Все эти события, разумеется, не имели отношения ни к чему другому, кроме борьбы за власть, но отражали определенную нестабильность обстановки в целом. В этих условиях в области государственного управления начал выделяться Л. П. Берия, подчеркнуто демонстрирующий свою независимость и от Г. Маленкова, и от Н. С. Хрущева. Л. П. Берия личным распоряжением прекратил, как необоснованные, «дело авиаторов», «Ленинградское дело», «дело врачей», объявил амнистию заключенным, которая коснулась 1,2 миллиона человек, то есть почти 50 % осужденных (одними из первых были возвращены к обычной гражданской жизни П. Жемчужина – супруга В. Молотова, обвиненная в антигосударственной деятельности, А. Каплер – кинорежиссер, виновный в том, что он небезуспешно ухаживал за дочерью И. В. Сталина Светланой), настоял на возвращении ранее репрессированного И. Надя на пост премьера правительства Венгерской республики, продвинул проект решения о выводе советских войск из Восточной Германии (то есть из ГДР).
17 июня 1953 года в ГДР начались спровоцированные (или инициированные?) предложениями Л. Берии массовые протестные выступления жителей ряда городов ГДР. Однако по личному приказу Л. Берии эти выступления были жестоко, с многочисленными жертвами подавлены Советской армией.
Сама по себе самостоятельность Л. П. Берии и растущее отторжение партаппаратом его курса обусловили переход Г. Маленкова в лагерь противников, а в дальнейшем и арест Л. П. Берии 26 июня 1953 года.
Арест Л. П. Берии – 1-го зампреда Совмина СССР, министра МВД, члена Президиума ЦК – тайно готовили Г. Маленков, Н. С. Хрущев, а также Н. Булганин и В. Молотов. Однако, зная, что охрана Кремля, как и других партийных и государственных учреждений общесоюзного уровня, подчинена Л. П. Берии, арест был поручен военным – маршалам и генералам, ненавидевшим министра МВД по определению. Арест Л. П. Берии, осуществленный в Кремле, непосредственно во время заседания Президиума ЦК, произвела группа высших военных из 11 человек, в том числе Г. К. Жуковым, К. Москаленко, Л. И. Брежневым. Не доверяя руководству тюрем, находящихся в ведении МВД, Г. Маленков и Н. С. Хрущев распорядились содержать арестованного Л. П. Берию на гауптвахте Московского военного гарнизона.
А в начале сентября 1953 года состоялся Пленум ЦК КПСС, на котором по предложению Г. Маленкова и Н. Булганина Н. С. Хрущев был избран 1-м секретарем ЦК.
В сложившейся обстановке, не желая иметь в своем составе присланного из аппарата ЦК партии, скомпрометированного неблаговидным участием в трагедии Г. Н. Куприянова нового сотрудника, руководство МИДа, несмотря на отсутствие у Ю. В. Андропова не только специальной подготовки международника, но и вообще достаточного общего образования, избавляясь от него, направляет Ю. В. Андропова в ноябре 1953 года советником (?) в посольство СССР в Венгерской Народной Республике. Ю. В. Андропову вновь удалось избежать полной опалы, в которую попали другие функционеры, хоть в чем-нибудь скомпрометированные своими связями с госбезопасностью.
Нужно отметить, что после ареста Л. П. Берии и членов его ближайшего руководящего окружения не только были реформированы воинские части госбезопасности (кроме пограничных и региональных), но и во всех партийных, советских, хозяйственных и военных учреждениях старались освободиться от лиц, имеющих связи с органами госбезопасности; так, например, был отправлен в отставку заместитель начальника Генерального штаба Советской армии 50-летний генерал-полковник Штеменко.
Откомандированный в ВНР Ю. В. Андропов понимая, что для дальнейшей карьеры назначение на должность советника посольства может оказаться тупиковым, решил принять меры. Для этого следовало использовать Петрозаводский опыт.
В апреле 1954 года Верховный суд СССР реабилитировал осужденных по Ленинградскому делу А. Кузнецова, Ю. Вознесенского и др., включая Г. Н. Куприянова, а в декабре того же года в Ленинграде состоялся судебный процесс по поводу нарушения законности органами госбезопасности при ведении Ленинградского дела; в частности по приговору суда бывший министр госбезопасности В. Абакумов был расстрелян.
Однако находящийся вне поля зрения, непосредственно участвовавший в фальсификации Ленинградского дела Ю. В. Андропов вновь избежал разоблачения; более того, добившись расположения министра иностранных дел В. Молотова, он был в том же 1954 году утвержден в должности посла СССР в Венгерской Народной Республике. Назначение на пост посла могло осуществиться только после детального изучения биографии претендента, оценки его служебной репутации и согласования кандидатуры в Президиуме или Секретариате ЦК. В связи с этим напрашивается вывод, что такое решение произошло не случайно, а под давлением третьих лиц, возможно из той же госбезопасности.