Он занял эту должность в 1767 г. после смерти митрополита Тимофея, почитаемого москвичами. Нового архиерея невзлюбили сразу, потому что он принялся менять порядки и, как бы мы сейчас это назвали, бороться с коррупцией и взяточничеством. Амвросий был человеком энергичным, жестким, любившим соблюдать букву закона. Он решил, что в московской епархии все должно быть так, как предписано установлениями. В то время белое духовенство, то есть самые низшие церковные чины, были бедны и жили тяжело, поэтому они искали средства к существованию в обход церковных уставов, часто торгуя реликвиями и вымогая деньги у прихожан под видом богоугодных дел. Новый архиерей очень круто взялся за дело: священникам запрещалось жениться, если был не закончен богословский курс и не сдан экзамен, запрещалось меняться домами и переходить из одной церкви в другую; более того, он попросил Синод вернуть к жизни указ Петра Великого, в котором говорилось, что духовенство должно жить в церковных домах и не иметь никакой личной собственности. Тех, кто осмелились нарушить указ, заковывали в кандалы и лишали жалованья. Естественно, что такие меры не способствовали личной популярности архиерея. События, приведшие к его убийству, начались еще с самого начала эпидемии чумы.