Два дня спустя правящее меньшинство Политбюро наконец решило устранить Амина. Секретность, окружавшая это совещание, как и расплывчатость принятой директивы, делали весьма неясной роль самого Политбюро в убийстве Амина и в начале войны. Выдающийся историк этого конфликта, генерал Александр Ляховский, который позже сам принял участие в войне, убежден, что, вопреки распространенному мнению, советское руководство не давало прямого указания послать советские войска в Афганистан. По мнению Ляховского, директива 12 декабря непосредственно касалась только устранения Амина. Решение же использовать советские сухопутные войска в качестве сил поддержки было принято с запозданием. Никто из тех, кто выступал за решительные действия, не предполагал, что арест правительства разожжет уже тлевшую войну.
Однако, 13 декабря КГБ санкционировало план отравить трех человек, которые, как тогда считалось, держали в своих руках всю власть в Афганистане, — самого Амина, его племянника Асадуллу Амина, занимавшего множество должностей, в том числе пост начальника контрразведки, и главу генерального штаба Мохаммеда Якуба. Бабрак Кармаль вернулся в Афганистан из Праги, куда Тараки назначил его послом. Он и трое бывших министров из «группы четырех», которые были тайно вывезены из Афганистана, с нетерпением ждали, когда Советский Союз нанесет удар и вернет их к власти.
«Мусульманский батальон» и подразделение советских десантников должны были захватить министерство связи и другие ключевые объекты в Кабуле. Туркестанскому военному округу Советского Союза было приказано провести мобилизацию резервистов и привести все части в полную боевую готовность. Там не знали о намерении устранить Амина, с Политбюро не требовали план вторжения, когда его члены 12 декабря приняли решение убить афганского президента.
Со слов, по крайней мере, одного офицера Генерального штаба, фактически никто никогда не отдавал приказа о вторжении в Афганистан. Вместо этого между 10 и 30 декабря различным воинским частям было отдано приблизительно тридцать различных приказов о подготовке к военным действиям. Отсутствие централизованного руководства можно объяснить отсутствием боевого опыта у министра обороны Устинова. Карьера маршала, потраченная на строительство военно-промышленного комплекса, дала ему слишком мало знаний о том, как руководить вторжением в независимое государство. А поскольку просить совета у подчиненных было ниже его достоинства, то деятельность Генштаба оставалась в значительной степени нескоординированной.
13 декабря один из советских поваров Амина по поручению КГБ подсыпал яд в обед, приготовленный для нового президента и его племянника. Химические вещества, входившие в состав яда, как предполагалось, должны были подействовать через шесть часов. Советы стали ждать, когда в президентском дворце начнется паника, после чего должен был быть дан сигнал к началу штурма ключевых военных объектов и центров связи в Кабуле. Когда же по прошествии отведенного времени ничего не случилось, резидентура КГБ связалась с Москвой, чтобы запросить дальнейшие указания. Было решено направить Амину телеграмму из Москвы. Ее пришлось бы доставить ему лично во дворец, таким образом, это позволило бы выяснить состояние здоровья президента. После того, как личное официальное сообщение было отправлено около 11 часов вечера, во дворец отправились офицер военной разведки и переводчик, которые должны были доставить его Амину. Проникнуть во дворец через посты дворцовой стражи было непросто, возникли дополнительные затруднения из-за ночного комендантского часа. Но когда их, наконец, пропустили, Амин и его племянник Асадулла были там. Амин выглядел бледным, но не показывал никаких других признаков болезни. Он слушал, в то время как переводчик читал телеграмму, потом поблагодарил своих посетителей и попросил, чтобы они передали от него поклон Брежневу, Андропову и остальным членам советского руководства. Яд для Амина был растворен в стакане его любимого напитка — «кока-колы». Ее пузыри превратили яд в почти безвредную смесь. Племяннику Амина Асадулле повезло меньше. На следующий день он серьезно заболел, но выжил после того, как его эвакуировали в Москву на лечение.
Когда досадная новость была передана в Москву, поступил приказ продолжать операцию силами сухопутных войск в любом случае. Одновременно в Баграм вылетел еще один воздушно-десантный батальон, чтобы принять участие в штурме дворца. Все подразделения были приведены в полную боевую готовность, но затем поступил другой приказ — оставаться на местах. В тот день не было никакой попытки государственного переворота.