31.05.1945 г. Флоту были переданы Ha-201
и Ha-202, которые вошли в состав 52-го ДПЛ и приступили к боевой подготовке. I-13 и I-14 (1-й ДПЛ) вышли из Куре и направились в Оминато. I-165 (15-й ДПЛ) вышла из Йокосуки и направилась в район к югу от о. Окинава для атаки американских боевых кораблей, имея на борту две человекоуправляемые торпеды (группа "Тодороки").1.06.1945 г. МГШ принял решение, строившиеся ПЛ типа STo (I-402
и I-404)[39] переоборудовать в ТН. Капитан 1 ранга Аридзуми перенес свой флаг на I-401.4.06.1945 г. I-351
(15-й ДПЛ) пришла в Сасебо. Доставленное ею топливо позволило 901-й авиационной группе (шесть торпедоносцев и четыре бомбардировщика с I-400, I/-401, I-13 и I-14) приступить к тренировкам атаки шлюзов Панамского канала, макет которых был построен в бухте Нанао (залив Тояма) на западном побережье о. Хонсю.5.06.1945 г. Ro-50
(15-й ДПЛ) пришла в Куре после патрулирования у о. Окинава. I-13 и I-14 (1-й ДПЛ) пришли в Оминато.6.06.1945 г. I-36
(15-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась к Марианским о-вам для атаки американских боевых кораблей, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (группа "Тодороки").10.06.1945 г. I-122
(33-й ДПЛ) во время учебного похода с экипажем строившейся ПЛ, была потоплена американской ПЛ Skate в заливе Тояма (на западном побережье о. Хонсю). Ha-103 (16-й ДПЛ) пришла на о. Маркус разгрузилась и направилась в Куре.14.06.1945 г. Ha-101
(16-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась к о. Маркус, имея на борту 56 т продовольствия и медикаментов.16.06.1945 г. I-363
(15-й ДПЛ) вышла из Куре и направилась в район к югу от о. Окинава для атаки американских боевых кораблей, имея на борту пять человекоуправляемых торпед (группа "Тодороки"). Ha-103 (16-й ДПЛ) пришла в Куре.17.06.1945 г. I-400
и I-401 (1-й ДПЛ) вышли из Куре и направились в Дайрен (Манчжурия) для приема топлива и окончательной подготовки к нанесению удара по шлюзам Панамского канала.19.06.1945 г. I-401
(1-й ДПЛ) подорвалась на магнитной мине в районе к югу от о. Хонсю, выставленной (ориентировочно 16.06.1943 г.) американской базовой авиацией. Корабль был вынужден направиться в Куре для восстановительного ремонта.20.06.1945 г. МГШ решил отменить воздушный удар по Панамскому каналу и атаковать американские АВ у атолла Улити. I-13
и I-14 (1-й ДПЛ) вышли из Оминато и направились к атоллу Трук. На каждом из кораблей имелось по два разобранных ГСМ, которые планировали собрать на Труке и использовать в качестве разведчиков для обеспечения удара человекоуправляемых торпед по американским АВ у о. Улити. I-36 (15-й ДПЛ) дважды безуспешно атаковала американский КОН на подходах к о. Сайпан тремя человекоуправляемыми торпедами. В результате контратаки со стороны ЭМ эскорта рулевое управление ПЛ и оставшиеся три человекоуправляемые торпеды получили тяжелые повреждения. Корабль не мог всплыть из-за патрулировавших в районе американских ЭМ.21.06.1945 г. I-401
(1-й ДПЛ) пришла в Куре и встала в док для устранения повреждений, полученных в резупьтате подрыва на мине 19.06.1945 г.22.06.1945 г. I-352
и I-204, имевшие 90 % готовность, были разрушены в Куре американской базовой авиацией. Оба корабля стояли у достроечной стенки верфи флота. Ha-101 (16-й ДПЛ) пришла на о. Маркус, разгрузилась и направилась в Куре.24.06.1945 г. I-400
пришла в Куре.25.06.1945 г. Флоту была передана Ha-204
, которая вошла в состав 33-го ДПЛ и приступила к боевой подготовке.26.06.1945 г. Флоту была передана Ha-203
, которая вошла в состав 33-го ДПЛ и приступила к боевой подготовке.27.06.1945 г. I-165
(15-й ДПЛ) была потоплена в 450 милях к востоку от о. Сайпан американской базовой авиацией. I-36 (15-й ДПЛ) во Внутреннем японском море была безуспешно атакована неизвестной американской ПЛ.29.06.1945 г. I-36
(15-й ДПЛ) пришла в Токуяма, выгрузила оставшиеся человекоуправляемые торпеды и направипась в Куре.30.06.1945 г. I-363
(15-й ДПЛ) пришла в Токуяма, не сумев выпустить ни одной из человекоуправляемых торпед. I-36 (15-й ДПЛ) пришла в Куре. I-351 (Седьмая эскадра ПЛ) вышла из Сасебо и направилась в Сингапур.3.07.1945 г. Флоту была передана Ha-205
, которая вошла в состав 52-го ДПЛ и приступила к боевой подготовке. I-503 (Второй Экспедиционный флот) вышла из Сабанга и направилась в Кобе. I-13 и I-14 (1-й ДПЛ) вышли из Оминато и направились к атоллу Трук. На каждом из кораблей имелось по два разобранных ГСМ, которые планировали собрать на Труке и использовать в качестве разведчиков для обеспечения удара человекоуправляемых торпед по американским АВ у о. Улити.4.07.1945 г. Ha-101
(16-й ДПЛ) пришла в Куре.8.07.1945 г. I-504
(Второй Экспедиционный флот) вышла из Сингапура и направилась в Кобе, имея на борту около 120 т нефти.13.07.1945 г. Флоту была передана Ha-111
, которая вошла в состав 10-й эскадры, перешла в Куре и приступила к боевой подготовке.