Стремление минимизировать коэффициент лобового сопротивления самолета и возможность попадания в воздухозаборники посторонних предметов заставили по-новому взглянуть на компоновку машины. Более того, огромные ТРД АМ-3 (диаметр – 1,47 м) просто не компоновались под крылом бомбардировщика. Наиболее привлекательным было размещение ТРД вблизи фюзеляжа, частично спрятав их в крыло. Однако интерференция газовых струй и фюзеляжа, особенно с блистерами в кормовой части и горизонтальным оперением, вынудили развернуть двигатели под углом к плоскости симметрии машины. В свою очередь, это обусловило подвеску ТРД не к силовым нервюрам центроплана, а к шпангоутам фюзеляжа. Так образовались специфические вмятины в его боках с изогнутыми каналами воздухозаборников.
Забегая вперед, отмечу, что в одном из полетов, в ходе государственных испытаний, отсосало один из блистеров. Это, видимо, и явилось следствием интерференции струй ТРД и фюзеляжа. Об этом вы узнаете подробнее чуть позже, а пока отмечу, что в том полете все обошлось без человеческих жертв.
Нередко появление приталенности фюзеляжа представители фирмы выдавали за гениальное предвидение сформулированного позже американским аэродинамиком Уиткомбом правила площадей. В действительности никакого предвидения не было, ведь каждый мало-мальски думающий аэродинамик скажет, что для достижения минимального аэродинамического сопротивления желательно придать телу обтекаемую форму с плавным изменением площади его поперечного сечения. Уиткомб лишь сформулировал это правило, а не открыл какой-то закон аэродинамики.Макет самолета «88» утвердили в апреле 1951 года, а спустя четыре месяца очередным постановлением правительства ОКБ-156 обязали установить на бомбардировщик двигатели АМ-3. Первую опытную машину, получившую после принятия на вооружение обозначение Ту-16, построили в марте следующего года, а 27 апреля экипаж заводского летчика-испытателя Н.С. Рыбко поднял бомбардировщик в воздух. Для первого полета ограничили максимальный взлетный вес 68 000 кг при нормальном 48 800 кг (в эскизном проекте 64 500 и 46 950 кг соответственно). В декабре 1952 года, еще до окончания заводских испытаний, приняли решение о начале серийного производства Ту-16.Второй опытный экземпляр Ту-16
Заводские испытания шли неплохо, но 3 октября, менее чем за месяц до их завершения, произошла первая авария. Во время рулежки при боковом ветре после установки дополнительного демпфера «шимми» на передней опоре шасси Н.С. Рыбко не справился с управлением тяжелой машиной, и она выкатилась на грунт. В итоге самолет, сломав правую «ногу» шасси, лег на крыло.
На этапе заводских испытаний было выполнено 46 полетов, после чего 15 ноября 1953 года бомбардировщик передали в НИИ ВВС на государственные испытания. Испытательную бригаду возглавил инженер Б.А. Неверов, а ведущими по самолету были летчики В.М. Шульгин и А.К. Стариков, вторые пилоты Горбачев и Рыбкин, штурман-навигатор И.Н. Имфимовский и штурман-оператор Р.Н. Семовских, стрелок-радист Р.Х. Абдеев и воздушный стрелок В.П.Петриков.В ходе государственных испытаний, завершившихся 30 мая 1953 года, на машине выполнили 79 полетов. Несмотря на то что самолет продемонстрировал высокие летные данные, он испытания так и не выдержал. Причин для столь суровой оценки было немало, и прежде всего Ту-16 в предъявленном виде не мог решать поставленные перед ним задачи. Из-за недоведенного радиолокационного прицела «Рубидий ММ-2» невозможно было осуществлять не только прицельное бомбометание в сложных метеоусловиях и ночью, но и с достаточной точностью выходить в район цели. Ненадежно работали опытные пушечные башни и прицельные станции ПС-48ММ. Плохая работа стрелкового радиолокационного прицела «Аргон» не обеспечивала надежную защиту от истребителей противника. Оставляла желать лучшего и работа топливной аппаратуры, снижавшей приемистость двигателей. Более того, из-за установленных главным конструктором ограничений в полете с максимальным весом летчик не имел необходимого запаса скорости при наборе высоты и в горизонтальном полете на высотах ниже 9500 метров.Аварийная посадка летчика-испытателя Н.С. Рыбко
Отмечалось и несоответствие некоторых летных данных заданным постановлением правительства. Так, длина разбега превышала задание минимум на 520 метров. Максимальная техническая дальность при полной выработке топлива была на 400 км ниже, а потолок над целью не превышал 12 200 вместо 13 000 метров. В итоге самолет вернули ОКБ-156 для устранения выявленных дефектов и недостатков.
Опытная машина оказалась перетяжеленной, за что в марте 1953 года приказом министра А.Н. Туполеву и ведущему конструктору Д.В. Маркову наложили взыскание. Потолок и дальность оказались ниже заданных. В связи с этим в ОКБ-156 начался поиск резервов веса, счет шел на килограммы.