Лестничный спуск, ведущий в усыпальницу, расписывал П.Д. Корин, который был женат на одной из воспитанниц обители. Он назвал свое творение «Путь праведников ко Господу». Великая княгиня часто спускалась в храм-усыпальницу и слушала службы в Покровском храме наверху. В 1914 году в своем духовном завещании Елизавета Федоровна написала: «Прошу меня похоронить в склепе под ныне построенной мною церковью во имя Покрова Пресвятой Богородицы в моем владении на Большой Ордынке в Москве при моей Обители милосердия на месте, указанном мною для настоятельницы обители, опустив мой гроб в самый низ, в землю... Прошу моих душеприказчиков предупредить всех, что я очень прошу не возлагать венков на мой гроб и на мою могилу – лучше, если предназначенные на покупку венков деньги будут пожертвованы в мою Обитель милосердия. Если все-таки венки окажутся, прошу металлические раздать в приюты, а серебряные обратить в слитки, из коих сделать ризы на образа, церковные сосуды с надписями лиц и учреждений, возложивших эти венки, и передать их в церковь моей обители или в скит при моей обители».
Для богослужений и проповедей в Покровской церкви Елизавета Федоровна привлекала лучших священников столицы и России. Но своему духовнику и настоятелю храма отцу Митрофану Сребрянскому она доверяла больше всех остальных. Они всегда трудились в обители рука об руку.
Во время Русско-японской войны отец Митрофан служил полковым священником и был награжден наперсным крестом.
Говорят, что, когда великая княгиня предложила ему стать настоятелем, он согласился, но вскоре засомневался в правильности решения. В момент сомнения у него вдруг отнялась рука.
Отец Митрофан стал молиться Господу, обещая, что примет предложение Елизаветы Федоровны, и рука снова обрела чувствительность. В 1917 году патриархом Тихоном Митрофан Сребрянский был пострижен в монахи с именем Сергий. За поддержку патриарха в 1923 году его арестовали и выслали в Тобольск. В 1925 году в результате ложного доноса он вновь подвергся аресту и был заключен в тюрьму. Его отправили в ссылку и освободили лишь в 1933 году.
Умер отец Сергий в 1948 году в возрасте 78 лет. До конца жизни он вел подвижническую жизнь. В 2000 году его канонизировали в лике преподобноисповедника. Не могу не вспомнить одну историю, рассказанную монахиней из Марфо-Мариинской обители. Однажды во сне ей явилось трое святых – Сергий Радонежский и двое ей неизвестных. Они сообщили, что ее помощь требуется в Марфо-Мариинской обители, о существовании которой она не знала. Когда в обители к ней навстречу вышли Елизавета Федоровна и отец Митрофан, она узнала в них тех двух святых, которые явились во сне с преподобным Сергием.
В 1920-х годах в Покровском храме был устроен дом санитарного просвещения с аудиториями и кинозалом, который располагался в трапезной. Посреди церкви стоял бюст Сталина. В 1945 году здания обители заняли Государственные центральные художественно-реставрационные мастерские (ГЦХРМ) при Комитете по делам искусств, созданные в 1920-х годах по инициативе профессора И.Э. Грабаря. Позднее ГЦХРМ превратятся в уже упомянутый Всероссийский художественно-научный реставрационный центр, который вплоть до 2006 года будет занимать здание Покровского храма. После возвращения Марфо-Мариинской обители РПЦ богослужения совершались в церкви Марфы и Марии. С 2006 года в Покровском храме проходил ремонт. В 2008 году церковь была вновь освящена патриархом Алексием II, который во вступительном слове сказал, что
Несмотря на всю свою тяжеловесность и приземистость, внутри храм очень просторный. Встречает прихожан поразительная фреска Нестерова «Путь ко Христу». Художник сказал однажды: «
Другие постройки Марфо-Мариинской обители