Узнав о поражении испанцев в Новой Гранаде, Морильо сообщил в Мадрид: «Бунтовщик Боливар занял Боготу — этот роковой успех повергнул к его стопам целое королевство, огромные ресурсы густонаселенной и богатой страны, откуда он будет черпать все, что ему необходимо для продолжения войны в этих областях. Повстанцы и особенно их вождь не довольствуются пустыми угрозами или праздным краснобайством. Боливара поддерживают местные жители, он никому не подотчетен. Его армия растет за счет наших дезертиров, недовольных и людей различных классов и положений, которые присоединяются к ней в походе. В распоряжении повстанцев, кроме королевства Новой Гранады, оказалось много портов в южных морях, которые будут использованы их пиратами. Попаян, Кито, Пасто и все внутренние области этого континента вплоть до Перу находятся во власти того, кто господствует в Боготе. В руках повстанцев монетный двор, арсеналы, оружейные фабрики, мастерские и все то, чем владел наш король в этом вице-королевстве. В один день Боливар разрушил плоды пятилетней кампании испанцев и одной победой возвратил себе все то, что армия короля отвоевала в многочисленных сражениях».
Боливар доказывал своим сторонникам, что победа при Бояке лишь начало длительной войны, что свобода Новой Гранады будет оставаться под угрозой, пока враг удерживает свои позиции в Венесуэле, Эквадоре, Перу.
В Боготе была проведена мобилизация в республиканскую армию. Жалованье служащих снизили наполовину. Владения испанцев, поддерживавших колонизаторов, а также американцев, бежавших при приближении республиканских войск, подверглись конфискации. Освободитель потребовал от духовенства передавать десятину в государственную казну, а также дал понять, что он ожидает от священников добровольных пожертвований. Боливар отказался платить долги испанцев. «Это учреждение новой республики, а не продолжение старых порядков», — говорил он тем, кто предъявлял такие претензии. Был дан строжайший приказ наказывать мародеров. Для борьбы с заговорщиками правительство учредило революционные трибуналы.
Боливар объявил об освобождении рабов в Новой Гранаде и призвал их в армию. «Разве это справедливо, — писал он Сантандеру, — что свободные люди должны умирать за освобождение рабов, разве не было бы более справедливым, чтобы рабы сами боролись за свои права на полях сражений?» Республиканское правительство обязалось воспитать сирот погибших на войне воинов и оказывать помощь родственникам тех, кто отдал свою жизнь за дело республики.
Боливар учредил пост вице-президента Новой Гранады и назначил на него генерала Франсиско де Пауля Сантандера.
18 сентября в Боготе была отпразднована победа, одержанная патриотами при Бояке. В городе воздвигнули триумфальные арки в римском стиле. Подоконники и балконы украсили знаменами и коврами. Торжественным маршем прошла по главным улицам, усыпанным цветами, армия патриотов. Шесть статуй, представлявших добродетели республики, возвышались на главной площади, где Боливар и республиканские генералы принимали парад. Двадцать девушек, одетых в белое, исполнили гимн в честь Боливара, и одна из них вручила ему лавровый венок, который он сначала возложил на голову Сантандера, а затем передал солдатам, выстроившимся на площади.
Обращаясь к войскам, Боливар сказал:
— От океана, в который впадает Ориноко, до Анд, где таятся истоки Магдалены, вы освободили четырнадцать провинций от легионов тиранов и злодеев, прибывших из Европы и захвативших Америку. Эти легионы разбиты вашим оружием, они следуют за колесницей ваших побед. Солдаты, вас было всего лишь двести человек, когда вы начали этот поразительный поход. Теперь вас многие тысячи, и вся Америка слишком мала, чтобы вместить вашу храбрость. От севера до юга на этом континенте вы сеете свободу. Вскоре столица Венесуэлы встретит вас в третий раз, и ее тиран не посмеет сразиться с вами. Перу увидит знамена Венесуэлы, Гранады, Аргентины и Чили, и население Лимы встретит с восторгом освободителей Америки, которыми по праву может гордиться весь современный мир.
Между тем в Ангостуре, куда сведения из Боготы поступали с двухмесячным опозданием, ходили самые невероятные слухи о судьбе экспедиции Боливара. Утверждали, что Освободитель потерпел поражение и был взят в плен. Мариньо и его друзья обвиняли Боливара в дезертирстве. Он не имел права покидать территорию Венесуэлы без разрешения конгресса. Этот фантазер оставил Гвиану беззащитной, и теперь испанцы смогут без труда захватить Ангостуру.
В сентябре конгресс, члены которого находились в полном неведении относительно судьбы экспедиции Боливара, под влиянием его недругов сместил Сеа и избрал вице-президентом Арисменди, а он, в свою очередь, назначил главнокомандующим Мариньо. Когда весть об этом достигла Боготы, Боливар покинул столицу Новой Гранады и возвратился в Ангостуру, куда прибыл в начале декабря 1819 года. Как это неоднократно случалось в прошлом, так и на этот раз с появлением Боливара его недоброжелатели поспешили принести повинную.