В феврале 1940 года, за четыре месяца до выхода правительственного документа, подготовили эскизный проект. Но настоящая работа по созданию будущего Ту-2 началась в соответствии с июньским 1940 года постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) и последовавшим за ним приказом наркомата авиационной промышленности (НКАП). Правительственным документом предусматривалась постройка трех машин с двигателями жидкостного охлаждения: одной с АМ-35А и двух – с М-120ТК. Согласно заданию бомбардировщик с АМ-35А и экипажем из трех человек должен был развивать максимальную скорость 560 км/ч на высоте 7000 метров, подниматься на 11 000 метров и летать на расстояние до 2500 км, а в отдельных рейдах – до 3200 км. Этот самолет предписывалось построить к 1 января 1941 года.
Две других машины с Y-образными трехрядными 18-цилиндровыми моторами жидкостного охлаждения М-120ТК конструкции В.Я. Климова, оснащенными турбокомпрессорами, должны были при той же дальности развивать скорость в горизонтальном полете на средних высотах не менее 625 км/ч, а в стратосфере (на 12 000 метров) – 720 км/ч. При этом практический потолок задавался 13 000 метров. Первый экземпляр самолета «103» с М-120ТК предписывалось сдать на летные испытания к 1 марта, а второй – к 1 мая 1941 года.
В июле заказчик утвердил макет бомбардировщика с четырехпулеметной носовой установкой вместо заданной двухточечной. В передней кабине находился пилот, а в задней – штурман и стрелок-радист. Подобная компоновка позволила обжать фюзеляж, снизив до минимума его лобовое сопротивление.
Спустя месяц руководство ОТБ рапортовало:
В октябре последнего предвоенного года ситуация еще раз изменилась, и на первую машину приказали поставить более мощные моторы АМ-37. Вторую и третью требовалось построить с размещением летчика и штурмана в передней кабине. Такое решение военные приняли после досконального изучения бомбардировщика Ju88 фирмы «Юнкерс», закупленного в мае 1940 года в Германии.
Согласно уточненным требованиям скорость самолета с моторами М-120ТК снизили до 580–600 км/ч на высоте 7000 метров, а практический потолок – до 10 000 метров. Дальность оставалась прежняя – 2500 км. Уже тогда постройка бомбардировщика с М-120ТК была весьма проблематичной из-за отсутствия двигателей, но его все же оставили в задании.
На опытной машине «103», как известно, во время испытаний удалось получить параметры, близкие к аналогичным характеристикам истребителей тех лет. Но вскоре после удовлетворения требований ВВС по расположению летчика и штурмана в одной кабине и установки под крылом тормозных решеток скорость заметно снизилась. К тому же в состав экипажа ввели четвертого члена – воздушного стрелка (ранее был только стрелок-радист).
Первый полет самолета, пилотируемого М.А. Нюхтиковым, состоялся 18 мая 1941 года. Новая машина «103-У» (АНТ-59) показала неплохие результаты, но 6 июля она потерпела катастрофу. Пожар правого мотора не удалось ликвидировать, и экипажу пришлось покинуть самолет на парашютах, но не всем. Штурман НИИ ВВС Акопян, как рассказывали, зацепился за что-то парашютной лямкой и остался в бомбардировщике. Погиб и инженер Мальцев.
Начавшаяся Великая Отечественная война заставила пересмотреть все планы мирного времени. Опытный завод № 156 и конструкторское бюро эвакуировали в Омск, и на основании июльского приказа НКАП они были слиты с местным предприятием. Новое объединение получило наименование «Завод № 166».
Спустя десять дней после этого события последовало постановление ГКО, в проекте которого, отпечатанного 17 июля, говорилось: