Однако в это время С. ещё не решался оставить государственную службу. К тому же он полагал тогда, что само правительство, заявившее о новом либеральном курсе, способно осуществить далеко идущие прогрессивные преобразования, и хотел участвовать в них непосредственно. В 1856—58 он служит чиновником особых поручений в министерстве внутренних дел, участвует в подготовке крестьянской реформы. В 1858—62 С. — вице-губернатор в Рязани, затем в Твери. Как администратор (крепостники прозвали его «Вице-Робеспьером») С. возбудил десятки судебных преследований против помещиков-преступников, удалил со службы многих взяточников и воров. В начале 1862, вероятно, по негласному предложению властей, С. вышел «по болезни» в отставку. Жизнь и служба в провинции дали ему много материала для творчества. Вместе с тем нахождение на высоких постах губернской администрации развеяло либерально-просветительские иллюзии С., веру в возможность прогрессивного «общественного служения» на поприще государственной службы.
В годы вице-губернаторства С. продолжал печатать (с 1860 преимущественно в
В 1865—68 С. возглавил Казённые палаты в Пензе, Туле, Рязани. Наблюдения, вынесенные из этой последней службы, легли в основу «Писем из провинции» и отчасти «Признаков времени» (оба — 1869) — широких художественно-публицистических картин первого десятилетия пореформенной России.
В 1868 повелением царя С. был уволен в окончательную отставку с запрещением занимать какую-либо должность на государственной службе. Тогда же он принял приглашение Некрасова стать участником обновленного журнала
70—80-е гг. — время высших творческих достижений С. Он пишет «Историю одного города» (1869—70) — горькую и гневную книгу, раскрывшую национальному самосознанию «трагическую истину русской жизни», книгу, подготовленную циклами очерков о «Глупове» и «глуповцах» (1861—62) и «Помпадурами и помпадуршами» (1863—74). Затем следуют «Господа ташкентцы» (1869—72) и «Дневник провинциала в Петербурге» (1872), воссоздающие «господство хищничества» периода российского грюндерства; «Благонамеренные речи» (1872—76) и «Убежище Монрепо» (1878—79) — классические картины рождения капиталистической России, прихода Колупаевых и Разуваевых; «Господа Головлёвы» (1875—80) — одна из величайших, но и самых мрачных книг русской литературы; цикл «В среде умеренности и аккуратности» («Господа Молчалины», 1874—80), где дана глубокая трактовка в новых исторических условиях «молчалинства», как одной из социально-психологических язв русского быта.