Молодая пара, Франциск и Элеонор, проводили много времени с императрицей и маленьким принцем. В 1533 году Изабелла Португальская стала крестной матерью второго ребенка Франциска Борджиа и Элеонор Альваро – маленькой девочки, своей тезки Изабеллы. Всего у пары родилось 8 детей: еще 4 сына – Хуан, Альваро, Фернандо и Альфонсо, а также еще 2 дочери – Хуана и Доротея. К счастью родителей, все дети выжили, дожили до детородного возраста и оставили большое потомство. Все, кроме младшей Доротеи – она стала монахиней.
Император вернулся в Испанию только 22 августа 1533 года, и в честь его возвращения в Барселоне прошла волна праздников. После этого императрица серьезно заболела, так, что врачи тревожились за ее жизнь. Франциск много молился за нее и организовал общий молебен всех придворных в церквях и монастырях. Изабелла выздоровела, и многие испанцы отправились в паломничество на гору Монсеррат в сантуарий Богоматери, чтобы поблагодарить ее за выздоровление императрицы.
В эти дни сам Франциск Борджиа часто болел, у него был сильный жар. Молодой человек проводил время в постели и занимал себя чтением Священного Писания. В это время в нем все больше росла и крепла уверенность в бессмысленности земных благ и в необходимости расти духовно. Франциск хотел бы закрыться от мира и жить отшельником, но не мог из-за семьи и из-за своей службы при дворе. Тем не менее он постоянно молился, раздавал милостыню и все больше укреплялся в мысли о том, что та жизнь, которую он ведет, – это не его призвание.
В 1535 году император Карл V отправился в Тунис с целью захватить порт и препятствовать вторжению турок в Средиземное море. К нему присоединились галеры венецианского адмирала Андреа Дориа. Франциск тоже отправился с императором. Мужчина надеялся принять участие в битве, но Карл V велел ему отправляться в Мадрид, где маркиз Ломбай мог быть полезен императрице. Франциск был разочарован, но не осмелился противоречить своему покровителю. Молодому человеку было всего 25 лет, но придворная жизнь уже начала ему надоедать. К тому же его здоровье постоянно ухудшалось, у Франциска обнаружили подагру.
В августе императорский флот с помощью португальского разбил арабские галеры Туниса. Карл V вынудил тунисского бея подписать договор, по которому тот уступал Испании город-порт Ла Гулет.
Только в следующем, 1536, году император позволил Франциску Борджиа участвовать в сражениях. На этот раз в войне с королем Франции Франциском I, которая разгорелась снова. Но бог был не на стороне императора – испанцы проигрывали битву за битвой в Ломбардии, Провансе и других городах.
Большой проблемой стала дизентерия, которая то и дело вспыхивала в военных лагерях. Можно сказать, что больше солдат умерло от этой эпидемии, чем полегло на поле боя. В одном из жестоких сражений погиб большой друг Франциска и императора поэт Гарсиласо де ла Вега, который без шлема и кольчуги повел в бой 3000 солдат. Смерть лучшего друга повергла маркиза Ломбай в депрессию, которая усугубилась еще и тем, что испанская армия постоянно терпела поражения. И именно ему, Франциску Борджиа, император поручил известить об этом императрицу Изабеллу, которая в данный момент находилась в Сеговии.
Маркиз Ломбай снова серьезно заболел, но и на этот раз ему удалось выбраться из тисков смерти. Он все чаще и чаще думал о том, что хотел бы посвятить свою жизнь молитве и покаянию. Утешение Франциск Борджиа находил только в музыке, он даже сам слагал священные гимны, исполнявшиеся в испанских церквях.
Война с Францией была проиграна окончательно, но постепенно жизнь при дворе начала приходить в норму. В 1537-м у Франциска и Элеонор родился седьмой ребенок – дочь Доротея. А еще год спустя, когда они перебрались в Толедо, появился на свет их последний малыш Альфонсо.
Именно в Толедо император Карл V решил устраивать регулярные собрания глав маленьких испанских государств, включая Каталонию и Арагон, и всегда требовал присутствия на этих собраниях своего любимца маркиза Ломбай. Франциск принимал, хоть и неохотно, участие во всех церемониях, празднествах и банкетах. В это время неожиданно заболела императрица Изабелла, и врачи ничего не могли понять. У нее поднялся сильный жар, и на некоторое время все праздники прекратились, так как подданные молились за здоровье государыни. Это, к сожалению, не помогло – Изабелла Португальская скончалась 1 мая 1539 года в возрасте 35 лет после 14 лет брака, за время которого она произвела на свет семерых детей.
Кроме сына Филиппа Изабелла родила двух мертворожденных детей, дочерей Марию и Хуану, сыновей Фердинанда и Хуана. Последние двое скончались в младенчестве, Мария стала женой своего двоюродного брата императора Максимилиана II, а Хуана вышла замуж за наследника португальского престола Жуана Мануэля. Жуан скончался через два года после свадьбы от диабета, Хуана доверила воспитание своего маленького сына Себастьяна свекрови Екатерине Австрийской, которая приходилась ей еще и родной теткой – это была та самая инфанта, подруга Франциска Борджиа.