В июне 1962 в Триполи (Ливия) на сессии НСАР была принята новая программа ФНО. Она предусматривала «сознательное созидание на основе социалистических принципов и народовластия», осуществление аграрной реформы по принципу «земля тем, кто её обрабатывает», национализацию природных ресурсов страны, транспорта и банков, выступала за реализацию социальных требований народных масс: за ограничение местной буржуазии, укрепление уже налаженных связей с социалистическими странами.
В первые месяцы независимости обострились политические разногласия внутри ФНО и произошёл раскол его лидеров на сторонников ВПАР (большая часть его лидеров выступала против Триполийской программы) и сторонников созданного в июле 1962 в г. Тлемсене Политбюро ФНО, стоявшего на позициях продолжения революции. При поддержке основной части АНО во главе с начальником Генштаба АНО полковником Х.
Правительство республики наладило работу государственного аппарата, в значительной части обновленного или созданного заново путём привлечения кадров ФНО и бывших офицеров АНО. Началось восстановление разрушенных за годы войны селений, зданий и сооружений в городах, возобновилась работа многих предприятий и ферм, брошенных бежавшими из страны европейскими колонистами и капиталистами. По инициативе рабочих, батраков и крестьян на этих предприятиях и фермах были созданы комитеты самоуправления. Их деятельность была узаконена декретами, принятыми в октябре — ноябре 1962. Движение за установление рабочего и крестьянского самоуправления, стихийно начавшееся ещё весной 1962, приобретало всё больший размах. В марте 1963 вся оставленная или не полностью используемая своими хозяевами собственность была передана комитетам самоуправления, которые по закону становились распорядителями предприятий и получили право распределения среди работников избытка прибылей (после выплаты соответствующих отчислений государству). Состав комитетов должен был ежегодно обновляться на одну треть. К осени 1963 после национализации всех принадлежавших европейским колонистам имений и ферм, а также имущества, незаконно приобретённого алжирскими капиталистами, в руках комитетов самоуправления оказалось 2,7 млн.
Состоявшийся в апреле 1964 съезд партии ФНО (он назван учредительным съездом партии ФНО) принял новый программный документ — Алжирскую хартию, провозгласившую самоуправление основной формой «перерастания национальной народной революции в революцию социалистическую». Эксплуатация наёмного труда была объявлена несовместимой с пребыванием в рядах ФНО. После этого съезда ФНО коммунисты А. вместе с активистами ФНО включились в строительство единой партии. В июне 1964 АКП приняла решение о вступлении её членов в ФНО. (После июня 1965 алжирские коммунисты объявили о создании партии, в 1968 получившей название Партии социалистического авангарда Алжира. )
Затяжка с проведением аграрной реформы, сохранение безработицы в значительных размерах и отсутствие или недостаточность реальных мер, подкреплявших социалистические лозунги Бен Беллы, вызвали недовольство масс. В некоторой степени это недовольство отразил 2-й съезд профсоюзов А. (март 1965), избравший новый состав руководства и уделивший значительное внимание экономическому положению страны. В принятой съездом Хартии профсоюзов были развиты многие положения Алжирской хартии.