По мере возрастания мусульманской военной угрозы для христианской державы, братство странноприимцев было реструктурировано в рыцарский (военный) Орден. Правда, самое раннее упоминание о существовании в Ордене «вооруженных братьев» (Fratres armorum) содержится лишь в Статутах (Уставе) магистра Роже де Мулэна (кстати, фигурирующего в некоторых летописях под именем «брат Рюдигер фон ден Мюлен») 1182 г. Следовательно, процесс милитаризации Ордена окончательно завершился примерно к 1180 г. Проходил он не без внутренних распрей и столкновений. Так, например, магистр Жильбер Ассайи (1163-1170 гг.) в ходе этих внутриорденских конфликтов дважды слагал с себя обязанности предстоятеля Ордена. Лишь по завершении этого многотрудного процесса Госпиталь Святого Иоанна, вне всякого сомнения, превратился в духовно-рыцарский Орден, владевший в пору своего расцвета более чем 50 замками в Палестине и Леванте.
Благодаря своей пользовавшейся всеобщим уважением деятельности, своим заслугам и привилегиям Орден приобретал все больше благодетелей и дарителей (донатов) среди мирян, оказывавших ему помощь и поддержку и желавших приобщиться к орденской братии. Раймунд дю Пюи, вскоре после своего избрания магистром Ордена иоаннитов, около 1170 г. указал на такое духовное благодеяние, как приобщение к молитвенному братству. В своем послании всем епископам и прелатам он, в качестве преемника «господина Герарда, служителя убогих во Христе», обратился к ним с просьбой не уставать давать пожертвования и передавать их его посланцам, дабы «стать им соучастниками в благодеяниях и молитвах, совершаемых в Иерусалиме». В заключение послания магистр странноприимцев писал: «Тот же, кто вступил в наше братство или же вступит в него, может быть так же твердо уверен в милости Божией, как если бы он сами сражался в Иерусалиме. Ему уготован венец праведника».