Но это было наказание виновных в среде политических руководителей страны. А ведь были виновны и руководители РККА! Поэтому, во-вторых, были наказаны военные, бездумно с высоких трибун пугавшие сопредельные державы вторжением и войной. И главным среди них был, безусловно, начальник Штаба РККА товарищ Тухачевский.
3 мая 1928 года К. Ворошилов подписал приказ о смещении М. Тухачевского с должности начальника Штаба РККА и назначении его на должность командующего Ленинградским военным округом. Приказ вступал в силу с 5 мая 1928 года.
Одновременно с отставкой М. Тухачевского и вслед за ней был проведен ряд кадровых перестановок и отставок, с ней связанных. Из шестнадцати «выведенных во второй эшелон» высших командиров РККА четырнадцать являлись старыми соратниками М. Тухачевского, в том числе ветеранами 27-й стрелковой дивизии (К. Нейман, Р. Сокк, Н. Уваров), а некоторые входили в круг его друзей и близких приятелей (А. Кук, С. Пугачев, Ф. Кауфельдт).
Чистке подверглось руководство и ответственные сотрудники Штаба РККА (М. Тухачевский, С. Пугачев, С. Будкевич, С. Петренко-Лунев), ГУ РККА (Я. Алкснис, М. Вольпе), командование «фронтовых» военных округов: Ленинградского (А. Корк, А. Кук, Ф. Кауфельдт) и Белорусского (М. Германович, Е. Сергеев), а также командиры соединений Украинского военного округа (К. Нейман, Р. Сокк). Пятеро высших чинов РККА фактически были отправлены во временную «отставку» (С. Пугачев, Е. Сергеев, Н. Петин, А. Корк, С. Будкевич). Еще пятеро были переведены с командной на преподавательскую работу (Я. Алкснис, М. Вольпе, К. Нейман, Н. Уваров, И. Широкий), что всегда расценивалось как явное понижение в должности и «опалу». Все отправленные в Военную академию РККА в качестве преподавателей были молодыми и перспективными строевыми командирами, совершенно не подготовленными для преподавания в академии. Два боевых командира (Р. Сокк и И. Ландин) были уволены из РККА.
М. Тухачевский как начальник Штаба РККА и его заместитель С. Пугачев фактически были признаны ответственными за «стратегическую доктрину», обусловившую внешний военно-политический курс, оказавшийся несостоятельным перед лицом войны и расходившимся с правительственным внешнеполитическим курсом.