В декабре 1915 года Батюшину присваивается звание генерал-майора. По поручению Генерального штаба он осуществляет инспекционные поездки и на другие фронты, где проверяет организацию разведывательной службы.
После в своих воспоминаниях Николай Степанович отметит, что, к великому сожалению, «… блестящий опыт тайной разведки мирного времени был сведён почти на “нет” во время войны…». Аналогичное положение складывалось и по линии борьбы со шпионажем. «Весь почти первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать спустя рукава», – подводит печальный итог Батюшин.
Но успехи были, причём не только в борьбе со шпионажем. В середине 1916 года генералу Батюшину в срочном порядке поручается выполнение государственных задач особой важности, связанных уже с внутренними врагами. К таким был причислен ряд финансовых воротил, нагло обирающих страну. Их обширные связи вели к самой императрице и её фавориту Григорию Распутину.
Первым в разработку контрразведки попал ближайший сподвижник Распутина банкир Дмитрий Рубинштейн. Он подозревался во многих грехах: в связях с немецким капиталом, в финансовых операциях в его пользу, в дискредитации рубля, в спекуляции хлебом на Волге и других. Но самым громким делом стало так называемое дело о сахарозаводчиках. Поводом для расследования комиссией, созданной Батюшиным из квалифицированных офицеров контрразведки, явилось исчезновение с российского внутреннего рынка сначала сахара, затем хлеба и других предметов первой необходимости.
Батюшин добился ареста Митьки (таково было прозвище Рубинштейна), у которого при обыске, кстати говоря, был обнаружен секретный документ штаба Третьей армии. Но Февральская революция спутала все карты. Двадцать восьмого февраля Митька Рубинштейн был освобождён из тюрьмы «восставшим народом», как писали газеты того времени.
Новоявленные демократы февраля решили поквитаться не только с царём, но и с его министрами и верными ему людьми. Поэтому восьмого апреля в Петрограде арестован был уже сам Батюшин.