В 16.23 “Де Рейтер” получил попадание во вспомогательное машинное отделение, но 8" снаряд не взорвался. Первые серьезные повреждения были получены в 16.38, когда “Нати” добился прямого попадания в “Эксетер”, на котором возник пожар. Хвост колонны совершил поворот “все вдруг” на 90° и оказался в строе фронта. Японская торпеда попала в эсминец “Кортенар”, который в 16.40 взорвался и немедленно затонул. (Учитывая время выпуска торпед — 16.22 — и дистанцию, можно предположить, что ее выпустил “Хагуро”.)
Ударное соединение пришло в полное замешательство. “Эксетер” горел, погиб эсминец, корабли спонтанно повернули на юг, прочь от японских транспортов. Три японские эскадры, блокировав путь на запад, в 16.40 повернули на юг, к берегам Явы. Их крейсера продолжали вести огонь. Ударное соединение повернуло назад к Сурабае.
Во время этой фазы боя японские тяжелые крейсера выпустили 1271 снаряд 8", “Дзинцу” и “Нака” сделали 171 выстрел из 4.5" орудий, и все японские корабли вместе выпустили 39 торпед. Американские эсминцы, которые находились с подбойного борта, пока еще в дело не вступали. Дистанция была очень велика, и ни одна из сторон не блеснула меткостью. Однако японцы сорвали планы Доормана атаковать транспорты.
В 16.50 соединение Доормана находилось в состоянии полного беспорядка, который усугубляла скверная связь между кораблями. Когда еще существовало объединенное командование АБДА, была опубликована англо-французская кодовая книга, однако по некоторым причинам она так и не попала на корабли АБДА. На борту “Де Рейтера” английский офицер связи должен был передавать приказы Доормана на “Эксетер”, который в свою очередь транслировал их на все англоговорящие корабли. Но когда “Эксетер” получил попадание, и его радиорубка была уничтожена, приказы уже нельзя было передать никак. Сигнальные прожектора и семафор стали бесполезны — на остальных англоговорящих кораблях отсутствовала голландская кодовая книга.
“Эксетер”, все еще пылая, двигался почти прямолинейно курсом SO-t-S. К 17.00 он оказался самым крайним кораблем на левом фланге соединения. 4 американских эсминца пересекли его кильватерную струю и образовали завесу для основной колонны крейсеров. Далее к югу “Перт” и “Ява” сначала повернули на 90° на запад, но потом, выстроившись в кильватер, повернули назад. “Хьюстон” и “Де Рейтер”, описав полный круг, присоединились к ним. Теперь в колонне оказались 4 крейсера. Было восстановлено некое подобие порядка. Эскадра теперь состоялаиз двух групп. В левую входили: подбитый “Эксетер” и эсминцы “Витте де Витт”, “Юпитер”, “Энкаунтер”, “Электра”, образовавшие завесу по левому борту “Эксетера”. В 10000 ярдов впереди и в 6000 ярдов правее них шли “Де Рейтер”, “Перт”, “Хьюстон” и “Ява”. Эту колонну слева прикрывали 4 американских эсминца. Обе колонны сохраняли курс SO-t-S до 17.13.
Три японских соединения гнались за ними, описывая широкую дугу с юга на юго-восток. Тяжелые крейсера “Нати” и “Хагуро” прошли на восток дальше других кораблей. Все три группы пошли на перехват соединений союзников. Это была маневренная фаза, ни одна из сторон до 17.15 не использовала артиллерию или торпеды.
Когда снова завязался бой, “Нати” и “Хагуро”, оказавшись самыми северными, выполнили “crossing Т” эскадре Доормана с кормы. В 5000–6000 ярдов южнее шли 8 эсминцев “Дзинцу” двумя колоннами по 4 корабля в 2000 ярдов друг от друга. Сам “Дэинцу” оказался справа от них на половине расстояния до “Нака” и его 6 эсминцев.
В 17.15 “Хагуро” и “Нати” открыли огонь по колонне “Де Рейтера”, а в 17.18 “Нати” выпустил торпеды по колонне “Экеетера”. Союзники не отвечали, но колонна “Де Рейтера” снова круто повернула влево к транспортам, уклоняясь от торпед. Тогда 4 эскадра эсминцев завязала схватку с “Эксетером” и его прикрытием на дистанции 18000 ярдов. “Хьюстон”, который теперь мог использовать неповрежденные носовые башни, открыл ответный огонь по “Нака”. Однако перед Объединенным Ударным Соединением встала новая проблема, так как обе группы шли сходящимися курсами, когда группа “Де Рейтера” повернула на N0 на колонну “Эксетера”, которая по-прежнему двигалась на юг. Произошла вторая свалка, в которой корабли опять сломали строй. Более того, соединение подвергалось нажиму с севера и запада, словно японцы почуяли затруднения Доормана. Контр-адмирал Такео Такаги, командующий Восточным Соединением Поддержки, приказал транспортам повернуть и двигаться прямо к местам высадки.