Затем Запорожской Сечи пришлось отдать все силы участию в труднейшей освободительной войне 1648—1654 гг., что привело к полному прекращению морских походов сечевиков. Таким образом, Войско Запорожское было вынуждено выйти из Босфорской войны и больше уже в ней не участвовало, даже и по завершении войны с Польшей. Как отмечает Ю.А. Мыцык, тяжелые войны, протекавшие на территории Украины во второй половине XVII в., и распри между различными группировками казацкой старшины значительно ограничили возможности совершения крупных военно-морских походов украинского казачества. После 1654 г. запорожские действия на море осуществлялись гораздо реже, чем до начала освободительной войны, и не имели своей целью нападения на Босфор.
Отдельные запорожцы и их группы, конечно, продолжали принимать участие в Босфорской войне, но уже исключительно в составе донских флотилий, выходивших в море из Черкасска. К донцам не просто перешла руководящая роль в войне — Войску Донскому пришлось продолжать ее одному, без своего сильного союзника, Войска Запорожского, которое, надо заметить, вообще оставалось союзником и не участвуя в набегах к Босфору. С учетом предшествующей роли, которую играло в Босфорской войне Запорожье — ее зачинатель, первоначальный организатор и гораздо более многочисленный участник, становятся понятными последствия такого развития событий для хода войны в целом, для мощи, разрушительности и регулярности ударов по Босфору.
Тем более что в 1640-х гг. Войско Донское оказалось в критическом положении. Великая Азовская эпопея привела к гибели подавляющей части донского флота, а также к уничтожению леса, приготовленного для строительства судов (Мустафа Найма замечал, что при осаде Азова турки это «заготовленное… дерево и предместья, которые были такими же деревянными, совсем сожгли… иначе казаки, сделав двести либо триста чаек… пришли бы на море и ограбили прибрежные края»).
Но самое трагическое для донцов заключалось в безвозвратной потере огромного числа товарищей. При взятии Азова в 1637 г. погибли 1,1 тыс. казаков из 5,5 тыс. участвовавших в штурме, т.е. пятая часть. В осадном сидении 1641 г., согласно сведениям Войска Донского, из 5367 казаков было полностью потеряно 3 тыс., или 56% оборонявшихся; остальные оказались «все переранены», «увечные», неспособные к «промыслам и бою». Если считают, что в 1638 г. донцов-воинов насчитывалось около 10 тыс., а после 1641 г. 4 тыс., то, следовательно, за время Азовской эпопеи Войско Донское утратило 60% своего боевого состава. Главнейшее участие в этой эпопее принимали низовые казаки, составлявшие основу донского флота, и их потери оказались, соответственно, очень большими, что затем не могло не сказаться на военно-морских действиях казачества
[592].Приток беглых людей на Дон не мог немедленно исправить положение, так как, во-первых, он стал многочисленным только с конца 1650-х гг., а во-вторых, это была вовсе не адекватная замена. Пришлые не имели никакого морского опыта, и теперь, с сокращением выходов казачьего флота за пределы Азовского моря, приобрести новые навыки стало для новоявленных казаков затруднительно.
Воспользовавшись резким ослаблением Войска, Турция попыталась выбить казаков с Нижнего Дона, служившего исходным пунктом морских набегов. В 1643 г. «Главное войско», «сбитое с куреней» на Монастырском острове, было вынуждено отступить в Раздоры, и при этом, как отмечает П.П. Сахаров, «пал цвет старожилого казачества». В 1644 г. казакам удалось вернуться на Нижний Дон, восстановив «Главное войско» в Черкасске, но все это делалось на пределе сил, которые далее продолжали заметно истощаться в боях второй половины 1640-х гг.
Ослабевшее Войско Донское оказалось вынужденным обращаться за непосредственной военной помощью к Московскому государству, которое в 1646 и 1648 гг. впервые посылало на Дон свои воинские подразделения. С этого времени началось «все прогрессирующее подчинение» Войска царскому правительству. А оно, видя своего главного противника на западе в лице Польши, как и в предшествовавшие десятилетия, не желало осложнений на юге и потому пыталось мешать осуществлению казачьих морских походов, тем более к Стамбулу.
Донцов подстерегала еще одна беда «естественного» свойства. Казачьи морские суда имели в своем основании так называемую струговую трубу — цельнодеревое днище в виде выдолбленного ствола дерева, и уже к трубе с боков прибивались ошивины. От размера трубы зависели длина судна и другие главные размерения. Для черноморских походов требовались большие струги и, соответственно, огромные, редко встречавшиеся, вековые деревья, которых к середине XVII в. на землях собственно Дона уже не находили. В поисках подходящих деревьев казакам приходилось ездить на Северский Донец и покупать трубы у русских торговых людей.