В 1565–1600 гг. флот мальтийских рыцарей постоянно участвовал в совместных действиях и всех морских сражениях европейских христианских государств, Испании, Генуи, Рима, Венеции, Неаполя и Пармы, против османской Турции. Морская академия Мальтийского Ордена считалась лучшей в мире. Сыновья многих европейских правителей проходили там курс обучения.
Европейские монархи охотно брали себе на службу мальтийских капитанов и адмиралов. Мальтийский Орден участвовал в военных действиях испанцев в Северной Африке против Алжира, борясь с флотами Туниса и Алжира. Во время неудачной осады Алжира императором Карлом V именно рыцарю-иоанниту удалось пробиться к самим воротам Алжира и вонзить в них свой кинжал. Город, правда, взять не удалось.
Как правило, морские силы мальтийцев одерживали победы над превосходящими силами противника, находясь в меньшинстве и воюя не числом, а умением. Так, например, однажды рыцарь-иоаннит фра Адриан Ланго, командуя всего одним кораблем под названием «Святая Екатерина», атаковал 7 алжирских кораблей, обратил их в бегство и захватил один из них, называвшийся «Полумесяц», о сорока пушках с 400 человек экипажа, сам потеряв в сражении только 7 человек.
Один из главных маршрутов патрулирования мальтийских галер, Неаполь — Мессина — Ла Валетта — обеспечивал снабжение острова Мальта и постоянную связь Ордена с европейским материком. Воинская доблесть рыцарей-госпитальеров настолько вошла в поговорку, что даже запорожские казаки, также сражавшиеся с турками на суше и на море, хотя и будучи не католиками, а православными, по воспоминаниям современников, любили именовать себя «мальтийскими кавалерами» и носили на шее мальтийские кресты с «ласточкиными хвостами» на концах.
23 сентября 1571 г. дон Хуан Австрийский отплыл к Коринфскому заливу на поиск турецкого флота.
7 октября 1571 г. у мыса Скрофа при входе в Патрасский залив Ионического моря, там же, где 2 сентября 31 г. до Р. X. зять Октавиана Августа, Марк Випсаний Агриппа, возглавлявший флот Запада, нанес поражение флоту Востока, которым предводительствовали Марк Антоний и Клеопатра, по иронии судьбы, снова произошел морской бой между объединенными флотами Запада и Востока, вошедший в историю под названием битвы при Лепанто (Лепанто, современный греческий город Навпактос, находится близ входа в залив Патраикос, в 60 км от мыса Скрофа), имевший огромное значение, с одной стороны, в отражении османской агрессии, а с другой — в развитии военно-морской тактики. Здесь снова испытали судьбу на поле брани Европа и Азия, Запад и Восток, Крест и полумесяц, две веры, два мира, и снова Запад одолел Восток!
Прибыв на о. Корфу, дон Хуан Австрийский получил сведения о том, что турецкий флот ушел в Лепанто. Поэтому он принял решение блокировать противника в Патрасском заливе, куда и повел свои силы. В распоряжении дона Хуана находились 108 венецианских галер, 81 испанская галера, 3 галеры рыцарей Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, 32 галеры папского престола и других небольших государств Италии, а также 6 огромных венецианских боевых кораблей, именовавшихся галеасами.
Тогдашние военные корабли обладали сильным артиллерийским вооружением, причем артиллерия главного калибра была предназначена главным образом не для потопления судов противника, а для разрушения такелажа — мачт, рей и парусного вооружения вражеских кораблей, с целью лишить последние маневренности и дать возможность собственным кораблям сблизиться со вражескими и взять их на абордаж. Имевшиеся на борту в изобилии артиллерийские орудия более мелкого калибра были также предназначены не для разрушения вражеских кораблей, а для поражения живой силы противника, т. е. неприятельских экипажей. Стрельба из орудий мелкого калибра, по сути, только предваряла неизбежный со времен античности абордажный бой, в ходе которого в бесчисленных рукопашных поединках между командами отдельных «сцепившихся» друг с другом кораблей, матросами и солдатами решалась судьба всего морского сражения.
Начиная с X в. в качестве основного боевого средства в Средиземноморье использовались, как известно, галеры. Это были узкие, длинные, резко сужающиеся к острому килю гребные суда с расположенными по каждому борту в один ряд 25 парами весел.
Гребцы — военнопленные, рабы или каторжники, сидели группами по 3–5 человек, прикованные цепями, на многоступенчатых скамьях, и совместными усилиями ворочали 15-метровыми веслами. В такт, задававшийся барабанщиком, гребцы приподнимались со своих скамей, двигали вперед рукоять весла и на вытянутых руках равномерно проталкивали лопасть весла сквозь толщу воды, одновременно садясь обратно на скамью. Между обоими рядами гребцов проходили своего рода мостки, по которым расхаживали надсмотрщики с бичами, подгонявшие нерадивых гребцов.