Двадцать третьего августа 1572 г., накануне дня св. Варфоломея, в столице Франции внезапно произошло массовое избиение гугенотов, инспирированное происпански настроенной партией де Гизов. В результате ярые католики де Гизы захватили власть, утраченную ими десятью годами ранее. В Лондоне негодовали. Английский посол Фрэнсис Уолсингем был отозван из Парижа.
Когда французский посланник явился с объяснениями, Елизавета и весь ее двор приняли его молча, облаченные в траурные одежды. Исполнив таким образом свой долг протестантской королевы, Елизавета стала крестной матерью ребенка французского короля Карла IX и продолжила матримониальные переговоры с его братом.
Однако союз с французским двором явно не удался, и Елизавете ничего не оставалось, как оказывать тайную поддержку голландским повстанцам и гугенотам во Франции. Успех ее политики зависел от точнейшего учета всех обстоятельств, так как ее казна была весьма ограниченна и помощь она могла себе позволить лишь тогда, когда союзники оказывались на грани поражения. Уолсингем, ставший государственным секретарем, вторым человеком в Совете после Сесила, во многом не соглашался с ней. Долгое пребывание за границей — сначала в ссылке во время правления Марии, затем послом в Париже уже на службе Елизавете — убедили его в том, что протестантизм может сохраниться в Европе лишь при том условии, что Англия окажет ему неограниченную поддержку. В будущем никакого компромисса с католиками не может быть. Рано или поздно война неизбежна, а потому он настаивал на том, чтобы сделать все возможное ради сохранения потенциальных союзников до решающего столкновения.
Сесил, получивший титул лорда Бёрли, выступал против подобной политики. Он утверждал, что союз с Испанией, символом которого был брак Генриха VIII с Екатериной Арагонской, имеет в своей основе торговые интересы и что этот союз является выражением традиционной ориентации Тюдоров со времен Генриха VII. Сесил был уверен, что добрые отношения с державой, все еще контролирующей значительную часть Нидерландов, обеспечат Англии огромный рынок сбыта шерсти и тканей. Брак Марии с Филиппом не пользовался популярностью в Европе, но, по мнению Сесила, еще не пришло время бросаться в крайности и вмешиваться в борьбу на стороне мятежников. Такой шаг только побудит крайних пуритан к более активным действиям и придаст внешней политике черты фанатизма. Отношение Сесила к этому вопросу стало еще более твердым после того, как он был назначен лордом-казначеем. Сознавая, сколь малы ресурсы государства, глубоко озабоченный прекращением торговли с Испанией и Нидерландами, он полагал, что политика Уолсингема приведет Англию к банкротству и катастрофе. Елизавета склонялась к тому, чтобы согласиться с Сесилом. Ей не очень нравилось помогать иностранным мятежникам, «вашим братьям во Христе», как она однажды насмешливо заметила Уолсингему. Королеве был не по вкусу непримиримый пуританизм. Но после Варфоломеевской ночи позиции Уолсингема укрепились, и ей поневоле пришлось перейти к холодной войне в Нидерландах и начать необъявленную войну с Испанией на море — пока на ее пути не встала грозная сила Армады.
События на континенте повлияли на внутреннюю политику Англии. Поначалу большинство пуритан склонялись к поддержке церковной политики Елизаветы в надежде повлиять на церковь изнутри, но затем они стали подталкивать правительство к агрессивной протестантской внешней политике, стремясь в то же время обеспечить свободу собственных религиозных организаций. Позиции пуритан в стране были сильны. Они имели союзников при дворе и в Совете, например Уолсингема, с которым поддерживал тесные связи фаворит Елизаветы Лейстер. В городах и графствах Юго-Восточной Англии они действовали очень активно. Нарушая достигнутый религиозный компромисс, они начали образовывать независимые церковные общины с собственными священниками и особыми формами богослужения. Цель их состояла ни более ни менее как в установлении теократической власти. Подобно католикам, они придерживались той точки зрения, что церковь и государство существуют независимо друг от друга. Но, в отличие от них, считали, что церковная власть принадлежит советам старейшин, пресвитериям, свободно избираемым паствой, но после избрания осуществляющим неограниченное управление общинами и вытесняющим светскую власть из значительных сфер жизни прихожан.