В течение первого месяца войны закончили ремонт лидера, минного заградителя, двух эскадренных миноносцев, трех тральщиков, восьми подводных лодок, торпедного катера, двух морских буксиров и гидрографического судна. Кроме того, оборудовали плавучую зенитную батарею, четыре сетевых заградителя, выполнили работы по установке на кораблях размагничивающих устройств. Высокий процент обеспеченности флота средствами радиосвязи позволил снабдить радиосредствами все вновь формируемые части и мобилизованные корабли.
К концу мобилизационного периода из запаса на флот поступило 4611 старшин и сержантов, 16 902 рядовых, что на 1390 человек превышало штатные потребности флота. За 26 дней мобилизации из запаса прибыл 1561 офицер.
Однако основная часть поступившего из запаса личного состава имели недостаточную военную и специальную подготовку. Поэтому сразу же по прибытии в военно-морские базы организовывалась боевая подготовка формируемых и развертываемых частей. Исключение составляли ВВС, где ко времени объявления мобилизации младший и рядовой состав запаса на 60 % находился в частях, куда его вызвали для переподготовки. Общая численность личного состава Черноморского флота на 15 августа 1941 г. составляла 101 337 человек, в том числе корабельного состава 42 808 человек, береговой обороны — 36 101 человек, ВВС флота — 16 690 человек (на 1 августа), сухопутных частей — 5738 человек.
Из прибывшего из запаса личного состава комплектовались не только те части, формирование которых предусматривалось планом развертывания, но и не учтенные этим планом (зенитные части, дивизионы катерных тральщиков, лоцманские пункты и др.). К 10 июля на флоте сформировали и укомплектовали личным составом шесть новых зенитных дивизионов, роту ВНОС, десять береговых батарей, пулеметную роту, минометный дивизион и ряд других подразделений. По указанию наркома ВМФ с 5 июля начались подготовительные работы по формированию Азовской военной флотилии.
Большую работу в период мобилизации и развертывания флота выполнили органы тыла. В частности организовали укрытие в подземные хранилища 1300 вагонов боезапаса, находившегося на незащищенных складах и под открытым небом в Сухарной балке и бухте Голландия, изыскали недостающее вооружение и снаряжение для вновь формируемых частей; обеспечили ремонт материальной части соединений, ведущих боевые действия. Однако работы по рассредоточению боезапаса и топлива шли медленно из-за отсутствия погрузочно-разгрузочных средств и недостатка в транспорте и рабочей силе. Военно-морские базы не имели своих мастерских для ремонта оружия и боевой техники.
По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 пограничных катеров (из них 46 типа МО) и две эскадрильи НКВД (6-я бомбардировочная и 7-я разведывательная).
За счет отмобилизованных судов прежде всего резко увеличили состав тральных сил. Так, по состоянию на 1 августа тральные силы флота выглядели следующим образом:
— 1-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе (бортовые номера) Т-401 (11), Т-402 (12), Т-403 (13), Т-404 (14), Т-405 (15) и Т-412 (16);
— 2-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-406 (21), Т-407 (22), Т-408 (23), Т-409 (24), Т-410 (25), Т-411 (26) и Т-413 (27);
— 3-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-481 «Пионер» (31), Т-482 «Земляк» (32), Т-483 «Тракторист» (33), Т-504 «Работник» (34), Т-505 «Судком» (35), Т-506 «Местком» (36), Т-507 «Делегат» (37), Т-517 «Райкомвод» (38), «Доротея» (39);
— 4-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-484 «Хенкин» (41), Т-485 «Каховка» (42), Т-486 «Советская Россия» (43), Т-487 «Очаковский канал» (44), Т-501 «Сиваш» (45), Т-502 «Маныч» (46);
— 5-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-491 «Кизилташ» (51), Т-492 «Белобережье» (52), Т-493 «Хаджибей» (53), Т-494 «Сары-Камыш» (54), Т-495 «Конка» (55), Т-497 «Егурча» (56), Т-503 «Байкал» (57);
— 6-й дивизион тральщиков Новороссийской ВМБ в составе «Зоря» (61), Т-489 «Хоста» (62), Т-511 «Червонный казак» (63), Т-512 «Валерий Чкалов» (64), Т-513 «Норд» (65), Т-514 «Ост» (66), Т-515 «Геленджик» (67), Т-516 «Майкоп» (68);
— 7-й, 8-й и 9-й дивизионы катерных тральщиков.
Также увеличилось количество сторожевых кораблей. В частности, из мобилизованных шаланд сформировали 10-й дивизион сторожевых кораблей Одесской ВМБ в составе «Кубань» (101), «Петраш» (102) и 11-й дивизион Новороссийской ВМБ в составе «Рион» (111), «Дон» (112), «Буг» (113), «Днестр» (114). За счет пограничников флот пополнился морскими охотниками типа МО — их стало 70 единиц.
В ходе военных действий изменялась структура Черноморского флота и количественный состав его соединений и частей. Так, на 3 июля 1942 г., то есть фактически с падением Севастополя, в составе флота имелись:
Эскадра кораблей
с базированием на Поти:— линейный корабль «Парижская коммуна» (с 31.05.43 г. «Севастополь»), крейсера «Красный Кавказ» (ремонт) и «Красный Крым» (в Батуми, нуждается в ремонте);