Его должность предоставляет ему завидное первенство внутри самой курии. В 1187 году Григорий VIII отменил звание канцлера, подчеркивая этим, что только папа имеет право подтверждать подлинность актов Святого престола. Но вице-канцлеру с течением времени удалось вернуть если не свое звание, то свои права. Он действительно стал вторым лицом в церковной иерархии. В его подчинении находилось около сотни папских служащих. Референдарии, или «докладчики большой канцелярии», выносили решение о прощении. А потом докладчики «малой канцелярии» составляли акты, которые заверялись управляющим канцелярии и вице-канцлером. Наложение свинцовой печати — буллы — делало затем такой акт законным. Тщательно разработанная система оплаты позволяла одновременно пополнять сундуки папы и весьма обильно вознаграждать служащих канцелярии. Эта система применялась как к грамотам о канонизации, так и к грамотам, которые давали льготы и прощение в самых разнообразных случаях: брак близких родственников, узаконивание внебрачного ребенка, двоеженство, кровосмешение, убийство с целью ограбления или сексуальные извращения.
Пий II дает возможность кардиналу Борджиа исполнять эту деликатную и доходную должность, которая досталась ему от дяди. Но в других отношениях его позиция прямо противоположна мнению предыдущего папы. Предварительно заплатив, он увольняет каталонских губернаторов, которых Каликст разместил в своих папских провинциях. Педро Луис, брат Родриго Борджиа, умер весьма кстати: его заменили племянником Пия II Антонио Пикколомини. Один из друзей папы, Антонио Колонна, становится префектом Рима. Происходит изменение в отношениях папства и Неаполя. 17 октября 1458 года с Ферранте подписано соглашение, по которому он признает себя подданным папы и обязуется платить дань. Взамен 10 ноября Пий II публикует грамоту о даровании ему инвеституры.
Эта перемена в политике была вызвана определенными причинами. В Италии папе нужен был мир, чтобы иметь возможность начать крестовый поход против турок. Он призывает всех христианских государей собраться в Мантуе в июне 1459 года, чтобы договориться о возобновлении святой войны. Сам же отправляется на север Италии в январе 1459 года. Одиннадцать кардиналов, живущих в Риме, обязаны его сопровождать. И среди них — Родриго Борджиа и его кузен Луис Хуан де Мила. Города папских провинций по очереди встречают великолепную кавалькаду.
Среди всех римских прелатов вице-канцлер выделяется роскошью, которой он обставил свою жизнь, и необычайной представительностью. И в самом деле, Родриго очень красив. Высокий, темноволосый, живой, небрежный, всегда улыбающийся, он никого не оставляет равнодушным. Мужчины им восхищаются, ему завидуют, к нему ревнуют. Женщин покоряет его очарование. Еще его наставник Гаспаро да Верона отметил его исключительную способность к обольщению: «У него, — писал он, — проникновенный голос. Он говорит и пылко и очень мягко одновременно. Черные глаза великолепны. Лицо всегда приятно. Оно выражает веселость и счастье. Разговор с ним странным образом способен взволновать слабый пол. Он притягивает женщин, как магнит притягивает железо. Но ловко скрывает свои победы, и никто не знает, сколько женщин ему покорилось».
Другой очевидец, Ясон Наимий де Милан, с восторгом говорит о «несравненном изяществе и физической красоте вице-канцлера». Его восхищают «ясный лоб, королевские брови, чело, наполненное простотой и величием, гениальность, гармоничные и достойные героя пропорции всех его членов».
Кардинал не скрывает своих похождений, но никого даже в мыслях не смущает, хотя ежедневно можно видеть, как при папском дворе попирается обет безбрачия. После принятия монашеского сана у самого папы Пикколомини тоже были незаконнорожденные дети. И он высказывал сомнение по поводу пользы обета безбрачия для священников. Заняв папский трон, он все-таки заставляет уважать приличия и выражает признательность своим богословам и ученым за их скромность.
Чтобы привязать к себе молодого и резвого прелата, Пий II доверяет ему весьма деликатную миссию во время своего длительного пребывания в Сиене с 28 февраля по 23 апреля 1459 года. Он решил возвести местечко, где родился, в ранг епископства, дав ему название «Пиенца». Родриго вменяется в обязанность следить за строительством собора и дворца Пикколомини в самом центре нового города. Эта работа явно не поглощает всех жизненных сил крепкого вице-канцлера. Дам Сиены, как и римлянок, пленяет его очарование. Слухи об этом доходят до Пия II, который отправился лечить свою подагру на воды Петриоло. 11 июня папа призывает к порядку слишком деятельного прелата: