Самое интересное, что об организации знали в полиции, но относились к этому как к пустой болтовне молодежи. И вот жаренный петух клюнул и произошли массовые аресты, в Москве были посажены в камеру девяносто восемь человек, в Петербурге сто тридцать девять. Под следствием в Москве умерло двое, в Петербурге девять. Ишутина взяли под стражу девятого апреля. Вначале Каракозова хотели объявить сумасшедшим, ведь не может же русский человек, в здравом уме стрелять в Государя. Но царь отклонил это предложение. И тогда среди арестованных на месте покушения нашелся двадцати пятилетний подмастерье шапочных дел мастера Осип Иванович Комисаров родом из Костромской губернии села Молвитино, Буйского уезда, родины народного героя Сусанина. Который показал, что де спас Императора. Вот что он показал: «Сам не знаю, но сердце мое как-то особенно забилось, когда я увидел этого человека, который постепенно пробивался сквозь толпу; я невольно следил за ним, но потом, однако забыл его, когда подошел государь. Вдруг вижу, что он вынул и целит пистолет: мигом представилось мне, что, коли брошусь на него или толкну его руку в сторону, он убьет кого-либо другого или меня, и я невольно и с силой толкнул его руку кверху; затем ничего не помню, меня как самого отуманило, и, очнувшись, я вижу только, что меня целует какой-то генерал; повезли меня во дворец, но я был как бы в забытьи, и язык у меня вовсе отнялся; только часа через полтора я как-то опомнился и мог говорить».
Весть о спасении царя простым мужиком разлетелась по Петербургу в мгновении ока. Восторгу публики не было границ все повторяли только две фамилии Каракозов и Комиссаров. Во всех церквях города звучали торжественные молебны о здравии государя. На приеме в Зимнем дворце Александр II прикрепил ему на грудь Владимирский крест, а императрица собственноручно вдела его жене в уши золотые сережки. Так же он был возведен в потомственное дворянство и объявили ему о новой фамилии Комиссаров-Костромской, а еще было пожаловано ему пятьдесят тысяч рублей. 8 мая этого же года Московская городская дума наградила Комиссарова высшим для города званием – «Почетный гражданин Москвы». В последствии он поселился в Полтавской губернии, пожалованной ему Государем, там он и умер от алкоголизма в 1892 году.
Заседание верховного суда началось десятого августа под предводительством князя Петра Гагарина в Петропавловской крепости, где судили декабристов и петрашевцев.
Коракозов, совсем надломленный следствием и судом дал все требовавшие от него показания. Сидя в Алексеевском равелине, он уже знал, что ему предстоит смерть (смертный приговор был оглашен 31 августа), и он написал прошение царю: «Прошу Вас прощения как христианин у христианина и как человек у человека». Александр II ему ответил: «Я прощаю вас как христианин христианина, но как Государь простить не могу».
По этому делу были обвинены еще тридцать пять человек.
3 сентября в семь часов светлого солнечного утра Каракозова привезли на позорной колеснице сидящего спиной к лошадям на Смоленское поле на Васильевском острове к установленного заранее эшафоту. Казалось, он не умел ходить или был в столбняке. Его лицо было синее и мертвенное. Исполненное ужаса и немого отчаянья. Его медленно отковали. Он поклонился по-русски на все четыре стороны всему народу.
И нас прости, Христа ради, – прокричал кто-то глухо, едва слышно.
Матушка, царица небесная, – протянула нараспев какая-то дородная баба.
Конечно, Бог будет судить, – донеслось из народа.
О-о-х! Батюшки! – провыла снова баба.
Толпа стала глухо гудеть и послышались даже какие-то выкрики кликуш, затем палачи взяли его под руки на эшафот, к позорному столбу. Многотысячная толпа затихла, ожидая казни. И вот. Когда Господин секретарь Верховного суда зачитал смертный приговор, забили барабаны, гвардейцы сделала «на караул», все сняли шапки. Потом на эшафот зашел протоирей Палисадов в облачении и с крестом в руках, он приблизился к осажденному, сказал ему последнее напутственное слово, дал поцеловать крест и после чего удалился. Палачи надели на него саван, который закрыл совсем его голову. Затем его подвели к виселице, поставили на скамейку, надели веревку, и палач выбил у него из-под ног скамейку. Каракозов, качаясь на веревке, его голова, перетянутая у шеи, казалась кукольной фигуркой. Скоро он начал конвульсивно сгибать ноги. Двадцать минут Каракозов висел, потом палачи спокойно положили его в гроб, стоявший подле виселицы. В пустынном и угрюмом месте – на острове Голодае – тайно похоронили его труп. Здесь же сорок лет назад предали земле тела пяти декабристов.
Ишутину вначале приговоренного так же к смерти, надели балахон, объявили о помиловании и заключили в Шлиссельбургскую тюрьму, где он умер в 1879 году в состоянии мрачного помешательства.