В философии Ш. выделяют несколько периодов: натурфилософия (с сер. 1790-х гг.), трансцендентальный, или эстетический, идеализм (1800—01), «философия тождества» (до 1804), философия свободы (до 1813), «положительная философия», или «философия откровения» (до конца жизни). Сильное влияние на Ш. оказал И. Г. Фихте
, разъяснению учения которого посвящены первые философские сочинения Ш. Исходя из учения Фихте о природе, которая рассматривалась как средство для реализации нравственные цели, Ш. ставит перед собой задачу последовательно раскрыть все этапы развития природы в направлении к этой высшей цели, т. е. рассмотреть природу как целесообразное целое, как форму бессознательной жизни разума, назначение которой — порождение сознания. Проблема соотношения сознания и бессознательного стоит в центре внимания Ш. на всех этапах его развития. В отличие от Фихте, природа перестаёт быть у Ш. только чистым средством, материалом, на котором практический разум пробует свои силы, и становится самостоятельной реальностью — «интеллигенцией» в процессе становления. Диалектический метод, примененный Фихте при анализе деятельности «Я», распространяется у Ш. и на анализ природных процессов; всякое природное тело понимается как продукт деятельности динамического начала (силы), взаимодействия противоположно направленных сил (положительный и отрицательный заряд электричества, положительные и отрицательные полюсы магнита и т.д.). Толчком для этих размышлений Ш. были открытия Гальвани, Вольта, Лавуазье в физике и химии, работы Галлера и Броуна в биологии. Натурфилософия Ш. носила антимеханистический характер. Принцип целесообразности, лежащий в основе живого организма, стал у Ш. общим принципом объяснения природы в целом; неорганическая природа предстала у него в качестве недоразвитого организма. Натурфилософия Ш. оказала значительное влияние на многих естествоиспытателей (Х. Стеффенс, К. Г. Карус
, Л. Окен
и др.), а также на поэтов-романтиков (Л. Тик
,Новалис
и др.). Уже в этот период Ш. оказывается ближе к традициям неоплатонизма
(«О мировой душе», 1798), чем к этическому идеализму Фихте. Ш. рассматривал натурфилософию как органическую часть трансцендентального идеализма, показывающую, как развитие природы увенчивается появлением сознательного «Я». Она должна дополняться другой частью, исследующей уже развитие самого «Я». Этой теме посвящена «Система трансцендентального идеализма» (1800, рус. пер. 1936). Деятельность «Я» распадается, по Ш., на теоретическую и практическую сферы. Первая начинается с ощущения, затем переходит к созерцанию, представлению, суждению и, наконец, на высшем уровне — разума — достигает пункта, где теоретическое «Я» сознаёт себя самостоятельным и самодеятельным, т. е. становится практическим «Я», волей. Воля, в свою очередь, проходит ряд ступеней развития, высшей из которых является нравственное действие, имеющее целью самоё себя. Если в теоретической сфере сознание определяется бессознательной деятельностью «Я», то в практической сфере, напротив, бессознательное зависит от сознания и им определяется. У Фихте эти два разнонаправленных процесса совпадают только в бесконечности, куда и оказывается отнесённым осуществление познавательного и нравственного идеала. Отталкиваясь от кантовской «Критики способности суждения» и эстетического учения Ф. Шиллера
, Ш. видит в искусстве ту сферу, где преодолевается противоположность теоретического и нравственно-практического; эстетическое начало предстаёт как «равновесие», полная гармония сознательной и бессознательной деятельности, совпадение природы и свободы, тождество чувственного и нравственного начал. В художественной деятельности и в произведениях искусства достигается «бесконечность» — идеал, недостижимый ни в теоретическом познании, ни в нравственном деянии. Художник, по Ш., это гений, т. е. «интеллигенция», действующая как природа; в нём разрешается противоречие, непреодолимое никаким др. путём. Соответственно философия искусства является у Ш. «органоном» (т. е. орудием) философии и её завершением. Эти идеи Ш. развил далее в «Философии искусства» (опубл. 1907, рус. пер. 1966), выразив миросозерцание йенских романтиков.