Два последних самолета этого типа укомплектовали кормовой артиллерийской установкой. Три «нулевки», по словам очевидцев, после испытаний передали в Центры боевого применения и переучивания летного состава Дальней авиации в Рязани и два Ту-22М0 – морской авиации в г. Остров Псковской области. Впоследствии по одной машине передали в Ачинское военное авиационное техническое училище (ВАТУ) и на учебный аэродром Военно-воздушной академии им. Н.Е.Жуковского. Несмотря на незначительное количество построенных Ту-22М0, до наших дней дошли две машины, одна из которых хранится в Монинском музее ВВС, а другая – в Киевском национальном музее авиации Украины.
Пока Ту-22М0 испытывались, в ОКБ на набережной Яузы в Москве без санкции правительства машину успели доработать, создав, по сути, новый самолет, и в июле 1971 года начали заводские испытания предсерийного Ту-22М1. В этом же году приступили к разработке более мощного и экономичного двигателя НК-25, предназначавшегося для Ту-22М следующих модификаций.
В отличие от «нулевки», на первую модификацию запланировали новые двигатели НК-22 тягой по 22 000 кгс, под которые она изначально и рассчитывалась. Внешне самолет, аппаратуру РЭП которого переместили в фюзеляж, отличался лишь оборонительным вооружением, состоявшим из кормовой установки с парой двухствольных пушек ГШ-23Л, радиолокационным ПРС-4КМ с дальностью обнаружения целей до семи километров и телевизионным прицелами, а также формой обечаек воздухозаборных устройств двигателей, близкой к прямоугольной. Но если внимательней присмотреться к машине, то можно было обнаружить доработанное крыло увеличенного размаха и ряд более мелких отличительных признаков. Кроме этого, на самолете установили автоматическую систему управления АБСУ-145. Одновременно удалось облегчить пустой самолет почти на 3000 кг.
Самолет рассчитывался на доставку к цели до двух ракет Х-22М или до 12 т бомб в перегрузку при нормальной загрузке 3000 кг.
Первый экземпляр Ту-22М1 построили на Казанском авиационном заводе, но с опытными двигателями НК-144–22, которые в серийном производстве получили обозначение НК-22 (изделие «ФМ») тягой по 20 000 кгс. В июле экипаж летчика-испытателя ОКБ Б.И. Веремея приступил к летным испытаниям опытной машины, которые показали, что максимальная его скорость взросла на 130 км/ч, а дальность – почти на 800 км. До параметров, заданных постановлением правительства, недотянули по скорости 190 км/ч и по дальности 400 км. Несмотря на заниженные по сравнению с расчетными летные данные, Ту-22М1, запустили в производство и построили девять машин, из них лишь две оснастили полным комплектом пилотажно-навигационного и прицельного оборудования.
Летные испытания новой техники всегда связаны с возникновением нештатных ситуаций. Например, на Ту-22М1 в полете на проверку устойчивости работы двигателя НК-22 с новым ионизированным розжигом форсажа на высоте 17 000 метров, близкой к динамическому потолку, и скорости, соответствовавшей числу М=0,9, у экипажа Б.И. Веремея в момент дачи РУДа произошел помпаж двигателей. Их сразу же отключили, но один все же вышел из строя. Исправный двигатель удалось запустить на высоте 8000 метров, но погода в районе аэродрома «Казбек» (открытое наименование аэродрома ЛИИ) ухудшилась, и посадку произвели на военном аэродроме Чкаловская при высоте нижней кромки облачности 50 и видимости 500 метров.
Это лишь один эпизод из «биографии» Ту-22М1, в действительности различных отказов, в том числе и связанных с риском для жизни экипажа, было предостаточно.
Авиастроители надеялись после установки форсированных ТРДФ НК-23 (дальнейшее развитие НК-144) тягой по 23 000 кгс довести максимальную скорость самолета с одной ракетой Х-22М до 2300 км/ч и дальность на дозвуковой скорости – до 7000 км. Но резервы двигателя, предназначавшегося для первого в мире сверхзвукового авиалайнера, были исчерпаны, и улучшить его параметры не удалось.
Несмотря на то что еще в ходе заводского этапа совместных испытаний самолеты Ту-22М0 освоили экипажи НИИ ВВС, государственные испытания начались с варианта Ту-22М1. Ведущими на этом этапе были инженер В.В. Стамма и летчики В.И. Цуварев, Н. Абелов, Г.Ф. Бутенко, В. Иванов и Б. Олейников. Результаты испытательных полетов не радовали, поскольку на втором варианте самолета также не удалось достигнуть заданных параметров.
Из девяти построенных Ту-22М1 пять машин передали в Центр боевой подготовки и переучивания летного состава морской авиации. Единственный из дошедших до нас Ту-22М1 находится в Рижском музее авиации.