После гибели Первой республики Сукре бежал на остров Тринидад, откуда возвратился на континент вместе с Мариньо. Два года спустя он участвовал в защите Картахены, покинув ее одним из последних. Его корабль потерпел крушение. Целые сутки Сукре, ухватившись за бревно, держался на волнах, пока его не подобрали рыбаки. Молодой генерал отличился в партизанской войне в льяносах, в кампании, завершившейся освобождением Венесуэлы.
Небольшого роста, худощавый, черноволосый, кареглазый, всегда вежливый, сдержанный, искренне преданный Боливару, он военными знаниями превосходил Паэса, Мариньо и Бермудеса.
Сукре был назначен командующим колумбийскими войсками в Эквадоре. У него было вдвое меньше солдат, чем у испанцев. Но, получив из Перу от Сан-Мартина подкрепление — дивизию под командованием генерала Санта-Крус, Сукре предпринял из Гуаякиля поход на Кито, расположенный, как и Богота, на высоте 2600 метров над уровнем моря. После ряда кровопролитных сражений испанцам удалось задержать продвижение колумбийцев. Боливар сперва рассчитывал перебросить часть своих войск морским путем в Гуаякиль на помощь Сукре, но это оказалось невозможным, так как испанские военные корабли курсировали вдоль побережья Эквадора. Тогда Боливар решил предпринять наступление из Боготы на Кито по суше. Для этого следовало пройти несколько сот километров по малообжитой гористой местности с тяжелым тропическим климатом. К тому же предстояло пересечь новогранадские провинции Пасто и Патию, население которых под влиянием католических священников — врагов республики — оказывало упорное сопротивление войскам патриотов.
Освободитель обещал мятежникам амнистию, различные привилегии и другие блага. Напрасно! Жители этих районов от мала до велика сражались против патриотов, изматывая их небольшую армию. Это была подлинная колумбийская Вандея, которую следовало усмирить для того, чтобы пройти в Эквадор.
Боливар пытался убедить епископа Попаяна — ярого фанатика, бежавшего в Пасто, перейти на сторону республики. Освободитель напомнил епископу, что в Испании победили «враги» церкви, намекая на приход к власти в 1820 году либералов. «Все изменилось, — писал он, — и все должны измениться». Епископ не поддался на уловку. Каракасец попросил Сантандера изготовить документы и газеты, из которых следовало бы, что Испания признала независимость Колумбии. Он надеялся тем самым убедить коменданта Пасто сдаться, но тот, ознакомившись с ними, ответил: «Не все золото, что блестит!» Защитой Пасто руководил Басилио Гарсия, в прошлом раб на галерах. Он в течение двадцати лет сражался против патриотов.
Ценой немалых жертв и усилий Боливару удалось наконец одолеть врага. Колумбийские войска, постоянно пополняемые резервами, большинство которых составляли бывшие рабы, пробились к Пасто, где 5 апреля 1822 года у Бомбона завязался бой с отрядами Гарсия, подкрепленными испанскими частями.
— Как смело идут люди в бой! — сказал Боливар, наблюдая за сражением.
— Но они не возвращаются, — заметил один из офицеров.
Боливар потерял треть своих солдат в этой битве, значительно больше, чем Гарсия.
Наступление Боливара на Пасто заставило испанцев отвлечь часть своих сил с гуаякильского фронта. Этим воспользовался Сукре. Его войска 24 мая перешли в наступление и нанесли поражение испанцам у вулкана Пичинчи, неподалеку от Кито. Патриоты пленили свыше тысячи испанских солдат и офицеров, в их числе испанского командующего генерала Аймерича, взяли много военных трофеев, а главное, освободили Кито.
Узнав о победе Сукре при Пичинче, Гарсия 28 мая сдал Пасто Боливару. Так закончилась эквадорская кампания, завершившая освобождение этой страны от испанского господства.
Фанатики Пасто еще не раз брались за оружие. Некоторое время спустя их поднял на борьбу против республики очутившийся там племянник Бовеса. По приказу Боливара Сукре решительно подавил восстание. Но не прошло и года, как они вновь восстали, на этот раз под руководством индейского вождя Агуалонго…
Этп события задержали Боливара в Эквадоре значительно дольше, чем он предполагал.
16 июля 1822 года Кито был украшен флагами. На улицах толпился парод — креолы, негры, индейцы; у многих жителей в руках были букеты необыкновенно ярких цветов, которые можно встретить только в залитых солнцем тропиках. Столица древнего инкского правителя Атауальпы готовилась к встрече прославленного колумбийского президента, овеянного легендой Освободителя — Симона Боливара.
В десять часов утра Боливар на белом коне, одетый в парадную генеральскую форму, во главе отряда конной гвардии вступил в город. С балкона одного из домов молодая незнакомка бросила ему лавровый венок. Боливар заметил ее.
В тот же вечер местные власти дали в муниципальном дворце торжественный бал в честь Освободителя и его офицеров. На балу один из гостей представил Боливару ту, которая преподнесла ему утром лавровый венок. Это была Мануэлита Саэнс.