После того как в Москве была осознана серьезность литовского подполья, в аппарате наркомата внутренних дел образовали главное управление по борьбе с бандитизмом, а в Прибалтийском военном округе – штаб оперативного руководства войсковыми операциями. С Северного Кавказа в Литву перебросили 4-ю стрелковую дивизию НКВД. Самые крупные отряды были разгромлены. Тотальные зачистки дали результат, «лесные братья» растворились в лесах и перешли к чисто партизанской, диверсионной тактике – взрывали мосты и железные дороги и, главное, уничтожали тех, кто служил советской власти. Ответом стали облавы и массовые аресты, были схвачены десятки тысяч литовцев.
24 мая 1945 года Суслов проводил заседание бюро ЦК по Литве с повесткой дня «Об активизации буржуазно-националистических банд и мерах усиления борьбы с ними». Он считал, что карательные органы недостаточно активны: «Врагу не была показана наша реальная сила». В решении бюро записали: «Органы НКВД и НКГБ должным образом не перестроили своей работы в соответствии с новой тактикой врага».
Суслов обратился к наркому внутренних дел Берии с просьбой направить в республику дополнительное количество оперативных сотрудников, перебросить свежие части НКВД, депортировать из каждого уезда Литвы «пятьдесят – шестьдесят семей главарей банд и наиболее злостных бандитов» и провести открытые процессы над пойманными «лесными братьями».
В Литву прислали девять полков НКВД для проведения чекистско-войсковой операции. Но наркоматы внутренних дел и госбезопасности спешили поделить ответственность за размах антисоветского партизанского движения с местным партаппаратом и жаловались, что «партийно-советские органы не ведут необходимой политической работы среди населения». Секретарь ЦК Георгий Маленков отправил в Литву инспекторов. Они доложили, что партийное руководство республики напрасно возлагает на чекистов вину за «активизацию буржуазно-националистических банд». На оргбюро ЦК в Москве республику критиковали за крупные недостатки.
Но Суслов стоял на своем, считая, что репрессии – главный инструмент борьбы с врагами советской власти. В 1945 году военный трибунал войск НКВД Литвы осудил по 58-й (политической) статье восемь с половиной тысяч человек, из них почти полтысячи приговорил к расстрелу. А Суслов считал, что трибунальцы либеральничают.
Возмущенный Михаил Андреевич обратился к Маленкову:
«Учитывая обостренную политическую обстановку в республике, эту карательную политику военного трибунала войск НКВД отнюдь нельзя считать жесткой. Скорее наоборот».
Непримиримость Суслова не осталась незамеченной. Весной 1946 года Сталин с подачи Маленкова перевел Суслова в Москву. Его ввели в состав оргбюро ЦК и утвердили заведующим отделом внешней политики. Название отдела не соответствовало его реальным задачам. В обязанности Михаила Андреевича входило надзирать за действиями иностранных компартий, через него поступали деньги коммунистам по всему миру.
Потом он возглавил в ЦК ключевой отдел пропаганды и агитации и работал под руководством члена политбюро Андрея Александровича Жданова, который в ту пору неофициально считался вторым человеком в партии. Суслов проявил себя образцовым аппаратчиком, не позволявшим себе никакой инициативы. Его любимая фраза тех лет: «Это нам не поручено».
В 1946 году Суслову поручили еще и курировать работу Еврейского антифашистского комитета, что его явно не обрадовало. Он почувствовал: комитет, созданный в войну для борьбы с нацизмом, не только больше не нужен, но и вызывает раздражение Сталина. И составил записку в ЦК со своими предложениями:
«Еврейский антифашистский комитет распустить, а функции по пропаганде за границей передать Совинформбюро. Газету „Единение“ как орган ЕАК, не оправдывающий своего назначения, закрыть».
Но это предложение в тот момент не было принято. Михаил Андреевич торопил события.
Суслов сделал карьеру на послевоенных идеологических кампаниях, которые были замешаны на антисемитизме. Он составлял записки о «засоренности» различных учреждений евреями, докладывал Сталину и Жданову о том, что во многих учреждениях культуры и науки «укоренились низкопоклонство и угодничество перед заграницей и иностранцами, потеряны бдительность и чувство советского патриотизма».
17 мая 1947 года Суслов представил Жданову записку о «засоренности» евреями аппарата Всесоюзного общества культурной связи с заграницей (ВОКС). Заодно он вскрыл «крупные политические ошибки» в работе ВОКС.
Михаил Андреевич доложил руководству страны о «возмутительном случае»: в ВОКСе отмечали столетие со дня рождения американского изобретателя Томаса Эдисона (почетного члена Академии наук СССР), и академик Михаил Викторович Кирпичев назвал Эдисона «тем идеалом, к которому все стараются стремиться», а американцев «замечательной нацией».