На протяжении всей своей истории Ч. ф. успешно выполнял стоявшие перед ним задачи. В ходе русско-турецкой войны 1787—91, несмотря на численное превосходство флота противника, русские моряки нанесли ему крупные поражения в сражениях у Фидониси
(1788), в Керченском морском сражении 1790
,
уТендры
(1790) и у мыса Калиакрия
(1791). В войне ярко проявилось флотоводческое искусство адмирала Ф. Ф. Ушакова
, командовавшего эскадрой, а в 1790—98 — Ч. ф. В 1789 в Николаеве была заложена кораблестроительная верфь и сюда из Херсона переведено Черноморское адмиралтейство. В 1804 главным военным портом Ч. ф. стал Севастополь. Во время войны с Францией эскадра Ч. ф. под командованием Ушакова вела в 1798—1800 боевые действия в Средиземном море, освободила Ионические острова, штурмом овладев о. Корфу (см. Керкира
).
В 1806—07 эскадра под командованием вице-адмирала Д. Н. Сенявина
, действуя в Эгейском море, разгромила турецкий флот в Дарданелльском сражении 1807
и Афонском сражении 1807
.
В 1816 главным командиром Ч. ф. и портов стал вице-адмирал А. С. Грейг
,
деятельность которого привела к повышению боевой мощи флота: совершенствовалось вооружение кораблей, ежегодно проводились манёвры, улучшилось навигационно-гидрографическое обеспечение. Большое внимание уделялось подготовке офицеров, в 1822 в Севастополе была создана Морская библиотека. В русско-турецкой войне 1828—29 Ч. ф. содействовал наступлению войск на Балканском и Кавказском театрах военных действий. Неувядаемой славой покрыл себя бриг «Меркурий»
, одержавший победу в бою с 2 турецкими линейными кораблями. В 1831 на Ч. ф. был создан штаб главного командира флота. В 1832 начальником штаба был назначен контр-адмирал М. П. Лазарев
,
который в 1833 стал главным командиром Ч. ф. (до 1851). Под его руководством обновился корабельный состав, были приняты на вооружение мощные бомбические орудия, в Севастополе были построены адмиралтейство и казематные батареи. К середине 19 в. Ч. ф. был лучшим парусным флотом в мире и включал 14 парусных линейных кораблей, 6 фрегатов, 4 корвета, 12 бригов, 6 пароходофрегатов и др. Во время Крымской войны 1853—56 эскадра под командованием вице-адмирала П. С. Нахимова
разгромила турецкую эскадру в Синопском сражении 1853
.
Во время Севастопольской обороны 1854—55
черноморские моряки под руководством адмирала. В. А. Корнилова
, Нахимова и В. И. Истомина
героически сражались на суше. Часть кораблей была затоплена, другие оказывали артиллерийскую поддержку сухопутным войскам. По Парижскому мирному договору 1856
Россия была лишена права иметь военный флот на Чёрном море. Это ограничение суверенных прав России на Чёрном море было отменено лишь в 1871. Возрождение Ч. ф. как парового броненосного флота в конце 19 в. связано с именами Г. И. Бутакова
и С. О. Макарова
.
В 1881 была принята кораблестроительная программа для Чёрного моря. К началу 20 в. в составе Ч. ф. было уже 7 эскадренных броненосцев, 1 крейсер, 3 минных крейсера, 6 канонерских лодок, 22 миноносца и др. В начале 20 в. с ростом революционного движения в стране начались революционные выступления черноморских моряков. Большую роль в пробуждении политического сознания среди матросов Ч. ф. сыграли ленинская «Искра»
и активная деятельность первых социал-демократических организаций, созданных на Ч. ф. в 1901—02. В апреле 1904 в Севастополе был образован Центральный флотский комитет военные организации РСДРП («матросская централка»), установивший связь с большевистскими комитетами Севастополя, Николаева, Харькова и др. В июне 1905 на Ч. ф. вспыхнуло восстание на броненосце «Потемкин»
, а в ноябре — Севастопольское восстание 1905
на крейсере «Очаков», которые были жестоко подавлены царским правительством. Имена героев восстаний Г. Н. Вакуленчука, П. П. Шмидта, А. И. Гладкова, С. П. Частника, Н. Г. Антоненко навечно вошли в историю революционной борьбы. К началу 1-й мировой войны 1914—18 в составе Ч. ф. имелось 6 линейных кораблей (додредноутов), 2 крейсера, 17 эсминцев, 12 миноносцев, 4 подводные лодки. В ходе войны Ч. ф. пополнился 3 линейными кораблями (один из них погиб в 1916), 9 эсминцами, 10 подводными лодками, 2 гидроавиатранспортами и др. Ч. ф. активно участвовал в боевых действиях на Чёрном море против германо-турецких сил, содействовал сухопутным войскам Кавказского фронта на приморских направлениях, нарушал коммуникации противника.