30.01.1941 г. КР пришел в Баликпапан и 2.02.1942 г. - в Лингаен. 14.02.1942 г. 4-ю флотилию ЭМ сосредоточили в Джоло на архипелаге Сулу. 18.02.1942 г. корабль возглавил Первую Эскортную Группу контр-адмирала Нисимура Восточных Сил Вторжения на Яву и в охранении КОН (41 TP) направился в Баликпапан (с 22-го по 24.02.1942 г.) и затем к Крагану (у Сурабайи). 24.02.1942 г. он вышел в море и проследовал к Яве. 27.02.1942 г. в ходе дневной фазы боя в Яванском море корабль безрезультатно выпустил восемь (по другим данным четыре) торпед и 221 140-мм снаряд, поставил дымовую завесу, затруднившую ведение огня противником, и вступил в короткую перестрелку с поврежденным английским ТКР Exeter. После завершения дневной фазы с КР подняли в воздух бортовой ГСМ для наблюдения за кораблями Доормана. Во время ночной фазы боя ГСМ сбрасывал над союзниками осветительные бомбы и корректировал огонь своих КР. После разгрома эскадры ABDA Нака до 8.03.1942 г. патрулировал в Яванском море.
12.03.1942 г. он в охранении TP пришел в Макассар, где приступил к подготовке к операции по захвату о- вов Рождества. 26.03.1942 г. корабль прибыл в бухту Бантен. 29.03.1942 г. КР во главе соединения контрадмирала Нисимура направился к о. Рождества (в 200 милях южнее Явы) и 31.03.1942 г. обеспечивал его оккупацию. 1.04.1942 г. к северу от о. Кристмас (в 12 милях от пункта высадки) корабль атаковала американская ПЛ Seawolf. Из девяти торпед, выпущенных в трех атаках с дистанций от 1500 до 700 м. в правый борт Нака попала одна - в район КО № 1. Взрыв привел к появлению большой пробоины (6,1 х 6 м), затоплению КО № 1 (около 800 т воды), разрушению 140-мм орудия № 3 и носового ТА правого борта.
Экипажу, среди которого потерь не было, удалось удержать КР на плаву и он в сопровождении ЭМ Амуцукадзе, со скоростью 12 уз, 3.04.1942 г. прибыл в бухту Бантен. С 6-го по 10.04.1942 г. Нака самостоятельно перешел в Сингапур, где с 29.04 по 3.06.1942 г. на базе флота Селетар заделали пробоину. С 3-го по 12.06.1942 г. корабль перешел в Йокосуку, где на верфи флота с 21.06.1942 г. по 5.04.1943 г. провели восстановительный ремонт; кормовое 140-мм орудие заменили на 127-мм установку тип 89 мод. А1; до 10 (2 х 3; 2 х 2) увеличили число 25-мм зенитных автоматов; демонтировали 140-мм орудие № 5 (установили на месте орудия № 3), минные рельсы и 6,5-мм пулеметы; счетверенную установку 13,2-мм пулеметов заменили на две спаренные того же калибра; смонтировали РЛС тип 21 мод. 2, гидрофон тип 93 и активную акустическую станцию тип 93. 1.04.1943 г. Нака вошел в состав 14-й ДКР Четвертого флота и с 25-го по 30.04.1943 г. перешел из Йокосуки на атолл Трук. С 2-го по 15.05.1943 г. он простоял на Маршалловых о- вах, с 18.05 по 15.06.1943 г. - на атолле Джалуит и 18.06.1943 г. возвратился на атолл Трук. С 17-го по 24.07.1943 г. корабль доставил грузы на атолл Мили (Милле), с 25-го по 29.07.1943 г. - армейские части в Рабаул. С 3-го по 10.09.1943 г. КР патрулировал в центральной части Тихого океана с заходом на атолл Малоелап (9.09.1943 г.). С 12.09 по 3.10.1943 г. Нака принимал участие в спасении АТР Фудзикава Мару (6938 т), торпедированного американской ПЛ у атолла Уай. 15.09.1943 г. он вступил в охранение АТР и направился к о. Трук с заходом на атоллы Мили (23.09.1943 г.), Кваджелейн (24 - 25.09.1943 г.) и Джалуит(с26-го по29.09.1943 г.). С 11-го по 18.10.1943 г. КР перешел в Шанхай и с 21-го по 28.10.1943 г. в охранении второго эшелона КОН "Тей № 4" обратно - на Трук. 1.11.1943 г. с армейскими частями на борту Нака направился в Кавиенг. 3.11.1943 г. на подходе к о. Новая Ирландия надстройки корабля были повреждены пушечным огнем с самолетов американской палубной авиации. 4.11.1943 г. КР разгрузился в Кавиенге и 9.11.1943 г. возвратился на атолл Трук. С 21.11 по 10.12.1943 г. он патрулировал у о-вов в центральной части Тихого океана, имея на борту части морской пехоты, которые не смог выгрузить на о-вах Гилберта из-за высадки на них американцев. В ходе операции корабль заходил на атоллы Кваджелейн (с 25-го по 30.11.1943 г.), Тарава и Мили. С 19-го по 24.12.1943 г. КР доставил армейские части на о. Рой и атолл Кваджелейн. С 1-го по 8.01.1944 г. КР принимал участие в операции по спасению войскового TP Киодзуми Мару, торпедированного американской ПЛ в 250 милях к югу от атолла Трук. В феврале 1944 г., после перебазирования Объединенного флота на Палау, корабль остался на Труке для обеспечения эвакуации оставшегося персонала и имущества.
17.02.1944 г. у о. Удо во время налета американской палубной авиации (с АВ Bunker Hill и Cowpens из состава ОС 58) в его правый борт попала торпеда (в район за носовой надстройкой) и тяжелая бомба (перед носовой надстройкой). Нака практически утратил боеспособность и спустя два часа был добит бомбардировщиками противника (с тех же АВ). 210 чел. из состава экипажа корабля на шлюпках добрались до берега.