Было решено построить для химических и физических лабораторий большое здание, создать естественно-исторический институт, который ни в чем не уступал бы знаменитейшим институтам Германии и Франции. Это требовало крупных затрат. Но для Дубовицкого не было ничего невозможного при его энергии и связях.
Все эти события должны были отразиться и на судьбе Бородина. Наступило время, когда Зинин мог, наконец, официально сделать его своим ближайшим помощником, своей правой рукой. Ученик был вознагражден за верность учителю.
Ведь и в те дни, когда служба в госпитале считалась главным делом Бородина, он пользовался каждой свободной минутой, чтобы поработать в химической лаборатории.
Тема, которую он избрал для своей докторской диссертации, была больше химической, чем медицинской: аналогия между мышьяковой и фосфорной кислотами в их химических свойствах и в их действии на организм.
На первый взгляд это была узкая, специальная тема. На самом же деле речь тут шла о больших и важных проблемах, которые не могли не волновать химиков в те времена восстания против старых взглядов.
В первой же своей работе Бородин смело выступил против Берцелиуса и заявил, что считает единственно правильным учении Жерара и Лорана. Так молодой ученый, только недавно овладевший оружием
науки, сразу же бросился в бой за новое, против того, что мешало движению вперед.
Впоследствии Бородин с улыбкой вспоминал о молодой запальчивости, с которой он защищал когда-то учение Жерара в спорах с противниками и скептиками.
В бумагах Бородина сохранился набросок речи, которую он произнес в 1880 году на юбилее вице-президента академии профессора И. Г. Глебова. В этой речи, как всегда остроумной и блестящей, Бородин предложил тост за Глебова, как за своего ученика. Должно быть, это немало озадачило собравшихся.
Ведь почтенный юбиляр годился Бородину скорее в учителя, чем в ученики, да и был к тому же физиологом, а не химиком. Чтобы объяснить свой тост, Бородин рассказал, как лет двадцать с лишком тому назад Глебов спросил его однажды, что такое учение Жерара.
«Я в то время только что, так сказать, вылупился из яйца; только что покинул студенческую скамью и состоял ассистентом… И вот в маленьком кабинете Ивана Тимофеевича, на Выборгской стороне, мы просиживали, бывало, целые вечера, иногда до двух часов ночи в беседах с высокоуважаемым юбиляром, и я посвящал его во все тайны нового учения. Ученик мой интересовался каждой подробностью, вникал даже в самые мелочные обстоятельства и в скором времени усвоил себе сущность учения. Когда миссия моя в этом отношении была окончена, ученик мой поблагодарил меня, но тут же начал мне высказывать свои возражения против теории Жерара… Я немало изумился, скажу прямо, такой дерзости моего ученика и, как горячий поклонник идей Жерара, немало возмутился скептическим отношением к новому учению. Приписывая это непониманию и незнанию моего ученика, я пустился в объяснения. Завязался горячий спор… На моей стороне был запас фактического знания и страстное увлечение идеями Жерара. На стороне моего противника — сила логики и привычная строгость критических приемов. Спор, разумеется, кончился ничем; каждый остался при своем мнении…
Пользуюсь настоящим случаем, чтобы заявить запоздалое сожаление о том, что я когда-то так горячо оспаривал почтенного юбиляра, и — поднять бокал за того маститого ученика, который был тогда дальновиднее своего юного учителя».
В 1880 году, когда Бородин произносил этот тост, он уже знал, что в учении Жерара есть свои слабые стороны. Но в главном он оставался верен духу унитарного учения. Он писал как-то Стасову:
«Я терпеть не могу дуализма — ни в виде дуалистической теории в химии, ни в биологических учениях, ни в философии и психологии, ни в Австрийской Импери». В диссертации молодого Бородина критика дуализма звучала еще свежо и смело.
Но была в этой диссертации и другая особенность, которая отличала ее от всех прочих.
Вопреки всем традициям, освященным веками, написана она была не на мертвом языке ученой касты, не по-латыни, а по-русски. Это был первый такой случай в академии. И это лишний раз говорило о том, что в русской науке совершаются какие-то большие сдвиги, какой-то поворот от старых, застывших форм к новой жизни.
Весна 1858 года была в жизни Бородина особенной. Защита диссертации прошла блестяще. Он получил звание доктора медицины и с этого же дня перестал заниматься медициной: продолжая числиться ординатором госпиталя, он вел работу ассистента при кафедре химии.
Врач только по имени, он со всей страстью взялся за химию.