Существенно влияли на ситуацию со снабжением и морской блокадой условия базирования флотов. У Черноморского флота ближайшим пунктом со сносными условиями базирования была Анапа. Немцы основательно разрушили и заминировали эту базу перед отступлением. За месяц с небольшим, прошедший со дня освобождения Анапы до начала операции, создать здесь полноценный пункт базирования не успели. Ремонтироваться катера уходили главным образом в южные порты Кавказского побережья. Анапа оставалась всю операцию ближайшим пунктом, где, например, могли зарядиться сжатым воздухом торпедные катера. Западнее Анапы не было ни одного места, где во время шторма катера могли бы себя чувствовать в безопасности, поэтому потери от непогоды оставались ненормально большими. Для Азовской флотилии ближайшим надежным укрытием от шторма служил Темрюк. Районы причалов в Кучугурах, Кордоне и на косе Чушка в период штормов были опасными местами. Потери и повреждения судов от непогоды здесь были не меньше, чем в южной части пролива.
Немецкие блокадные силы имели четыре базы. В любой из них можно было надежно укрыться от непогоды. В проливе базировались только десантные баржи — сначала на Керчь, затем на Камыш-Бурун. Поскольку емкость Камыш-Бурунского порта была ограниченна, предпочтительным считался Керченский порт. Но с выходом наших войск 11 ноября на восточную окраину Керчи немецкому флоту пришлось отсюда уйти. При всех достоинствах Керчи эта база имела и существенный недостаток. Чтобы блокировать Эльтиген, БДБ должны были проходить между мысом Ак-Бурну и косой Тузла узким фарватером — Павловским каналом. Так как на косе Тузла находились наши батареи, проходить к Эльтигену и возвращаться обратно приходилось затемно.
А это означало, что некоторое время после заката и перед рассветом блокировать Эльтигенский плацдарм из Керчи было невозможно. Конечно, Керченский порт находился близко к переправе на Еникальский плацдарм. Но, как уже отмечалось, атаки на эту переправу были сопряжены с большим риском и прекратились еще до ухода немецкого флота из Керчи.
Камыш-Бурун предоставлял меньшие удобства для базирования. Но зато он располагался идеально для блокады Эльтигена — главной задачи немецкого флота почти на весь период операции. Теоретически этот небольшой порт находился в пределах досягаемости нашей береговой артиллерии. Однако огонь с косы Тузла быстро подавлялся немецкими батареями, так как коса представляла собой плоскую и абсолютно открытую для наблюдения полоску суши. А батареи с мыса Тузла «доставали» Камыш-Бурун с трудом, и их огонь оказывался неэффективным. Узкая Камыш-Бурунская коса и батареи на ней затрудняли удар торпедных катеров по баржам у причалов. Сложная навигационная обстановка на подходе к базе и необходимость действовать только в темноте еще более снижали шансы на успешный торпедный удар. Единственной серьезной угрозой для барж в Камыш-Буруне оказалась авиация.
На Киик-Атламу (Иван-Бабу) базировались торпедные катера. Адмирал Черного моря использовал их в проливе осторожно и с большой неохотой. Шнельботы были слишком ценными боевыми единицами, чтобы рисковать ими в непрерывных боях у Эльтигена. Даже без боевых повреждений и потерь частые переходы в неспокойном или штормовом море сулили неизбежные повреждения от штормов и аварий. А торпедные катера вместе с подводными лодками оставались, не считая слабой авиации, единственным средством для ударов по советским коммуникациям. Считалось также, что они необходимы для противодействия возможным выходам крупных кораблей Черноморского флота.
Феодосия представляла собой достаточно оборудованную базу легких сил, но располагалась слишком далеко от Эльтигена — более 100 км. На нее базировались раумботы и та часть БДБ, которая «не умещалась» в Камыш-Буруне. Чтобы не попасть под огонь наших батарей, противник должен был проходить мыс Такиль в обоих направлениях в темное время суток. Это ограничивало возможность блокады плацдарма из Феодосии. Оставалось время после заката и перед рассветом, когда наши катера могли бы пройти к Эльтигену без помех со стороны немецкого флота. Кроме того, баржи из Феодосии просто не успевали каждые сутки ходить на линию блокады. Дорога туда и обратно плюс ночь в проливе занимали у БДБ более суток. А экипажи, вымотанные ночными боями, нуждались в отдыхе на берегу раз в сутки; баржи требовали заправки топливом, пополнения боеприпасами и устранения мелких неисправностей в порту.
Сначала планировалось, что БДБ днем будут отстаиваться у берега недалеко от входа в пролив под прикрытием зенитных батарей, а к ночи возвращаться на линию блокады. Но от этого сразу же отказались — в первую очередь из-за опасности воздушных налетов. В общем, для поддержания даже неполной блокады из Феодосии требовалось бы как минимум вдвое больше барж, чтобы работать «в две смены». А отвлечь на неопределенное время дополнительно десяток барж со снабжения Крыма было нельзя — план перевозок и без того не выполнялся.