Научный опыт в разработке подобного проекта был довольно обширен, но Борис Семёнович сразу обратил внимание, что предложенные ранее варианты механизмов не соответствовали специфичным требованиям телеграфирования. И в этой работе Якоби показал себя как гениального ученого: им была создана уникальная конструкция «гальванических маятниковых часов» (что стало первым шагом и в электрификации часовых разработок в целом), ставших основой механизма телеграфов шаговой системы. Стрелочные телеграфы были просты по конструкции и имели переносной вид, что позволяло использовать их в армии. Изобретение не только стало работать на пользу воинских частей, но и поспособствовало созданию специальных гальванических команд в саперных войсках, занимающихся также применением электрических мин, – эта сфера также вошла в деятельную жизнь неутомимого ученого, как мы увидим далее.
Множество экземпляров стрелочного телеграфа было создано ученым. В 1845 году он, используя все свои знания, накопленные в опытах над данным устройством, разработал стрелочный аппарат канцелярского типа, который предназначался для правительственных учреждений. Данный аппарат, названный горизонтальным, был настолько удачным, что Николай I выказал желания иметь два экземпляра для личного использования, которые пришлось «выполнить с надлежащей роскошью». Кроме того, идея данного изобретения приобрела огромную популярность в Европе. И вновь последовали попытки отнять право на первенство в данной разработке у Якоби. Ученый писал:
«Между прочим, я посетил моих давнишних друзей в Берлине. Одному из них я показал эскиз моего нового аппарата, объяснил ему действие прибора и просил никому не рассказывать об этом до тех пор, когда я сам издам его описание. В момент моего ухода вошел господин Сименс, который тогда, если я не ошибаюсь, носил еще форму прусского артиллерийского офицера и который, насколько мне известно, в то время еще не занимался телеграфами… Мой рисунок оставался на столе. Я передаю лишь факт, не обвиняя никого в плагиате. Известно, что телеграф с синхронным движением составил славу и богатство г. Сименса»
Сименс же, использовавший идею Якоби, с гордостью писал своему брату Вильгельму: «Своим изобретением я сделал большой шаг вперед. Возможно, мне удастся взять на себя сооружение государственного телеграфа».
Последней работой Якоби в сфере конструирования телеграфных аппаратов стало изобретение первого в мире корабельного электромагнитного телеграфа, который служил для связи между капитаном и машинистом парохода. Впервые такой телеграф был установлен на паровом фрегате «Полкан» в 1855 году, однако до наших дней конструкция не дошла и узнать о ней стало возможным только после кончины Николая I, после чего запрет на публикацию описаний телеграфов Якоби был отменен.
Сам ученый так прокомментирует в 1857 году свою работу в области телеграфии: «Я даже не вынес из этой работы чувства удовлетворения побежденных затруднений. Так что о всевозможных усилиях и заботах, вложенных мною в эти работы, я вспоминаю только с горечью. В значительной степени причиною этих неудач были различные обстоятельства, побороть которые мне не удалось и которые лишили меня плодов многолетних моих трудов».
Деятельность Комитета о подводных опытах
«У нас в России гораздо ранее, чем где бы то ни было, было обращено внимание на громадные вспомогательные средства, которые может доставить применение гальванизма и электромагнетизма в деле обороны крепостей и в телеграфном деле».
Сотрудничество Б. С. Якоби с правительством продолжалось: в условиях строжайшей секретности ученый совместно с группой опытных саперов приступил к работе над совершенствованием электроминной техники. Распоряжение разработать «гальванический снаряд для воспламенения мин» поступило напрямую от Николая I с таким комментарием: «А как все произведенные доныне по сему предмету действия и испытания по высочайшему повелению хранятся в тайне, то вменяю вам в обязанность прекратить производимые вами в присутствии посторонних лиц опыты сего рода, относящиеся к военному употреблению». Слова эти связаны с тем, что помещение в Петропавловской крепости, отведенное Якоби для его разработок, оказалось слишком мало и часть опытов ученый проводил в городской мастерской, которая была организована им ранее для опытов с электродвигателями. В 1840 году Борису Семёновичу сообщили, что «для помещения секретной мастерской гальванических проводников и команды при оной отведены казематы верхнего этажа левой половины Петропавловской куртины с приспособлением кухни в казематах аппарели бастиона Петра II».