В конце 1997 – начале 1998 года Немцов всецело погрузился в еще одно важное дело – похороны царя… Дело в том, что уже вскоре после прихода в правительство Борис Ефимович был по совместительству назначен председателем Государственной комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков императора Николая II и членов его семьи. Сам орган был образован в октябре 1993-го, а в 1995 году были закончены все многочисленные работы и экспертизы по идентификации останков. Тогда же стало окончательно ясно, что это действительно Николай II и его семья, точнее, все, что от них осталось. Тогда же Священный синод РПЦ поставил перед комиссией дополнительные десять вопросов. Предлагалось провести стоматологическую экспертизу, исследовать проблему со шрамом на голове императора Николая II от удара саблей во время его поездки в Японию, провести дополнительные антропологические исследования. Последующие работы снова подтвердили идентичность найденных останков царской семьи. Были развенчаны бытовавшие с 1918 года мифы о том, что якобы «голова царя была отрублена и хранилась в кабинете Ленина», что «останки царской семьи были сожжены дотла», а само убийство «носило ритуальный характер». Немцов возглавил комиссию на заключительном этапе ее работы. 30 января 1998 года она официально завершила работу и выдала заключение, что останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближенных людей.
Незадолго до этого, в начале года, первый вице-премьер решил лично встретиться со Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, дабы изложить ему результаты работы и получить одобрение церкви на захоронение. «Подготовка этой встречи была возложена на меня, – вспоминал Виктор Аксючиц, в 1997–1998 годах советник Бориса Немцова, курировавший работу правительственной комиссии. – 15 января 1998 года Борис Немцов – председатель правительственной комиссии, Владимир Соловьев – старший прокурор-криминалист Генеральной прокуратуры, руководитель следственной бригады по идентификации останков, Александр Шубин – советник первого вице-премьера и я встретились с патриархом Алексием в его резиденции в Чистом переулке. Аудиенция длилась около двух часов. Владимир Соловьев передал официальный ответ Генеральной прокуратуры на десять вопросов. Его Святейшество внимательно прочитал записку и с присущей ему основательностью начал задавать уточняющие вопросы. Отвечали в основном Борис Немцов и Владимир Соловьев. Затем Патриарх отодвинул папку с материалами в сторону, положил на нее руку и сказал: „Вы меня убедили. Этот вопрос можно считать решенным. Обсудим место и время захоронения“. Алексий предложил совершить захоронение царской семьи в первую или последнюю неделю Великого поста. Однако Немцов возразил ему, что многие СМИ, которые и так постоянно критиковали комиссию, могут обвинить ее в спешке, что послужит поводом для очередных „версий и разоблачений“». В связи с чем Борис Ефимович предложил назначить захоронение на 17 июля, когда исполнится 80 лет со дня расстрела царской семьи. К тому же это будет выглядеть символично, вроде как новая власть раскаивается за преступления предыдущей и завершает исторический цикл переосмысления истории. В итоге, после длительного обсуждения, предложение Немцова было утверждено. По некоторым данным, именно ему принадлежала идея похоронить царя в родовой усыпальнице Петропавловского собора в Санкт-Петербурге, хотя были предложения сделать это в Москве и Екатеринбурге. Кстати, 26 февраля Священный синод высказался в пользу безотлагательного погребения останков императора Николая II и членов его семьи в «символической могиле-памятнике». Однако уже на следующий день было принято постановление правительства о захоронении в Петропавловском соборе 17 июля 1998 года – в день 80-летия расстрела царской семьи.
Работа в комиссии и сами царские останки, видимо, произвели на Немцова глубокое впечатление. Будучи меланхоликом по темпераменту, человеком впечатлительным, обладавшим высочайшей чувствительностью, он, вероятно, от начала и до конца внутренне пережил всю драму царской семьи и ее главы. А заодно и трагедию всей монархии Романовых и ее печальный исход. Возможно, даже представил себя или Ельцина на месте расстрелянных. Сначала тебя обожают, боготворят, а потом вот так вот возьмут и пристрелят в заброшенном подвале, как собаку… Этим мыслям способствовало и недавнее загадочное убийство друга Чубайса, вице-губернатора Санкт-Петербурга Михаила Маневича. Молодой 36-летний политик, член команды Анатолия Собчака, был застрелен в своей служебной машине прямо посреди Питера утром 12 августа 1997 года. В то время поговаривали, что это своеобразная «черная метка» правительству и реформаторам. Одним словом, поводов для мрачных мыслей при осмотре царских костей было предостаточно.