Случилось то, что испанцы считали уже невозможным. Многотысячные армии сомкнулись кольцом вокруг каждого крупного испанского лагеря, вокруг городов. Численность поднявшихся против испанцев войск оценивали в двести с лишним тысяч человек. И Манко Капак проявил себя достойным учеником испанцев: он руководил военными операциями талантливо, как прирожденный военачальник, используя перенятое у испанцев военное искусство. Вскоре в руках предводителя инков появилось и захваченное у испанцев оружие, и перуанские воины обращались с ним ничуть не хуже, чем бывшие владельцы. Более того, испанцев атаковала даже небольшая перуанская конница - лошади и панцири также были отбиты у испанцев.
Трое братьев Писарро в течение долгих месяцев отчаянно защищались в гарнизоне Куско от ожесточенных атак перуанцев. Лима тоже превратилась в осажденную крепость, в которой оказался запертым, как волк в капкане, сам Писарро с отрядом.
Самым страшным оружием осаждавших города перуанцев были горящие стрелы и некое подобие бомб, которые они бросали на дома, покрытые в основном досками и соломой. Эти бомбы представляли собой раскаленные докрасна камни с содержанием руды, которые перуанцы завертывали в пропитанную смолой ткань и пускали в город из огромных пращей. Эти летающие костры-ядра приводили к огромным пожарам: во время осады Куско были дни, когда половина города пылала. В это же время испанцы столкнулись с другим страшным оружием - лассо. Длинную веревку с петлей на конце перуанцы умели бросать на большое расстояние и захватывали с ее помощью испанцев и их лошадей живьем, других же выводили из строя.
Зажигательные бомбы инков
Долгие месяцы борьба тянулась без заметного успеха для той или иной стороны. Ряды испанских наемников редели, припасы подходили к концу. Напрасно они уничтожали массы перуанских воинов своим превосходящим по технике оружием; если даже на одного павшего испанца приходилось десять перуанцев, потери завоевателей и тогда были больше, потому что армия их была малочисленна по сравнению с перуанской. В лагерь Манко Капака потоком текли воины с гор, тогда как Писарро неоткуда было ждать помощи или подкрепления. Перуанцы сохранили несравненное превосходство в силах даже тогда, когда Манко Капак отослал большую часть своих воинов домой убирать урожай, чтобы обеспечить свои войска продовольствием.
Перед глазами же испанцев носился призрак голодной смерти.
Невыносимый климат чилийских гор спас от неминуемой гибели осажденных, да и все испанские колониальные владения в Перу. Альмагро после долгих месяцев тяжелейшего перехода вынужден был отказаться от надежды победить силы природы; он не мог пробиться через леденящие холодом и бурями непроходимые горы и отдал своему отряду приказ возвращаться.
Его возвращение решило судьбу великого перуанского восстания. Получив подкрепление в виде отряда Альмагро, испанцы стали более успешно отбиваться от осаждающих и даже постепенно перешли в контрнаступление. Они разбили крупные перуанские войска, в ходе жестоких, кровавых боев оттеснили их в горы. Манко Капак отступил; еще в течение нескольких лет, укрывшись в неприступных горах, он руководил вылазками, но сколько-нибудь значительных успехов добиться уже не мог.
Казнь бывшего соратника
Альмагро, ссылаясь на вторичное спасение Писарро и его воинов, а также уповая на прибывшие тем временем императорские распоряжения, настаивал теперь уже на разделе власти, себе и своим сторонникам он требовал город Куско и всю южную часть империи.
После бесплодных переговоров дело дошло до вооруженного столкновения. Писарро одержал верх, разбил воинов Альмагро, сам Альмагро был захвачен в плен - и снова был устроен "суд".
Смерть Писарро и месть
Семидесятилетний Диэго де Альмагро был обвинен в предательстве императора Испании. На публичную казнь Писарро не решился, риск был слишком велик. Смертный приговор привели в исполнение в тюрьме; давний соратник Франсиско Писарро был задушен в камере, безо всяких церемоний, в присутствии двух официальных свидетелей.
Час расплаты настал через каких-нибудь три года. Сторонники сына Альмагро, организовав заговор, напали на Франсиско Писарро в его губернаторском дворце во время ужина и прирезали его прямо за столом вместе с несколькими его друзьями и военачальниками.
После этого Гонсало Писарро поднял мятеж против новой партии Альмагро, и так длилось долго: завоеватели убивали друг друга, стремясь отнять друг у друга власть.