В этой ситуации Бисмарк мог разобраться с датчанами один на один, но все же решил, что Пруссии выгоднее пока что действовать совместно с Австрией. Позицию же Дании поддержала только Швеция, но только морально. Мол, мысленно мы с вами.
14 января Австрия и Пруссия объявили войну Дании. 16 ноября Бисмарк выдвинул ультиматум с требованием об отмене положений новой датской конституции в течение 48 часов.
Датская армия насчитывала на тот момент 38 тысяч штыков и сабель — 16 тысяч располагались в Ютландии, и 22 тысячи заняли оборону в Шлезвиге и Гольштейне, в укрепрайоне Даневирке. Пруссаки выставили в поле 38 400 тысяч штыков, австрийцы — 20 тысяч. Командовал объединенным германским контингентом фельдмаршал Фридрих фон Врангель.
1 февраля 1864 года война началась. Пруссаки ударили по укрепрайону в Мизунде, австрийцы же при температуре –10 градусов пошли на штурм Зелька. Надо сказать, что и пруссаки, и австрийцы еще жили категориями времен Крымской войны. В атаку шли плотными колоннами, с развевающимися знаменами, офицеры гарцевали перед своими соединениями на лошадях. Датчане решили это использовать к своей пользе и, рассыпав по предполью снайперов, начали выбивать офицеров одного за другим. Потом заговорили датские пушки, попросту расстреливая колонны. Таким образом, датчане нанесли противнику большие потери. Но учитывая численное преимущество союзников, 5 февраля 1864 года датские войска под командованием Кристиана Юлиуса де Меза, которым угрожало окружение, решили отойти к Фленсубургу, при этом почему-то не использовали железную дорогу, в результате пришлось бросить почти всю тяжелую артиллерию. Решение, надо отметить, было очень спорным. Де Меза не обладал всей полнотой информации и не знал, что оборона вполне себе удержалась и никакого окружения на этот момент армии не угрожало. Тем не менее укрепрайон на границе с Пруссией решено было оставить. Этот анабасис в мороз стал одним из самых драматичных в истории Дании. Раненые умирали на морозе, было много дезертиров, часть припасов потеряли.
Меж тем австрийцы и пруссаки форсировали замерзшие реки и на следующий день догнали отступающих. У Замкельмарка датчанам с большими потерями удалось отбиться и продолжить отступление.
18 февраля пруссаки заняли Колдинг, расположенный в герцогстве Шлезвиг. А далее союзники уперлись в крепость Дюббёль. 15 марта началась бомбардировка форта, датчане отвечали, на помощь пришел и датский флот, прислав новейший двухбашенный монитор «Рольф Краке». 18 апреля пруссаки пошли на штурм, и под прикрытием артиллерии, несмотря на жестокое сопротивление датчан, прорвали-таки оборону форта.
После падения Дюббёля датская армия в панике отступила на север, уйдя на острова и сдав всю Ютландию.
Что касается морских сражений, в марте 1864 года датский флот у Рюгена смог нанести поражение прусскому флоту, а в мае у Гельголанда разбить австрийский флот под командованием знаменитого Тегетгофа. Флагман австрияков «Шварценберг» получил 80 попаданий в корпус и чуть не утонул во время боя. Но это уже ничего не решало.
А 12 мая 1864 года начались переговоры о мире. Пруссия этим воспользовалась и 29 июня внезапно начала высадку на остров Эльс, который был завоеван за два дня. Хоть какое-то боевое противодействие смог оказать пруссакам только монитор «Рольф Краке». 30 октября 1864 г. был подписан Венский мирный договор. Датский король отказывался от всех своих прав на Шлезвиг, Гольштейн и Лауэнбург в пользу Германского союза. Но как поделить завоеванное? Только тогда Австрия как будто обратила внимание на то, что Шлезвиг и Гольштейн с Австрией не граничат. Договорились следующим образом — герцогства переходят под совместное австро-прусское управление. В то же самое время там будет проведен референдум по вопросу о том, к кому области хотят присоединиться.
Что касается России, то ведомство Горчакова примерно с 1863 года декларировало исключительно миролюбивую задачу — борьбу за мир во всем мире. Цитата из циркуляра от октября 1863 года гласила: «Сохранение мира в Европе и во всем мире — приоритетная задача Российской империи». На протяжении всей Второй Шлезвигской войны 1864 года российский МИД уговаривал Бисмарка не делать никаких территориальных захватов и вообще — удовлетвориться восстановлением справедливости. Это вывело прусского канцлера из себя: «Нельзя допустить, чтобы кровь прусских солдат была пролита напрасно. Страна не удовлетворится бесплодными лаврами».