Основополагающую роль в формировании искусства Б. сыграла преемственная связь с протестантским движением и его музыкальной культурой. Национальный и демократический характер творчества Б. ведёт своё начало от протестантского хорала — этой, по словам Ф. Энгельса, «Марсельезы 16 века». Б. отдал дань всем областям музыкального творчества, кроме оперы. Искусство Б. органически связано с музыкальными школами и жанрами разных европейских стран, начиная с 17 в., — хоровая полифония эпохи Возрождения, протестантский хорал, немецкая песня, итальянская и немецкая органная музыка, итальянская опера и итальянская скрипично-ансамблевая, клавирная и оркестровая школы, французская клавесинная музыка. Б., так же как и Г. Ф. Гендель, был последним великим композитором эпохи
Музыкальный язык Б. выходит за рамки своего времени, предвосхищая более поздние музыкальный стили, вплоть до романтизма. Скрещивание многоголосной линеарности с гармонической аккордовой структурой породило в произведениях Б. богатство созвучий, неведомых его предшественникам. Б. превзошёл своих современников в изумительном мастерстве формы. В его творчестве достигнута вершина искусства
Громадное творческое наследие Б., охватывающее свыше 1000 произведений в разных жанрах, можно разделить на три сферы — вокально-драматическую, связанную главным образом с Лейпцигом, органную (веймарский период), инструментальную, идущую от светской традиции и относящуюся главным образом к кётенскому периоду.
Вокально-драматическое творчество Б. включает около 300 духовных кантат, оратории: «Страсти по Иоанну», «Страсти по Матфею», «Магнификат», «Рождественская оратория», «Пасхальная оратория», Месса си-минор и др. В кантатах Б. образы человека раскрываются не в конкретном преломлении, а как символы определённых этических идей. Вместе с тем музыка кантат свободна от мистицизма. В мировоззрении композитора преобладает чувство беспредельной красоты и радости жизни. Выразительный стиль кантат, охватывающий чрезвычайно широкий диапазон идей и настроений, определил облик всех хоровых произведений Б. Вершины вокально-драматической музыки Б. — «Страсти по Матфею» и Месса си-минор. В «Страстях по Матфею», повествующих о последних днях жизни и смерти Христа, достигнуто исключительное единство многоплановой структуры произведения. Традиционная сюжетная схема переплетается с лирико-психологическими, эпическими и драматическими элементами. Музыка воплощает идею нравственной стойкости и самопожертвования ради блага народа. Месса си-минор отмечена грандиозными масштабами и небывалым даже для Б. разнообразием формообразующих приёмов и трактуется как свободный цикл пьес обобщённо-философского содержания с жизнеутверждающей музыкой. Даже по формальным признакам это монументальное произведение нарушает требования церковной службы.
Светские кантаты Б. (около 30) написаны, как правило, на случай. Не исключено, что некоторые из них исполнялись со сценическим оформлением.
Знаменитый виртуоз-исполнитель на органе, Б. создал произведения, являющиеся вершиной трёхвекового пути развития органной литературы. В становлении органного стиля Б. огромная роль принадлежит хоральным прелюдиям, трактованным в своём большинстве как своеобразный интимный дневник композитора. Каждая из них воплощает одно настроение. В этих свободных фантазиях осуществлялся сплав народного и высокопрофессионального искусств, что сделало смелые художественные искания Б. доступными слушателю.
В жанрах прелюдии и фуги, фантазии, токкаты Б. выступил как преемник немецкой органной школы. Вместе с тем он глубоко обновил её традиции. Эмоциональное богатство органных произведений Б., их глубокая внутренняя сосредоточенность, драматический размах при пышности звучаний и кажущейся свободе формы не имеют параллелей с другими произведениями композитора. Б. объединил в двухчастный цикл полярные по своей выразительности части — импровизационные токкату, фантазию, прелюдию гомофонно-гармонического характера и строгую полифоническую