В связи с этим разными организациями, участвующими в работе по проектированию новой БМП предлагались и отстаивались разные предложения. Так, например, головной институт по бронетанковой технике ВНИИТрансмаш предлагал в качестве основного оружия взять 76-мм пушку средней баллистики. Головной институт по вооружению ЦНИИТочмаш предлагал использовать 45-мм автоматическую пушку, соисполнитель по вооружению тульское КБП предложило использовать разработанное там новое 100-мм орудие низкой баллистики, чтобы осуществлять через его ствол уже отработанной ПТУР «Бастион» с телеориентированием ракеты в информационном лазерном луче и вести огонь из орудия также и 100-мм осколочно-фугасными снарядами. В двух первых вариантах значительно повышался уровень огневой мощи артиллерийского вооружения, но при этом предполагалась установка ПТРК «Конкурс», как и на БМП-1 или БМП-2. Уже были изготовлены и проходили конструкторские испытания опытные образцы новой БМП, а окончательное решение по комплексу вооружения так и не было принято.
Между КБ и НИИ, по сути, шла война, каждый отстаивал свое мнение, считая его оптимальным. В конечном счете, все соисполнители пришли к мнению: чтобы окончательно сделать выбор в пользу того или иного комплекса вооружения будущей БМП, необходима методика сравнительной оценки эффективности вооружения БМП. Однако такую методику предстояло разработать и согласовать, потому споры не прекращались, время шло. А на коллегиях министерства оборонной промышленности, в ВПК, в ЦК КПСС торопили, требовали результата. Министр оборонной промышленности решил пойти на крайние меры: он приказал руководителям всех организаций, занимающихся комплексом вооружения — СКБ КМЗ, ВНИИТрансмаш, ЦНИИТочмаш и КБП, — собраться в Кургане и работать там до тех пор, пока не будет найдено решение, которое обеспечит скачок в росте огневой мощи будущей машины. Через три недели такое решение было найдено. Была сформирована и успешно реализована принципиально новая идеология построения комплекса вооружения, которая в значительной мере определила внешний облик машины и позволила обосновать структурный состав и основные характеристики пушечно-ракетного вооружения и системы управления огнем. Это решение было поддержано и представителем ЦНИИТочмаш. За основу было взято предложение тульского КБП, доработанное конструкторами СКБ КМЗ: объединить в одном блоке, размещенном в башне, 100-мм орудие-пусковую установку, 30-мм автоматическую пушку и 7,62-мм пулемет. Комплекс управляемого вооружения использовал ПТУР «Бастион», запуск которой осуществлялся через ствол орудия-пусковой установки.
И если ПТУР «Бастион» изначально создавался под 100-мм нарезную танковую пушку Д-10Т2С, то при создании комплекса вооружения БМП-3 пришлось создавать орудие под уже имеющуюся и освоенную в серийном производстве ПТУР. Не стоит забывать, что в ТТТ значилось, что новая БМП должна плавать, а значит, при конструировании любой системы машины следовало учитывать жесткие ограничения по массе. Столкнулись с проблемой ограничения массы и при создании комплекса вооружения. Первоначально инженеры тульского КБП обратились с предложением о конструировании 100-мм орудия-пусковой установки в специализированные артиллерийские КБ в Горьком, Свердловске и Ленинграде, поскольку сами никогда не занимались артиллерийскими системами такого калибра. Специализированные артиллерийские КБ после проведения предварительных расчетов заявили, что смогут создать 100-мм пушку с массой не менее 750 кг. Это значительно превосходило критические возможности боевой машины пехоты по массе. И тогда за дело взялся один из величайших конструкторов-оружейников планеты Василий Петрович Грязев. Созданное им орудие имеет массу 230 кг и позволило обеспечить угол вертикального наведения 60 град., а не 15 град., как в конструкциях специализированных артиллерийских КБ. Помимо сокращения массы орудия конструктор сумел найти решения, позволившие создать его в относительно небольших габаритах. Так, например, в этом орудии применена оригинальная конструкция тормоза отката и накатника, интегрированных в конструкцию ствола. Механизм выброса стреляных гильз из машины, как таковой, отсутствует. Эту функцию выполняет само орудие во время производства наката после перевода орудия после выстрела в горизонтальное положение. В конце наката после отпирания затвора экстракторы энергично выбрасывают гильзу в открывающийся лючок в задней части башни непосредственно на улицу. Таким образом, не потребовалось никаких дополнительных устройств для удаления стреляных гильз.