В 1507 году случилось еще одно горе – Лукреция оплакала смерть Чезаре Борджиа. Несмотря на то что он убил ее второго и любимого мужа, он все-таки был ее братом.
Наконец, произошло долгожданное событие – 5 апреля 1508 года Лукреция Борджиа родила здорового мальчика, который выживет и проживет 51 год. Родители назвали его Эрколе, в честь деда. Ребенок был некрасивым, но энергичным и живучим – а это было самое главное. Альфонсо д’Эсте был настолько счастлив, что вынес его голеньким из спальни жены и с гордостью показал иностранным послам, находившимся тогда в его замке. Эрколе станет наследником престола и герцогом Феррары, Модены и Реджо после смерти своего отца в 1534 году под именем Эрколе II д’Эсте. А на следующий год случилось еще одно чудо – 29 августа 1509 года у Лукреции и Альфонсо родился второй сын Ипполито д’Эсте, будущий кардинал, тезка своего дяди. Герцог и герцогиня д’Эсте были на седьмом небе от счастья – наличие двоих сыновей обеспечивало большую уверенность в том, что род не прервется.
Изабелла тем временем тоже родила еще двоих детей: сына Ферранте в 1507 году и дочь Ливию в 1508-м Ферранте Гонзага станет военачальником и будет доверенным лицом императора Карла V Габсбурга. Тот сначала назначит его вице-королем Сицилии, а потом губернатором Милана. Ферранте Гонзага будет участвовать в разграблении Рима в 1527 году и в осаде Флоренции в 1530-м, за что заслужит особую благодарность Папы Климента VII. В 1531 году император наградит его орденом Золотого руна, а в 1539 году он купит графство Гуастала у графини Людовики Торрелли и станет родоначальником ветви Гонзага из Гуасталы.
У Лукреции следующий ребенок родился только в 1514 году, его снова назвали Алессандро. Но, как и предыдущий Алессандро, он прожил недолго – всего два года. Затем в 1515 году она порадовала мужа рождением дочери Элеоноры д’Эсте, которая выжила и дожила до 60 лет. Элеонора решила посвятить себя богу и стала монахиней, как и ее кузины Ипполита и Ливия Гонзага, дочери Изабеллы д’Эсте. Элеонора жила в монастыре Тела Господня, где и была похоронена.
Еще один мальчик, Франческо д’Эсте, родился 1 ноября 1516 года. Он прожил 62 года и получил титул маркиза Масса Ломбарда от римского Папы Павла III. В браке с Марией да Кордона у Франческо д’Эсте не было детей, только две незаконнорожденные дочери от неизвестных женщин. Последняя дочь Лукреции и Альфонсо Изабелла Мария д’Эсте родилась 14 июня 1519 года и стоила своей матери жизни. Сама малышка долго не прожила, всего два года. Она упокоилась в могиле рядом с мамой в церкви Тела Господня в Ферраре. Таким образом, Лукреция Борджиа родила 10 детей, если считать Джованни, «дитя Рима». Кроме того, у нее было несколько выкидышей.
Альфонсо д’Эсте был очень дружен со своим братом кардиналом Ипполито, который сопровождал его везде, где только мог. В том числе и во время официальной церемонии коронации как герцога Феррары. Ипполито был третьим сыном в семье, он был на три года младше своего брата Альфонсо. С детства Ипполито нацелился на духовную карьеру, и в возрасте 6 лет ему уже доверили аббатство. А в возрасте 8 лет, благодаря тетушке Беатриче Арагонской, королеве Венгрии, Ипполито стал архиепископом Стригонским в Венгрии. Там он учился и прожил 7 лет.
Бездетная Беатриче Арагонская так его полюбила, что хотела, чтобы мальчик остался там навсегда. Но в 1490 году Ипполито вернулся в Италию и, благодаря хлопотам его отца Эрколе д’Эсте, Папа Александр VI назначил его кардиналом-дьяконом в 1493 году, а затем архиепископом Милана в 1497-м. Брак Лукреции и Альфонсо принес Ипполито много выгоды – он был назначен протоиереем собора Святого Петра в Риме. Кроме того, в связи со своим знатным происхождением, Ипполито был епископом Модены, Феррары и Капуи.
С другими братьями Альфонсо д’Эсте повезло меньше. Ферранте был на год его младше и вырос при дворе своего деда Ферранте Арагонского, где мать его оставила сразу же после рождения. Уже с детства это был очень красивый ребенок – про него говорили, что он похож на ангела небесного. Беатриче Венгерская страстно хотела заполучить и этого ребенка своей сестры Элеоноры, несмотря на то что у нее уже рос Ипполито. Но поездка в Венгрию не состоялась из-за его болезни, и Ферранте вернулся в Феррару к своим родителям. В 1493 году отец отправил его на службу к французскому королю Карлу VIII, но после битвы при Форново Ферранте вернулся в Италию и воевал на стороне Венеции. К концу 1504 года, когда его отец Эрколе был уже болен и мог умереть со дня на день, Ферранте вернулся в Феррару.
Самый младший из законнорожденных братьев Альфонсо, Сиджизмондо, был ровесником Лукреции Борджиа. Он вырос в Ферраре и всегда жил в тени своих братьев, не пытаясь противостоять их власти. Сиджизмондо вместе со своим братом Ипполито возглавлял процессию феррарцев, которая сопровождала Лукрецию из Рима в Феррару. Он часто путешествовал со старшим братом Альфонсо, жил в собственном дворце в Ферраре, никогда не был женат и не оставил потомства. Как, впрочем, и Ферранте.