно противостоять попыткам израильской армии взять штурмом городок Караме, в котором находился большой лагерь палестинских беженцев. Палестинцы не только отбили атаки израильской армии, но и захватили несколько танков противника. Одним из героев этих событий стал лидер организации Фатх Абу Аммар, также известный как Ясир Арафат. Успешное противостояние израильским войскам подняло его авторитет среди палестинцев и других арабских народов, еще помнивших позор 1967 г. В июле 1968 г. на четвертом Палестинском конгрессе Арафат становится главой ООП, а Фатх занимает лидирующие позиции во всем палестинском сопротивлении.