В политике, как и в науке, он мало уважал прошлое. Право, конституционные вольности, религия представлялись ему только средствами для достижения известных правительственных целей, и если этих целей можно было достичь более коротким путем, он считал простым педантизмом отстаивание более сложных средств. Бэкон хотел осуществить крупные политические идеи — реформу и кодификацию права, цивилизацию Ирландии, очищение церкви, затем объединение Шотландии и Англии, преобразования в области воспитания и материальной жизни и другое; по его мнению, скорее всего и проще можно было осуществить эти цели, воспользовавшись властью короны. Такое понимание королевской власти могло быть очень соблазнительным для преемника Елизаветы, но для нее представляло мало привлекательного, и до конца ее царствования все усилия Бэкона сделать карьеру у нее на службе оставались безуспешными.
«Что до моих имени и памяти, — сказал он в конце своей жизни, — я предоставляю их снисходительности людей, иноземным народам и ближайшему веку». Наряду с политической деятельностью и придворными интригами он находил еще время для продолжения философских исследований, начатых в ранней молодости. В 44 года, когда окончательно рухнули его надежды на Елизавету, он издал обзор «Успехов наук» и тем впервые выдвинул решительно новую философию, над которой работал в тиши. По его собственным словам, это произведение заканчивалось «общим и точным обозрением науки, с указанием того, какие части ее не затронуты, не исправлены и не изменены деятельностью человека, для того, чтобы такой план, оставаясь в памяти, мог давать сведения для общественных целей и возбуждать личные усилия». По его мнению, только такой обзор мог отвратить людей от бесполезных занятий или недейственных средств для достижения полезных целей и направить их к настоящей цели знания как «богатой сокровищницы для прославления Создателя и облегчения положения людей».
Трактат служил предисловием к ряду работ, которые должны были составить «Великое обновление» («Instauratio Magna»), но автору не суждено было его закончить, и подготовленные его части были изданы при Якове I. Первым очерком «Нового органона» «Novum organum», в полном виде представленного Якову I в 1621 году, служили «Cogitata et visa» («Мысли и наблюдения»). Через год Бэкон представил свою «Естественную и опытную историю». Этот трактат, вместе с «Новым органоном» и «Успехами наук», составляет все, что из задуманного «Великого обновления» было действительно закончено, но даже и здесь мы имеем только часть двух последних разделов. Прочие части целого, «Лестницу разумения», которая должна была следовать за ними и от опыта вести к науке «Антиципации», или гипотезам, необходимым для исследования новой философии, и заключительный очерк «Приложения науки» он предоставил завершать потомству. «Мы надеемся, что положили недурное начало, — говорил Ф. Бэкон. — Будущее человеческого рода должно дополнить это и, быть может, таким образом, который нелегко будет понять людям, имеющим в виду только настоящее; от этого зависит не только отвлеченное благо, но и все судьбы человечества и все его могущество».
Обращаясь от подобных слов к тому, что действительно сделано Бэконом, трудно не испытать некоторого разочарования. Он не вполне понимал старую философию — предмет своих нападок. Его недовольство бесплодным расходованием человеческого ума, которое он объяснял усвоением ложного способа исследования, скрывало от него настоящее значение дедукции как орудия открытия, и это пренебрежение к ней усиливалось его невежеством в математике, а также отсутствием в его время двух великих дедуктивных наук — астрономии и физики. Не более точным было и его представление о методе новой науки. Индукция, исключительно на которую Бэкон обращал внимание людей, в его руках не дала результатов. «Искусство исследования природы», которым он так гордился, оказалось непригодным для научных целей и было отвергнуто новыми исследователями. Его едва ли можно считать оригинальным там, где он был на более верной дороге. «Можно сомневаться, — говорил Деголд Стьюарт, — заключается ли в его произведениях хотя бы одно важное замечание относительно верного способа исследования, намека на которое нельзя было бы найти в сочинениях его предшественников». Но Бэкон не только не предугадал методов новой науки, но и отвергал великие научные открытия своего времени. Он отнесся с пренебрежением и к астрономической теории Коперника, и к магнитным исследованиям Гилберта. Современные ученые, по-видимому, платили ему той же монетой. «Лорд-канцлер писал о науке, как лорд-канцлер», — заметил Гарви, открывший кровообращение.