Девятого ноября 1685 г. парламент собрался на вторую сессию, и король изложил перед ним свои ближайшие цели. В резких выражениях он заявил, что от милиции нет никакого прока. Это утверждение не было лишено оснований: ее отряды дважды бежали от плохо вооруженных крестьян Монмута. Поэтому, делал вывод Яков, для сохранения в королевстве мира и порядка необходима сильная постоянная армия. Яков также дал ясно понять, что не уволит офицеров-католиков, проявивших себя при подавлении мятежа Монмута с самой лучшей стороны. Эти требования глубоко потрясли парламент, до того доброжелательно настроенный к королю. Постоянная армия была для парламента самым жутким кошмаром, а англиканская церковь — его самым ценным сокровищем. Депутатов охватили страх и растерянность; испытанию подверглись одновременно и повиновение королю, и преданность государственной церкви. Знать и сельские джентльмены еще не забыли о быстрой расправе с Монмутом и вовсе не желали идти в оппозицию монарху. Многие депутаты прониклись «кавалерским» духом. В церкви доминировала доктрина непротивления. И тори, и священники были готовы сквозь пальцы смотреть на нарушение «Тест-акта» и привлечение Яковом офицеров-католиков для подавления мятежа. Палата общин предложила выделить дополнительно 700 тысяч фунтов для укрепления королевских сил. Депутаты лишь попросили короля, выражая ему свою полную преданность, подтвердить, что он не будет пользоваться своими исключительными правами в ущерб актам парламента, и успокоить страну заявлением о том, что протестантской вере ничто не угрожает. Но король дал такой ответ, который не мог их удовлетворить.
В палате лордов несколько видных лиц выступили в защиту неукоснительного соблюдения закона: граф Девоншир, твердый виг; Галифакс, бывший министр; Бридж-уотер и Ноттингем, члены Тайного совета, и Генрих Комптон, епископ Лондонский. Был назначен день для дальнейшего обсуждения требований Якова; судей пригласили высказать мнение о законности действий короля; Яков еще не успел поставить везде своих сторонников. Он ясно видел, что заявление судей и палаты лордов станет огромным препятствием на его пути к восстановлению позиций католиков. Исходя из этого, Яков 20 ноября 1685 г. повторил маневр своего брата, предпринятый в 1681 г., и объявил о перерыве в работе парламента. При нем этот орган уже не собирался.
Освободившись от оппозиции со стороны парламента, Яков на протяжении 1686 г. предпринимал шаги по облегчению положения своих единоверцев. Во-первых, он стремился обойти «Тест-акт» и открыть католикам дорогу в армию. Первоначально судьи, мнение которых он спрашивал по этому поводу, высказывались против раздачи военных должностей католикам, но после нескольких смещений и назначений ему удалось добиться нужного решения. Решающим было постановление суда по делу «Хейлс против Годдена». Хейлс, католик, был назначен губернатором Портсмута. Его кучер, Годден, заявил о грубом нарушении «Тест-акта», потребовав выплатить ему 500 фунтов вознаграждения, как и полагалось по закону всякому, сообщившему властям о подобных случаях. В результате Хейлс оказался на скамье подсудимых. В свою защиту он выдвинул тот аргумент, что губернатором его назначил король. Суд согласился с ним. Опираясь на этот судебный прецедент, Яков стал действовать дальше: ввел в Тайный совет несколько пэров-католиков, затем учредил Церковную комиссию, очень напоминавшую суд Высокой комиссии, уничтоженный Долгим парламентом. Главной задачей комиссии было не допускать выступлений англиканского духовенства против католицизма. Епископ Комптон, еще раньше исключенный из Тайного совета, теперь лишился и Лондонского епископства.
Действия Якова встревожили всю страну. Для восстановления католической религии он пользовался абсолютистскими методами, которые ужасали его подданных больше, чем сам абсолютизм. Юристы уже указывали на то, что назревает конфликт между исключительными королевскими прерогативами и правами короля, установленными законом. Более того, они теперь утверждали, что король должен подчиняться не просто какому-то абстрактному закону, но закону писаному, то есть принятому парламентом. Все юристы палаты общин придерживались этой точки зрения.