Адмирал Флетчер решил оставить “Йорктаун” и присоединиться к адмиралу Спрюэнсу. Желая оказаться поближе к месту завтрашнего боя и избежать атаки гипотетического пятого авианосца, ОС 16 и 17 отходили на О до сумерек, а потом повернули, чтобы блокировать севере-восточные подходы к Мидуэю. Эсминец “Хьюз”, оставленный охранять “Йорктаун”, сообщил, что “Йорктаун” можно попробовать спасти. Поэтому от рифа Френч Фригейт был выслан буксир “Вирео”, чтобы организовать буксировку. Позднее к “Вирео” присоединился эсминец “Гуин”. “Йорктаун” имел крен 25° на левый борт и сел носом, но все-таки держался на плаву. Поэтому Флетчер и Бакмастер решили попытаться спасти его. На помощь спасательному отряду были посланы эсминцы “Хамманн”, “Бэлч” и “Бенхэм”. “Хамманн”, подойдя к правому борту авианосца, высадил спасательную партию, остальные 4 эсминца образовали кольцевую завесу диаметром 2000 ярдов вокруг поврежденного корабля.
Однако завеса оказалась дырявой. В 7.00 японский разведывательный самолет обнаружил “Йорктаун” и сообщил его координаты и состояние. Адмирал Ямамото отправил подводную лодку 1-168 (5 июня обстреливала Мидуэй) к этому месту. Субмарина прошла внутрь завесы и в 13.30 выпустила 4 торпеды. 1 прошла мимо, 2 попали в “Йорктаун”, пройдя под килем “Хамманна”, четвертая переломила пополам несчастный эсминец. “Хамманн” затонул в течение 3 минут, а упрямый “Йорктаун” продержался до на воде 6.00 7 июня.
Трудно представить, что творилось на борту флагманского корабля Ямамото, линкора “Ямато”. Всего лишь за несколько часов 4 гигантских авианосца, ураганом промчавшиеся от Гавайев до Индийского океана, получив при этом ни единой царапины, погибли. Казалось, что Ямамото был оглушен известием о гибели “Акаги”, “Kara” и “Сорю”. Временно вспыхнула надежда, когда пришло сообщение, что “Йорктаун” потоплен, а “Хирю” все еще на плаву, невредим и продолжает сражаться. Сначала он был изумлен самим фактом присутствия здесь американских авианосцев, потом адмирал не хотел верить, что их не 2, и потому “Хирю” в очень сложной ситуации. Более того, скоро его Объединенный Флот должен был прибыть в район боя. Поэтому, Ямамото полагал, что еще не все потеряно.
В 12.20 4 июня он приказал Алеутскому Второму Ударному Соединению и 2 Флоту Кондо идти на рандеву с его Главными Силами к северо-западу от Мидуэя. 5 июня в 12.00 он приказал транспортам с войсками временно отойти на северо-запад. По мере развития событий, его информация становилась все более полной и точной, и Ямамото начал понимать, что ситуация сложилась крайне тяжелая. Теперь он точно знал, что в начале боя американцы имели 3 тяжелых авианосца,