В боевом составе 124-го мтап числилось 12 Ту-16КС, один постановщик помех Ту-16СПС (Ту-16П), шесть заправщиков Ту-16ЗЩ (Ту-16ЗА). Затем на ракетоносцы перевооружили 5-й мтап авиации ЧФ, а в 1958 году комплексы начали поступать на Северный и Тихоокеанский флоты.
Освоение ракетного комплекса проходило довольно успешно, и в 1958 году выполнили 124 пуска. В процессе боевой подготовки постепенно выявлялись возможности «Кометы» и разрабатывалась тактика его боевого применения. Причем особое внимание уделялось оценке использования комплекса в условиях радиопомех.
Изучение и анализ пуска ракет привели к выводу о возможности одновременного применения с одного носителя сразу двух изделий. Ранее это исключалось. Практическую проверку парного пуска осуществил экипаж командира 5-го мтап ЧФ В.Дубины в начале 1958 года. Несколько позже проверили возможность пуска трех ракет из боевого порядка отряда «колонна» с последующим взятием их на автосопровождение и наведением с одного самолета. При этом ракетоносцы следовали одним курсом с дистанцией 1,5–2 км и превышением над впереди идущим на 100–150 метров. Самолет командира отряда, оператор которого наводил ракеты на цель, замыкал боевой порядок. Пуск ракет производился по команде командира отряда в последовательности, соответствующей строю самолетов с интервалом 15–20 секунд. Ракеты ведомых последовательно брались штурманом-оператором командирской машины на автосопровождение. Такой прием обеспечивал наведение трех самолетов-снарядов на одну цель, но вряд ли представлял практическую ценность.
После устранения недостатков, выявленных в начале эксплуатации «Кометы», удалось увеличить вероятность попадания в цель, а дальность пуска довести до 130 км. Постепенно возможности комплекса раскрывались все полнее. Существовало опасение, что при одновременном заходе на цель с направлений, отличавшихся менее чем на 90 градусов, взаимные помехи станций ракет будут срывать синхронизацию РЛС К-1М и выбивать ракету из луча наведения. В то же время расчеты показывали, что мощность этих помех будет незначительной и может проявиться на удалениях до цели менее 30 км. Лишь после успешных летных исследований, проведенных на самолетах-аналогах МиГ-17СДК, осуществили шесть пусков «КС» с направлений заходов ракетоносцев с разницей 45–80 градусов. В итоге три ракеты поразили цель.
В 1961 году на РЛС К-1М установили помехоустойчивые блоки и выполнили восемь пусков ракет с носителей, РЛС которых работали на одинаковых частотах. Шесть ракет поразили цель, причем направления захода носителей отличались на 20–30 градусов.
Одним из основных факторов успешности боевых действий всегда считалась тактическая внезапность нанесения удара. Достигалась внезапность различными путями и в том числе скрытным выходом самолетов ударной группы на рубеж пуска ракет на малых высотах. Изучая вопрос изменения высоты пуска ракет, пришли к выводу, что ее снижение до 2000 метров на дальность обнаружения цели и полет ракет по лучу РЛС не повлияет, но могут возникнуть затруднения с вводом «КС» в луч. Поэтому для создания лучших условий для ввода угол отклонения руля высоты ракеты в программном полете уменьшили с девяти до семи градусов, что привело к понижению траектории на 140 метров. Шестьдесят процентов ракет, запущенных с 2000 метров, поразили цели.
Таким образом, применение ракет в более широком диапазоне высот стало реальностью. Оставался последний резерв расширения возможностей оружия – увеличение высоты пуска. Но это оказалось не просто. Двигатель РД-500К плохо запускался на высотах 4500–5000 метров. За счет увеличения давления топлива перед форсунками высоту запуска довели до 7000 метров. Однако выяснилось, что на высотах более 6000 метров ракеты выводились программным механизмом на траекторию очень близко от носителя. Увеличение высоты оказалось невыгодным и по тактическим соображениям. Оказалось, что если экипаж Ту-16КС пустит ракету с высоты 10 000 метров и удалении до цели 90 км, то к моменту перехода ее на автосопровождение он окажется на расстоянии 24 км от цели. При пуске же с той же дальности, но с 2000 метров, это расстояние будет почти вдвое больше. Таким образом, в первом случае носитель входил в зону ЗУР ближнего действия.
К концу 1950-х на вооружении пяти минно-торпедных полков состояло 90 комплексов Ту-16КС. Обычно полки включали две эскадрильи ракетоносцев и одну – самолетов обеспечения, а дивизия состояла из двух полков.
К 1955 году система Ту-16КС уже не соответствовала уровню оборонительного зенитного вооружения вероятного противника. Дальность пуска «КС» находилась в пределах зоны поражения создаваемых в США корабельных зенитных ракет «Тейлос». А скорость ракет была на уровне реактивных истребителей, что способствовало их раннему перехвату.
По этому поводу командующий авиацией ВМФ Е. Преображенский сообщал в ГКАТ:
«К основным недостаткам системы «Комета» относятся: