Что касается самого Мёльдерса, то по воспоминаниям хорошо его знавшего оберста Йоханнеса Янке, тот никогда открыто не высказывался против идей национал-социализма, против преследования евреев или против враждебных действий по отношению к церкви:
Двоюродный брат Мёльдерса Фритц фон Форелль, выпустивший уже в 1941 г. книгу «Мёльдерс и его люди», писал:
После Второй мировой войны имя Вернера Мёльдерса не было забыто в ФРГ. Вполне естественно, что Бундесвер в поиске образцов из немецкой военной истории обратился к нему.
13 апреля 1967 г. со стапелей фирмы «Бат Айрон Воркс» в г. Бат, в штате Мэн, США, был спущен на воду эсминец D186, построенный по заказу правительства ФРГ. На торжественной церемонии, предшествовавшей спуску, было объявлено, что ему присвоено наименование «Мёльдерс». Крестной матерью корабля стала мать легендарного летчика – Анна-Мария Мёльдерс, разбившая о его борт традиционную бутылку шампанского. 23 февраля 1969 г. эсминец начал боевую службу в составе 1-й флотилии эсминцев военно-морского флота ФРГ, базировавшейся в Киле.
Затем 9 ноября 1972 г. военная база, на которой размещался 34-й полк связи Бундесвера, получила наименование «Мёльдерс».
Потом чуть более года спустя – 22 ноября 1973 г., в 32-ю годовщину со дня гибели Мёльдерса, – его имя было присвоено истребительной эскадре JG74. Торжественная церемония прошла на авиабазе в Нойбург-ан-дер-Донау. Нарукавные ленты пилотам вручил инспектор (командующий) Бундеслюфтваффе, которым тогда был генерал-лейтенант Гюнтер Ралль – еще один известнейший немецкий ас Второй мировой войны. В результате Мёльдерс стал единственным человеком, чье имя одновременно носили боевой корабль и авиационная эскадра.