Весть о подобном оскорблении их монарха мерзким неверным стремительно разнеслась по городу. По распоряжению мулл закрылись базары, и люди собрались в мечетях. Им велели направиться к российской миссии и схватить всех троих укрывшихся там беглецов. Собравшаяся в мгновение ока толпа в несколько тысяч человек, требовавшая крови русских, окружила здание посольства. Толпа с каждой минутой росла, и Грибоедов понял, что немногочисленный отряд казаков, составлявший охрану миссии, сдержать ее не сможет. Все они оказались в смертельной опасности, так что после некоторого размышления посол предложил армянам вернуться обратно. Но было уже слишком поздно. Через несколько мгновений подстрекаемая муллами толпа пошла на штурм посольства. Казаки почти час пытались сдержать и отбить натиск нападавших, значительно превосходивших их числом, но постепенно отходили сами, оставив сначала двор, а затем комнату за комнатой. Одной из первых жертв толпы стал евнух, которого зажали в угол и разорвали на куски. Что случилось с двумя девушками, так и осталось неизвестным. Последним оплотом русских стал кабинет Грибоедова, где ему с несколькими казаками удалось какое-то время продержаться. Но тогда нападавшие забрались на крышу, сорвали черепицу, взломали потолок и атаковали русских сверху. Грибоедов до последнего мгновения сражался со шпагой в руках, но в конце концов был схвачен и зверски убит, его тело выбросили из окна на улицу. Затем уличный торговец кебабом отрубил ему голову и к восторгу толпы выставил ее вместе с очками и всем прочим на своем прилавке. Над останками неописуемо глумились, после чего выбросили их на свалку. Позднее их удалось опознать только по деформации одного из пальцев — результата юношеской дуэли. Все это время не было никаких войск, якобы посланных рассеять толпу и спасти Грибоедова и его спутников.
В июне следующего года друг Грибоедова поэт Александр Пушкин, путешествуя по Южному Кавказу, встретил людей, сопровождавших запряженную быками телегу. Направлялись они в Тифлис. «Откуда вы?» — спросил он. «Из Тегерана», — последовал ответ. «Что у вас там?» — спросил поэт, указывая на телегу. «Грибоедов», — ответили ему. Сегодня тело Грибоедова покоится в небольшом монастыре святого Давида на склоне холма над Тифлисом — или Тбилиси, как его называют сейчас. Тем временем, опасаясь ужасной мести русских, шах поспешил отправить из Тегерана в Санкт-Петербург своего внука, чтобы выразить раскаяние по поводу случившегося и принести глубочайшие извинения. Как рассказывают, принятый Николаем юный принц обнажил клинок и приставил его к своей груди, предлагая собственную жизнь в обмен на жизнь Грибоедова. Но ему приказали вложить клинок обратно в ножны и сказали, что достаточно будет сурово наказать виновников убийства.
Фактически все еще находясь в состоянии войны с турками, Николай опасался неосторожным решением толкнуть непредсказуемых и темпераментных персов на какие-то неожиданные действия, причем меньшим из зол могло стать объединение против него их сил с силами турок. Когда все это случилось, многие в Санкт-Петербурге подозревали, что за нападением на миссию стояли агенты султана. Тот находился в весьма затруднительном положении, так что их целью могло быть возобновление войны русских с персами, чтобы тем самым несколько ослабить давление на турецкие войска. Ведь в результате перемирия войска Паскевича сумели выбить турок с их последних позиций на Кавказе и начали продвижение в саму Турцию. Другие же в Санкт-Петербурге, услышав об убийстве Грибоедова, тотчас заподозрили, что за этим стоят англичане, все еще номинально считавшиеся союзниками русских. Эта версия все еще бытует среди современных советских историков.
Если действия русских на Кавказе вызывали известное беспокойство в Лондоне, то движение Паскевича на запад в Турцию вызвало опасения, что конечной целью Николая является Константинополь и турецкие проливы. К лету 1829 года в руках Паскевича оказался город Эрзерум с крупным гарнизоном, в результате дорога к столице с востока оказалась практически беззащитной. В то же самое время в европейских землях султана русские войска с боями продвигались на юг к Константинополю по территориям, где сейчас расположены Румыния и Болгария. Два месяца спустя после падения Эрзерума в европейской Турции наступающие русские овладели Эдирной. А спустя всего несколько дней русские кавалерийские отряды оказались в сорока милях от столицы. Учитывая, что генералы давили на Санкт-Петербург, требуя дать им закончить войну, конец древней Оттоманской империи казался совсем близким. Все происходило так, как двенадцать лет назад предупреждал сэр Роберт Вильсон.