Для разоблачения самозванца из Галича Шуйский велел привезти мать и младшего брата Юрия Отрепьева. Их вывели на Лобное место, где они рассказали, что именно их Юшка назвал себя царем Димитрием. Однако с момента появления самозванца они его ни разу не видели, и все их свидетельства были малоубедительны для народа.
Новому царю срочно потребовался и новый патриарх. Вполне логично было вернуть в патриархи Иова, находившегося в Старице. Но против кандидатуры Иова решительно выступили Шуйские, которые имели с ним давние счеты. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчилось большинство бояр и высшее духовенство. Недовольные Шуйским бояре и иерархи церкви решили возвести в сан патриарха митрополита Филарета. Почему-то никого не смущало, что всего лишь год назад он был простым монахом и в делах религии себя вообще никак не проявил. В вопросе с патриархом царю Василию пришлось уступить. Филарет был объявлен патриархом, об этом даже сообщили польским послам.
Но тут хитроумный Василий Иванович разыграл блестящую комбинацию. Он предложил канонизировать царевича Димитрия. «За что можно канонизировать больного и озлобленного ребенка?» – спросит читатель. А за что канонизировали первых русских святых – князей Бориса и Глеба? Те тоже ничего ни плохого, ни хорошего в своей жизни не успели сделать. Но видимо, кому-то помешали, и их тоже зарезали при таинственных обстоятельствах. По одной версии, это сделал их брат Святополк, а по другой – опять же их братец Ярослав. А потом внуку Ярослава потребовались святые, чтобы сделать одного деда Мудрым, а другого – Окаянным.
Предложив канонизировать Димитрия и перенести его останки из Углича в Москву, царь Василий одним выстрелом убивал трех зайцев. Во-первых, согласно христианским верованиям, самоубийцу, даже невольного, нельзя сделать святым, поэтому всем придется признать, что Димитрий был зарезан, и этим скомпрометировать Годунова. Во-вторых, торжественное перезахоронение останков царевича, по мнению Шуйского, должно было покончить со слухами, что Димитрий жив. В-третьих, такое важное мероприятие было поручено патриарху Филарету. Филарет должен был привезти прах царевича в Москву. Затем у гроба произойдут великие чудеса, и церковь объявит Димитрия святым. И вот тогда произойдет официальное возведение Филарета в патриархи и венчание на царство Шуйского.
Итак, царь Василий решил на время убрать Филарета из Москвы. Как ни странно, это совпадало и с желанием самого Филарета, поскольку тот хотел иметь алиби. Шуйский и Романов стоили друг друга. Шуйский хотел возвести на патриарший престол архиепископа Гермогена, за которым в Казань был послан гонец еще 19 мая. Филарет же со своей стороны вкупе с Ф.И. Мстиславским готовил государственный переворот в Москве, имевший целью свержение царя Василия.
В заговоре против Шуйского участвовали многие представители знати. Естественно, что никаких протоколов заседаний они не вели, и конечная цель переворота – возведение на престол своего царя – вызывает у современных историков споры. По одной версии, на престол должен был взойти кто-то из клана Романовых, по другой – Ф.И. Мстиславский, а третья версия была компромиссной – на престол должен был вернуться шутовской царь Симеон Бекбулатович, жена которого была родной сестрой Ф.И. Мстиславского.
Итак, Филарет отправился в Углич. Его сопровождали астраханский архиепископ Феодосий, бояре Иван Воротынский и Петр Шереметев, брат инокини Марфы Григорий и племянник Андрей Нагие. А в воскресенье, 25 мая, в Москве начался бунт. По официальной версии, царь шел к обедне и внезапно увидел большую толпу, идущую ко дворцу. Толпа была настроена агрессивно, слышались оскорбительные выкрики по адресу Шуйского. Как писал очевидец Жак Маржерет, если бы Шуйский продолжал идти к храму, то его ждала бы та же участь, что и Димитрия. Но царь Василий быстро ретировался во дворец. Там он с плачем обратился к окружившим его боярам, что нет нужды затевать бунт, что если хотят от него избавиться, то, избрав его царем, могут и низложить его, если он им неугоден, и что он оставит престол без сопротивления. Потом, отдав боярам царский посох и шапку Мономаха, Шуйский продолжал: «Если так, выбирайте, кого хотите». Бояре растерялись, и никто не решился дотронуться до царских регалий. Растерянность можно объяснить и тем, что среди присутствующих бояр не было главного заговорщика, который в тот момент занимался гробокопательством в Угличе.