Но настоящей причиной этого внешнего подчинения «Акту единообразия» было то, что фактически оно оставалось мертвой буквой. Не было возможности найти достаточного числа английских священников или ирландских, которые были бы знакомы с английским языком. Одной из самых образованных епархий была Мизская, но и там из ста священников едва ли десять знали какой-либо язык, кроме своего. Обещание перевести служебник на ирландский язык никогда не было исполнено, и заключительное постановление самого акта позволяло употребление латинского перевода впредь до дальнейшего приказа. Но, подобно другим постановлениям, и это не соблюдалось, и во все царствование Елизаветы дворянство «Палисада» спокойно посещало мессу. В сущности, религиозного преследования не было, и в множестве жалоб Шона О’Нейла мы не находим упоминания о религиозных притеснениях за веру.
Далеко не так смотрели на дело Рим и Испания, католические миссионеры и ирландские изгнанники. Они утверждали и, может быть, верили, что ирландский народ страдает от религиозного преследования и стремится от него избавиться. Когда в 1579 году папа Римский задумал самое крупное и широкое выступление против Елизаветы, он увидел в преданности ирландцев католицизму рычаг для низвержения еретической королевы. Стекли, ирландский изгнанник, давно внушал папе Римскому и Испании план высадки в Ирландии, и наконец его мысль была осуществлена высадкой небольшого отряда на берегах Керри. Несмотря на прибытие в следующем году 2 тысяч папских солдат в сопровождении легата, попытка закончилась жалкой неудачей. Новый наместник, лорд Грей, принудил к сдаче форт Смеруик, где укрепились пришельцы, и беспощадно истребил его гарнизон. После долгих колебаний на помощь им восстал граф Десмонд, но был разбит и подвергся преследованию в своей собственной области, которую доведенные до жестокости преследователи обратили в пустыню. Безжалостное наказание Менстера распространило в стране страх, принесший большую помощь Англии, когда борьба с католицизмом достигла высшей степени при отражении Армады. В тот памятный год вожди сохраняли спокойствие; они только избивали несчастных людей, потерпевших крушение у берегов Бентри и Сдиго.
С тех пор вся страна признавала власть правительства; но эта власть основывалась только на страхе. В годы, последовавшие за подчинением Менстера, насилие и вымогательство солдатчины, опьяненной грабежом и кровопролитием на юге, вызвали мятеж более грозный, чем те, с какими до того приходилось иметь дело Елизавете. Общая ненависть к притеснителям снова объединила племена Ольстера, разъединенные политикой Сидни, а в Хью О’Нейле они нашли вождя, даже искуснее Шона. Хью был воспитан при английском дворе и по манерам и обращению стал англичанином; за постоянную верность в годы прежних восстаний он был награжден пожалованием графства Тайрон, а в споре с соперником из своего клана он обеспечил себе помощь правительства, предложив ввести в свою новую область английские законы и разделение на графства. Но, едва он стал бесспорным хозяином севера, как постепенно его тон изменился. С заранее ли обдуманным намерением, или, подозревая в англичанах замыслы против себя, он занял наконец явно вызывающее положение. В то самое время как договор в Вервенсе и крушение второй Армады освободили Елизавету от войны с Испанией, восстание Хью О’Нейла нарушило спокойствие, господствовавшее со времени побед лорда Грея. Ирландский вопрос снова стал главной заботой королевы.
Сначала казалось, что прежнее счастье ей изменило. Поражение английских войск в Тайроне вызвало общее восстание кланов севера; а предпринятая в 1599 году настойчивая попытка подавить растущее восстание окончилась неудачей из-за тщеславия и непослушания, если не преступного соучастия, наместника королевы, молодого графа Эссекса. Его преемник, лорд Маунтджой, при своем прибытии нашел в своей власти только несколько миль вокруг Дублина; но за три года восстание было подавлено. Испанский отряд, высадившийся для его поддержки в Кинсейле, был вынужден сдаться. Овладев страной, англичане закрепили ее за собой линией крепостей. Энергия и беспощадность нового наместника сокрушили всякое открытое сопротивление, а голод, последовавший за опустошением страны, докончил разрушительное действие меча.