Ордену иоаннитов повезло чуть больше, чем Тевтонскому. Однако и его судьба висела буквально на волоске. Насколько серьезно высшие нацистские чины рассматривали вопрос окончательного упразднения Ордена иоаннитов, явствует из ряда документов, переданных в 1963 году из Государственного архива США в германский Федеральный Архив в Кобленце. Так, Мартин Борман, шеф партийной канцелярии нацистов, писал начальнику Службы безопасности (СД) группенфюреру СС Рейнгарду Гейдриху: «В качестве приложения высылаю Вам для ознакомления фотокопию бюллетеня № 4 Ордена иоаннитов за этот год. Очень жаль, что нам до сих пор не удалось упразднить этот Орден. Полагаю, что отношение у всех иоаннитов к бывшему императору такое же, как и у их «герренмейстера»; между тем, сейчас идет война, и большое число иоаннитов находится в рядах вермахта».
Письмо Бормана Гейдриху было написано в Штаб-квартире фюрера 7 июля 1941 года и касалось некролога, посвященного герренмейстером иоаннитов, принцем Оскаром Прусским, памяти своего почившего в Бозе 4 июня 1941 года Августейшего отца – последнего германского кайзера Вильгельма II Гогенцоллерна, являвшегося Протектором Ордена иоаннитов на протяжении многих лет. Это письмо положило начало обсуждению вопроса упразднения Ордена иоаннитов партийной канцелярией НСДАП, рейхсфюрером СС, начальниками полиции безопасности и СД, и, наконец, Главного Имперского Управления Безопасности (РСХА), продолжавшемуся до ноября 1944 года. Поводом к требованию запретить Орден иоаннитов постоянно служила верность Орденского правительства памяти последнего германского Императора. Сдерживающим фактором, не позволявшим нацистам осуществить свое намерение, служили, несомненно, существовавшие у гитлеровцев опасения обострить донельзя отношения с представителями традиционно входивших в Орден иоаннитов древних аристократических родов, позиция которых в отношении гитлеровского режима и без того проявилась достаточно ясно в ходе события вокруг неудачного покушения на Гитлера 20 июля 1944 года, что могло бы дополнительно осложнить положение на фронтах Второй мировой войны. Но в случае успешного для Гитлера исхода войны он непременно истребил бы не только сам Орден иоаннитов, но и самую память о нем.
В качестве дополнительного подтверждения изначальной, глубинной враждебности национал-социалистов Ордену Святого Иоанна Иерусалимского Госпиталя может послужить и следующая выдержка из письма РСХА в «Персональный Штаб Рейхсфюрера СС» (Генриха Гиммлера – В.А.) от 24 ноября 1944 года: «…Совершенно очевидно, что Орден иоаннитов стремился добиться подтверждения своих старинных, дарованных ему королевскими привилегиями прав в Вартегау (имеется в виду часть оккупированной гитлеровской Германией территории Польши, не вошедшая в так называемое «Генерал-губернаторство Варшавское» и присоединенная Гитлером непосредственно к «Третьему рейху» – как земли, входившие до 1918 года в состав Германской Империи («Второго рейха» Гогенцоллернов – В.А.). Партийная канцелярия придерживается мнения, что старинные королевские привилегии (дарованные в свое время Ордену иоаннитов – В.А.) утратили свою силу не позднее 1939 года. По договоренности с Партийной канцелярией, мы считаем, что приобретение (Орденом иоаннитов – В.А.) статуса юридического лица (на территории Вартегау – В.А.) на основании внесения его в реестр юридически зарегистрированных организаций было бы нежелательным, ибо в случае регистрации Орден иоаннитов обрел бы новую, четкую организационную форму…Партийная канцелярия предложила на время отложить рассмотрение данного вопроса и принять окончательное решение по нему после окончания войны».[35]
Дальнейший ход Второй мировой войны привел десятки членов Ордена иоаннитов в стан заговорщиков против Гитлера. Большинство из них пало жертвой нацистской карательной машины.
После смерти принца Оскара I Прусского герренмейстером Ордена иоаннитов стал его сын Принц Вильгельм-Карл Прусский. В сентябре 1999 года в Ордене иоаннитов было восстановлено звание Протектора. Бывший герренмейстер – принц Вильгельм-Карл Прусский – стал протектором Ордена. Новым герренмейстером иоаннитов с сентября 1999 года является его сын, принц Оскар II Прусский. Его полный титул звучит так: «Герренмейстер Бранденбургского Бальяжа Рыцарского Ордена Госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского госпиталя».
Любопытно в этой сравнить поведение иоаннитов в Германии по отношению к нацистам с поведением рыцарей Великого Приорства Австрийского католического Суверенного Мальтийского Ордена.
После «аншлюса» (присоединения Австрии к «Третьему рейху») в 1938 году Великий Приор Суверенного Мальтийского Ордена в Австрии, Карл Эдлер фон Людвигсдорф, разослал всем австрийским рыцарям Мальтийского Ордена «не вполне арийского происхождения» циркулярное письмо с настоятельной просьбой, не дожидаясь исключения, выйти из Ордена добровольно.