Взяв за основу фрески, скульптуры и гравюры из Ушмаля и Чичен-Ицы, Ле Плонжеон заново воссоздал историю целого ряда индейских правителей, определив в то же время характер их связи с другими культурами. По мнению Ле Плонжеона, события эти имели место 11 500 лет назад. Эта история полностью представлена в книге ученого «Священные тайны майя и киче». Здесь рассказывается о любви королевы Му и принца Коха, а также о гибели последнего от рук его ревнивого брата Аака. В соответствии с теорией Ле Плонжеона, во время беспорядков, последовавших за гибелью Коха, королева Му вынуждена была бежать в Египет. Здесь местные жители признали в ней свою соплеменницу. В пользу этой истории свидетельствовали не только многочисленные артефакты, найденные в Ушмале и Чичен-Ице, но и кремированные останки того, что сам Ле Плонжеон идентифицировал как сердце принца Коха. Как утверждает археолог, эта история нашла графическое отражение на стенах Храма Ягуаров. Эти же события были изложены и в Троанском манускрипте.
И все же некоторые полагают, что у Ле Плонжеона были и другие мотивы, побуждавшие его искать связи между египтянами и майя. Дело в том, что он хотел установить происхождение масонства — тайного общества, истоки которого прослеживают обычно вплоть до Египта. Будучи масоном, Ле Плонжеон хорошо знал символику этого ордена, многие знаки которой были, по его мнению, представлены в Ушмале. Ле Плонжеон считал, что индейцы майя как раз и были предшественниками создателей масонства. А это значит, что данный орден был куда древнее, чем считалось прежде.
В пользу этой гипотезы свидетельствовали череп и скрещенные кости, высеченные на пирамиде Адивино, а также каменная скульптура, представлявшая собой человеческий торс и обращенную внутрь руку на фоне фартука. Оба эти знака относились к числу масонских символов. Ле Плонжеон показывал эту скульптуру двум своим друзьям из Мериды, однако позднее она загадочным образом исчезла. Более осторожный человек, утратив столь важное доказательство, не стал бы настаивать на связи между майя и создателями масонства. Но Ле Плонжеон твердо стоял на своем. В качестве дополнительного свидетельства он указал на целый ряд архитектурных элементов, подтверждающих, по его мнению, наличие подобной связи. Все это привело к новой вспышке негодования со стороны консервативных ученых.
В ноябре 1880 года супруги Ле Плонжеон находились в древней столице государства, Майяпане. Здесь они искали ключ к разгадке иероглифов. Эта попытка представляла собой реакцию на негативное отношение ученых, решительно отвергавших существование древнего алфавита майя. Предполагаемый алфавит был записан в XVI веке, уже после испанского завоевания. По мнению большинства ученых, он представлял собой изобретение епископа Юкатана, Диего де Ланды. Однако Ле Плонжеон надеялся доказать его подлинность. Он полагал, что хорошее знание языка и обычаев майя, а также детальный анализ древних памятников позволят ему заново реконструировать алфавит. Да и кто лучше его мог справиться с подобной задачей? Вот что писал об этом сам Ле Плонжеон.
Мои познания в культуре майя естественным образом превосходят знания тех джентльменов, которые сочиняют, не выходя из собственного кабинета, и не удосуживаются разобраться в истинном положении дел{166}
.Ле Плонжеон организовал звуки майя в упорядоченный алфавит, увязав его не только с египетской, но и с греческой культурой, а также с аккадской цивилизацией древней Месопотамии.
По мнению Ле Плонжеона, многие ключевые слоги в этих языках имели идентичное или практически идентичное значение. К примеру, индейский иероглиф