Столыпина до сих пор критикуют за проведение в жизнь подзаконного (ещё точнее — незаконного) Положения о военно-полевых судах, согласно которому лиц, уличённых в нападениях на представителей государства, разбое и грабежах, судили и казнили в ускоренном порядке с той лишь разницей, что военных расстреливали, а гражданских вешали. Правительство даже не вынесло на рассмотрение Госдумы Положения о военно-полевых судах, отдавая себе отчёт в том, что подверженный влиянию слева парламент ничего подобного не одобрит. Так оказалось, что война с обеих сторон велась не имевшими отношения к законодательству методами: революционеры расстреливали чиновников, не утруждаясь разбирательством их вины, а военно-полевые суды, в свою очередь, отвечали казнями, столь же мало задумываясь над необходимостью проведения элементарного следствия.
Вероятно, исходя из сомнительной разницы между расстрелом и повешением, социалист (тогда ещё не вполне большевик) Антонов-Овсеенко, будучи арестованным во время перестрелки с жандармами в Севастополе в 1906 г., скрыв своё настоящее имя и офицерское звание, представился на суде Антоном Кабановым, и его как гражданского приговорили к повешению, заменённому по ходатайству социал-демократической фракции Госдумы 20-летней каторгой. Но, подпоив охрану, Антонов-Овсеенко вместе с другими заключенными взорвал стену тюрьмы и бежал. Именно такие люди вели войну не на жизнь, а на смерть с самодержавием, этим людям противостоял Пётр Столыпин вместе со всей мощью государственного аппарата.
Между тем к максимально жёстким мерам правительство подталкивала повсеместно сопровождавшая политические выступления уголовщина, примеры чему мы уже здесь приводили: для государства в таком случае становится не важным, из каких побуждений действовал преступник — из политических или с целью наживы. Видимо, из этого исходил и Столыпин, когда проводил в жизнь Положение о военно-полевых судах, тем более что сами революционеры своими действиями, кажется, провоцировали его на это: в августе 1906 г. от взрыва, устроенного на даче Столыпина на Аптекарском острове, погибли и были ранены несколько десятков человек, в том числе двое его собственных детей. Тут уж не до любезностей с «политическими»: маховик репрессий заработал на полную мощность.
Правда, в деятельность правительства постоянно вмешивалась и II Госдума, столь же подверженная влиянию левых партий, как и её самый первый состав. Тогда-то, в июне 1907 г. Столыпин, воспользовавшись надуманным предлогом, предоставил царю возможность роспуска Госдумы с одновременным изменением избирательного права в пользу партий, лояльных самодержавию, и в ущерб левым партиям всех мастей: в истории эти события получили название «третьеиюньского переворота».
Однако и после столь решительных мер премьеру Столыпину далеко не сразу удалось утихомирить революционные страсти. Из публикаций «Русского слова» от 2 сентября 1907 г. можно было узнать, например, что «в Лодзи при исключительных обстоятельствах убит на своей фабрике доктор химии Мечислав Зильберштейн. Убили его рабочие за отказ заплатить 15 000 рублей за время безработицы». В Митаве (Латвия), по сообщению того же «Русского слова» от 2 сентября 1907 г., накануне было «закончено следствие по делу о революции в Голдингенском уезде. Обвиняемых — 34. Глава движения Пунжнаергле во время революции организовал народную милицию в 30 000 гвардейцев»…
Не лучшим образом (для самодержавия) обстояли дела и в таких составляющих империи, как Грузия и Украина. В Тбилиси, например, «временно обязанные крестьяне князя Бектабекова Микелашвили, Надирашвили и Гамбарашвили, Горийского уезда, убившие 12 марта 1906 г. названного князя, приговорены кавказским военно-окружным судом к повешению», а в Киеве «именующий себя Кишняковым, обвинявшийся в покушении на разбой и убийство городового, военно-окружным судом приговорён к смертной казни». В то же самое время, по сообщению «Русского слова», на Суражской улице Белостока «неизвестные стреляли в проходивший патруль; ответными выстрелами патруля один ранен»; в Екатеринославе «на Выездной улице обнаружена квартира с бомбами и револьверами. Арестованы двое». На эти бомбы и револьверы, убийства и грабежи Столыпин отвечал новыми казнями, расстрелами и повешениями, и, казалось, что невозможно ни разорвать порочный круг преступлений, ни остановить жуткий «поезд» ответных репрессий…
В этих условиях революционерам, теснимым с одной стороны широкими полномочиями военно-полевых судов, работой полицейского аппарата, с другой — потерей политической поддержки парламента, ничего не оставалось, как прекратить сопротивление и либо вернуться к мирному существованию, либо отправиться в эмиграцию в расчёте на лучшие времена.
Особенно показательным в этом было положение Антонова-Овсеенко, которому в случае нового ареста после «третьеиюньского переворота» уже не приходилось рассчитывать на ходатайство своей фракции в парламенте, и он, как и многие другие, был вынужден отправиться в эмиграцию.